suggestion: reduce number of dependencies (currently 28)

R CMD CHECK passes with latest commit but gives a note about the high number of used packages (28):

* checking package dependencies ... NOTE
Imports includes 28 non-default packages.
Importing from so many packages makes the package vulnerable to any of
them becoming unavailable.  Move as many as possible to Suggests and
use conditionally.

The full dependency tree (these packages all need to be installed) for ggcoverage is about 180 (!) packages. I suggest to move some of them that are only rarely used for special functions (geom_ideogram for example) to Suggests. The suggestion from CRAN is to have not more than 20 deps.

Every entry labelled [new] in the following list where an additional dependency is added.

> pak::local_deps_tree()
✔ Updated metadata database: 2.92 MB in 8 files.                           
✔ Updating metadata database ... done                                      
local::. 1.2.0 [new][bld][dl] (unknown size)                               
├─dplyr 1.1.4 [new][bld][cmp][dl] (1.21 MB)
│ ├─cli 3.6.2 [new][bld][cmp][dl] (569.77 kB)
│ ├─generics 0.1.3 [new][bld][dl] (172.20 kB)
│ ├─glue 1.7.0 [new][bld][cmp][dl] (105.42 kB)
│ ├─lifecycle 1.0.4 [new][bld][dl] (107.66 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─glue
│ │ └─rlang 1.1.3 [new][bld][cmp][dl] (763.76 kB)
│ ├─magrittr 2.0.3 [new][bld][cmp][dl] (267.07 kB)
│ ├─pillar 1.9.0 [new][bld][dl] (444.53 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─fansi 1.0.6 [new][bld][cmp][dl] (482.48 kB)
│ │ ├─glue
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─rlang
│ │ ├─utf8 1.2.4 [new][bld][cmp][dl] (241.08 kB)
│ │ └─vctrs 0.6.5 [new][bld][cmp][dl] (969.07 kB)
│ │   ├─cli
│ │   ├─glue
│ │   ├─lifecycle
│ │   └─rlang
│ ├─R6 2.5.1 [new][bld][dl] (63.42 kB)
│ ├─rlang
│ ├─tibble 3.2.1 [new][bld][cmp][dl] (565.98 kB)
│ │ ├─fansi
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─magrittr
│ │ ├─pillar
│ │ ├─pkgconfig 2.0.3 [new][bld][dl] (6.08 kB)
│ │ ├─rlang
│ │ └─vctrs
│ ├─tidyselect 1.2.1 [new][bld][cmp][dl] (103.59 kB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─glue
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─rlang
│ │ ├─vctrs
│ │ └─withr 3.0.0 [new][bld][dl] (107.68 kB)
│ └─vctrs
├─GenomicRanges 1.54.1 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ ├─BiocGenerics 0.48.1 [new][bld][dl] (unknown size)
│ ├─S4Vectors 0.40.2 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ └─BiocGenerics
│ ├─IRanges 2.36.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ ├─BiocGenerics
│ │ └─S4Vectors
