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shiquan / PISA

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PISA parse：Unknown parameter -config. #13

Closed SayaGoodBye closed 2 months ago

SayaGoodBye commented 2 months ago

您好！ 我在使用PISA最新版（Version: v1.1 + htslib: 1.10.2）运行PISA parse -t 8 -config read_struct.json -report report.csv -1 R1.fq f1.fastq.gz r2.fastq.gz时候出现了报错[error] [func: parse_args, line: 396] Unknown parameter -config. 我注意到在PISA_manual.pdf中，这个命令应该是没有问题的，但实际上只能识别到包含-rule参数的这一组命令，无法识别到-config这个参数所在的命令。 这个问题应该如何解决呢，望解答

shiquan commented 2 months ago

你好，因为PISA最近更新了，用parse2代替了parse命令，我打算在新版本里去掉旧版本的parse。具体使用方法可以输入PISA parse -h查看。我会在近期上线新版本的manual。如果你想使用之前的parse命令，可以使用PISA parse0

SayaGoodBye commented 2 months ago

你好，因为PISA最近更新了，用parse2代替了parse命令，我打算在新版本里去掉旧版本的parse。具体使用方法可以输入PISA parse -h查看。我会在近期上线新版本的manual。如果你想使用之前的parse命令，可以使用PISA parse0

感谢您的回复！因为我使用的流程的一部分是使用旧版本parse命令来写的，我会尝试用parse0重新运行。