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shizhuoxing / BGI-Full-Length-RNA-Analysis-Pipeline

Full-Length RNA Analysis pipeline developted by BGI RD group.
https://github.com/shizhuoxing/BGI-Full-Length-RNA-Analysis-Pipeline
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全长序列判断 #6

Open listen2099 opened 10 months ago

listen2099 commented 10 months ago

作者您好，我发现我的数据中全长和非全长的比例基本是1：1，

请问有没有这种可能，一个cDNA的两条链解链后以不同的方向被PB测到了， classify_by_primer.pl中"p3-p5+"和"p5-p3+"为全长，那么上述情况存在的话"p3+p5-"和"p5+p3-"是否也应该判断为全长呢？

感谢

shizhuoxing commented 10 months ago

你好，可以尝试修改一下程序，输出所有的p5 p3组合的个数看看情况

石卓兴 中山大学中山眼科中心
@.*** 

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作者您好，我发现我的数据中全长和非全长的比例基本是1：1， 请问有没有这种可能，一个cDNA的两条链解链后以不同的方向被PB测到了， classify_by_primer.pl中"p3-p5+"和"p5-p3+"为全长，那么上述情况存在的话"p3+p5-"和"p5+p3-"是否也应该判断为全长呢？ 感谢 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you are subscribed to this thread.Message ID: @.***>