│ ├─GenomeInfoDb 1.38.8 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ ├─BiocGenerics
│ │ ├─S4Vectors
│ │ ├─IRanges
│ │ ├─RCurl 1.98-1.14 [new][bld][cmp][dl] (731.31 kB)
│ │ │ └─bitops 1.0-7 [new][bld][cmp][dl] (10.81 kB)
│ │ └─GenomeInfoDbData 1.2.11 [new][bld][dl] (unknown size)
│ └─XVector 0.42.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│   ├─BiocGenerics
│   ├─S4Vectors
│   ├─IRanges
│   └─zlibbioc 1.48.2 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
├─ggbio 1.50.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ ├─BiocGenerics
│ ├─ggplot2 3.5.0 [new][bld][dl] (3.56 MB)
│ │ ├─cli
│ │ ├─glue
│ │ ├─gtable 0.3.4 [new][bld][dl] (130.10 kB)
│ │ │ ├─cli
│ │ │ ├─glue
│ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ └─rlang
│ │ ├─isoband 0.2.7 [new][bld][cmp][dl] (1.59 MB)
│ │ ├─lifecycle
│ │ ├─MASS 7.3-60 -> 7.3-60.0.1 [upd][bld][cmp][dl] (561.61 kB)
│ │ ├─mgcv 1.9-1 
│ │ │ ├─nlme 3.1-163 -> 3.1-164 [upd][bld][cmp][dl] (836.83 kB)
│ │ │ │ └─lattice 0.22-5 -> 0.22-6 [upd][bld][cmp][dl] (598.58 kB)
│ │ │ └─Matrix 1.6-5 < 1.7-0 [old]
│ │ │   └─lattice
│ │ ├─rlang
│ │ ├─scales 1.3.0 [new][bld][cmp][dl] (302.54 kB)
│ │ │ ├─cli
│ │ │ ├─farver 2.1.1 [new][bld][cmp][dl] (1.27 MB)
│ │ │ ├─glue
│ │ │ ├─labeling 0.4.3 [new][bld][dl] (10.17 kB)
│ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ ├─munsell 0.5.1 [new][bld][dl] (182.31 kB)
│ │ │ │ └─colorspace 2.1-0 [new][bld][cmp][dl] (2.12 MB)
│ │ │ ├─R6
│ │ │ ├─RColorBrewer 1.1-3 [new][bld][dl] (11.64 kB)
│ │ │ ├─rlang
│ │ │ └─viridisLite 0.4.2 [new][bld][dl] (1.27 MB)
│ │ ├─tibble
│ │ ├─vctrs
│ │ └─withr
│ ├─gridExtra 2.3 [new][bld][dl] (1.06 MB)
│ │ └─gtable
│ ├─scales
│ ├─reshape2 1.4.4 [new][bld][cmp][dl] (37.31 kB)
│ │ ├─plyr 1.8.9 [new][bld][cmp][dl] (401.49 kB)
│ │ │ └─Rcpp 1.0.12 [new][bld][cmp][dl] (3.43 MB)
│ │ ├─Rcpp
│ │ └─stringr 1.5.1 [new][bld][dl] (176.60 kB)
│ │   ├─cli
│ │   ├─glue
│ │   ├─lifecycle
│ │   ├─magrittr
│ │   ├─rlang
│ │   ├─stringi 1.8.3 [new][bld][cmp][dl] (11.92 MB)
│ │   └─vctrs
│ ├─gtable
│ ├─Hmisc 5.1-2 [new][bld][cmp][dl] (876.75 kB)
│ │ ├─ggplot2
│ │ ├─cluster 2.1.6 
│ │ ├─rpart 4.1.23 
│ │ ├─nnet 7.3-19 
│ │ ├─foreign 0.8-86 
│ │ ├─gtable
│ │ ├─gridExtra
│ │ ├─data.table 1.15.4 [new][bld][cmp][dl] (5.39 MB)
│ │ ├─htmlTable 2.4.2 [new][bld][dl] (436.12 kB)
│ │ │ ├─stringr
│ │ │ ├─knitr 1.46 [new][bld][dl] (471.55 kB)
│ │ │ │ ├─evaluate 0.23 [new][bld][dl] (28.35 kB)
│ │ │ │ ├─highr 0.10 [new][bld][dl] (15.08 kB)
│ │ │ │ │ └─xfun 0.43 [new][bld][cmp][dl] (144.50 kB)
│ │ │ │ ├─xfun
│ │ │ │ └─yaml 2.3.8 [new][bld][cmp][dl] (94.76 kB)
│ │ │ ├─magrittr
│ │ │ ├─checkmate 2.3.1 [new][bld][cmp][dl] (225.53 kB)
