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sharc-md / sharc

The SHARC molecular dynamics (MD) program suite is an ab initio MD software package developed to study the excited-state dynamics of molecules.
https://www.sharc-md.org
GNU General Public License v3.0
59 stars 31 forks source link

Regarding the error in SHARC/diagnostics.py #123

Closed lukhman9020 closed 1 week ago

lukhman9020 commented 1 week ago

Dear Sir, I am trying to run SHARC/diagnostics.py command after the successfully of trajectories run but I got an error like this 



    Output files:     .lis .. .log .. .dat .. .xyz .. OK
    Restart files:    ctrl .. traj .. restart/ ..     OK
    Progress:         [=========================]     1000.0 of 1000.0 fs
    Status:                                           FINISHED
Traceback (most recent call last):
  File "/home/mhgroup1/kumar/sharc/bin/diagnostics.py", line 1232, in <module>
    main()
  File "/home/mhgroup1/kumar/sharc/bin/diagnostics.py", line 1223, in main
    INFOS = do_calc(INFOS)
  File "/home/mhgroup1/kumar/sharc/bin/diagnostics.py", line 1062, in do_calc
    lis[float(x[0])] = x[1:]
ValueError: could not convert string to float: '\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\

Could you please assist me in resolving this issue at your earliest convenience?

Looking forward to your guidance.

Best regards,
LUKHMANUL HAKEEM K.
maisebastian commented 1 week ago

Dear lukhman9020, this sounds like one of your files was corrupted somehow. Please check the output.lis file of the corresponding trajectory (the trajectory number is not in your error print out, so I cannot tell you.

Best, Sebastian

lukhman9020 commented 1 week ago

Dear lukhman9020, this sounds like one of your files was corrupted somehow. Please check the output.lis file of the corresponding trajectory (the trajectory number is not in your error print out, so I cannot tell you.

Best, Sebastian

Dear Sir, Thank you for your reply. Now I rerun the trajectory, which has crashed, and solved the problem.

Best regards, LUKHMANUL HAKEEM K.