shiquan
commented
2 years ago 你好，
分情况，如果是UMI文库，计算gene expression实际上是就是算umi的diversity，因此此时是否dedup并没有差异。对于没有umi的文库，是根据reads数来统计基因表达量（如smartseq2），此时是建议去重复的。
除了计算gene expression，单细胞文库也可以用来call变异等应用，此时rmdup这个工具去除PCR重复就是有用的。因此PISA rmdup并不是针对特定的某个文库，只是根据应用来判断是否要需要去除PCR重复。
L1angyan
您好，我在用PISA分析DNBelab C4平台的单细胞RNAseq数据。 我看manual中，
Quickly start部分后面还有对细胞和分子进行去重复的操作，请问这是必需的吗？理论上PCR重复应该有相同的UMI，它们应该早在PISA corr这一步就被去除了。# Deduplicate BAM file for each cell$ PISA rmdup -tags CB corr.bam -o rmdup.bam -nw# Deduplicate BAM file for each molecular$ PISA rmdup -tags CB,UR corr.bam -o rmdup1.bam -nw难道rmdup是为一些reads上没有UMI的单细胞平台设计的吗？ 希望得到您的解答。^_^