search

sh-miR / designer

sh-miR Designer is a software aimed for fast and efficient design of effective RNA interference (RNAi) reagents - sh-miRs, also known as artificial miRNAs.
6 stars 4 forks source link

to do #69

Open ghost opened 10 years ago

ghost commented 10 years ago
  1. tabela do wyników
  2. cache'owanie zapytań (VADER)
  3. wybieranie dodatkowe: a)szkielety miRNA czy wszystkie czy np. miR122 tylko b)max liczba offtargetów c)max liczba GC w cząsteczce
  4. max offtarget
  5. score ostateczny (wagi punktów) (PIOTR)
  6. rozbudowa bazy szkieletów miRNA
  7. django
  8. przerobienie pierwszej wersji programu - tak, żeby można było stworzyć cząsteczkę tylko na podstawie jednego miRNA, i w zasadzie jest zbędne sprawdzanie inputu bo i tak będzie ok.
ghost commented 10 years ago

to do (nie do zakodzenia):

  1. logo 2.wiki
  2. poster+prezentacja+talk
  3. user guide
  4. source code docs
  5. validation
  6. judging form
  7. gadgety (bluzy,koszulki, wizytówki, kalendarzyki, breloczki, długopisy)
  8. ew. żeby były standard parts promotory
Nozdi commented 9 years ago

Chciałbym poznać rozbudowane dane wejściowe, tak aby poprawnie zaprojektować dodatkową(e) tabele do bazy danych.

ghost commented 9 years ago

dane wejściowe to będzie: nr transkryptu "NM_12312331.2" (dozwolone znaki litery, liczby, podkreślnik i kropka), min zawartość GC (liczba od 0 do 100), max zawartość GC (liczba od 0 do 100; musi być większa od min), wybór szkieletu (all/albo któryś konkretny z miRów z bazy szkieletów np. miR-30 lub miR122), maksymalna liczba off-targetów (liczba od 0 do 1000), czy immunostimulatory motifs are needed ("yes"/"no" albo 0/1 zależy jak lepiej).

ghost commented 9 years ago

sorry za polish-english

Sh-miR v2.0 logics

0.User can provide: Transcript name (NM….) Minimum and Maximum CG content (), default: 40-60 Maximum of off-target transcripts (), default: 0 - 10 Which miRNA scaffold he/she wants to use (or all), default: all If stymulatory sequences are wanted (yes/no/no_difference), default: no_difference //we provide 5 examples which will be automatically loaded

  1. If the analysis was performed earlier the data is taken from cache or database (musi być taki sam NM, CG content, szkielet miRNA, max off-target I decyzja o stimulatory sequences)
  2. If not new analysis is started. First we take sequence from NCBI database (Piotrek function) according to NM number.
  3. then we take from database all generated regex from chosen or all miRNA scaffolds (Fred function)
  4. Then we generate all unique possible short siRNAs (Mati function)
  5. Then we check GC content (Piotrek function) and if there are immunostimulatory sequences (and reject depending on settings)
  6. Then we check off target (Martyna function)
  7. We take 10 best siRNAs (in context of off target, the lesser the better) and generate second strands to them
  8. We put the siRNA in the chosen arm of miRNA scaffold (depending on miRNA database)
  9. We check the sh-miR structure
  10. We check immunostimulatory sequences.
  11. Final score: (we reject sh-miRs with too changed structure and consider only the proper ones) Off-target: max 40 (40 dla takiego który jest całkowicie specyficzny, -2 za każdy offtarget, aż do 0) Structure: max 100 (tak jak było w wersji pierwszej) Wartość regexa: max 20 (waga 1 = 5 pkt Waga 2 = 10 pkt Waga 3 = 15 pkt Waga 4 = 20 pkt)
  12. Jeżeli żadna cząsteczka nie osiągnie pożądanego wyniku, wracamy do punktu nr 8 i aż do końca wszystkich wygenerowanych siRNA.
  13. Jeżeli wciąż żadna cząsteczka nie osiągnie pożądanego wyniku wracamy do pkt nr 3 i lecimy po wszystkich sekwencjach, nie tylko pasujących do regexów pasujących do wejściowych ograniczeń.
rglsk commented 9 years ago

Cache merged.

rglsk commented 9 years ago

Jest pytanko czy do funkcji robimy dekorator do params i opis tam, czy normalnie w kwordach (narazie robie z dekoratorem, jak cos sie zmieni) (dekorator bo ladnie widac opis)

Nozdi commented 9 years ago

Czy punkty 8 - 11 to jest stary designer? Jest to tak samo oceniane? Jeśli nie, czy możemy oceniać tak samo i ujednolicić? W tej chwili na branchu main_task mamy az do 7 pkt ogarnięte. (tak mi się wydaje)

Nozdi commented 9 years ago

ad 13. To znaczy, ze mam ciąć sekwencje o dlugosci 19-23 od poczatku co 1 do konca?

ghost commented 9 years ago

tak :( ale 19-21

2014-10-01 11:41 GMT+02:00 Mateusz Flieger notifications@github.com:

ad 13. To znaczy, ze mam ciąć sekwencje o dlugosci 19-23 od poczatku co 1 do konca?

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/Nozdi/shmir/issues/69#issuecomment-57440723.

Nozdi commented 9 years ago

Ojej, to napisze do tego funkcje. :)