│ │ │ │ └─backports 1.4.1 [new][bld][cmp][dl] (26.20 kB)
│ │ │ ├─htmlwidgets 1.6.4 [new][bld][dl] (868.89 kB)
│ │ │ │ ├─htmltools 0.5.8.1 [new][bld][cmp][dl] (135.13 kB)
│ │ │ │ │ ├─base64enc 0.1-3 [new][bld][cmp][dl] (7.83 kB)
│ │ │ │ │ ├─digest 0.6.35 [new][bld][cmp][dl] (230.39 kB)
│ │ │ │ │ ├─fastmap 1.1.1 [new][bld][cmp][dl] (46.41 kB)
│ │ │ │ │ └─rlang
│ │ │ │ ├─jsonlite 1.8.8 [new][bld][cmp][dl] (1.05 MB)
│ │ │ │ ├─knitr
│ │ │ │ ├─rmarkdown 2.26 [new][bld][dl] (2.19 MB)
│ │ │ │ │ ├─bslib 0.7.0 [new][bld][dl] (5.13 MB)
│ │ │ │ │ │ ├─base64enc
│ │ │ │ │ │ ├─cachem 1.0.8 [new][bld][cmp][dl] (26.51 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ │ └─fastmap
│ │ │ │ │ │ ├─fastmap
│ │ │ │ │ │ ├─htmltools
│ │ │ │ │ │ ├─jquerylib 0.1.4 [new][bld][dl] (520.21 kB)
│ │ │ │ │ │ │ └─htmltools
│ │ │ │ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ │ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ │ │ │ ├─memoise 2.0.1 [new][bld][dl] (17.85 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ │ └─cachem
│ │ │ │ │ │ ├─mime 0.12 [new][bld][cmp][dl] (12.56 kB)
│ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ └─sass 0.4.9 [new][bld][cmp][dl] (3.03 MB)
│ │ │ │ │ │   ├─fs 1.6.3 [new][bld][cmp][dl] (1.19 MB)
│ │ │ │ │ │   ├─rlang
│ │ │ │ │ │   ├─htmltools
│ │ │ │ │ │   ├─R6
│ │ │ │ │ │   └─rappdirs 0.3.3 [new][bld][cmp][dl] (12.29 kB)
│ │ │ │ │ ├─evaluate
│ │ │ │ │ ├─fontawesome 0.5.2 [new][bld][dl] (1.28 MB)
│ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ └─htmltools
│ │ │ │ │ ├─htmltools
│ │ │ │ │ ├─jquerylib
│ │ │ │ │ ├─jsonlite
│ │ │ │ │ ├─knitr
│ │ │ │ │ ├─tinytex 0.50 [new][bld][dl] (34.31 kB)
│ │ │ │ │ │ └─xfun
│ │ │ │ │ ├─xfun
│ │ │ │ │ └─yaml
│ │ │ │ └─yaml
│ │ │ ├─htmltools
│ │ │ └─rstudioapi 0.16.0 [new][bld][dl] (117.42 kB)
│ │ ├─viridis 0.6.5 [new][bld][dl] (3.05 MB)
│ │ │ ├─viridisLite
│ │ │ ├─ggplot2
│ │ │ └─gridExtra
│ │ ├─htmltools
│ │ ├─base64enc
│ │ ├─colorspace
│ │ ├─rmarkdown
│ │ ├─knitr
│ │ └─Formula 1.2-5 [new][bld][dl] (128.26 kB)
│ ├─biovizBase 1.50.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ ├─scales
│ │ ├─Hmisc
│ │ ├─RColorBrewer
│ │ ├─dichromat 2.0-0.1 [new][bld][dl] (84.90 kB)
│ │ ├─BiocGenerics
│ │ ├─S4Vectors
│ │ ├─IRanges
│ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ ├─GenomicRanges
│ │ ├─SummarizedExperiment 1.32.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─MatrixGenerics 1.14.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ └─matrixStats 1.3.0 [new][bld][cmp][dl] (210.87 kB)
│ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ ├─Biobase 2.62.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ │ └─BiocGenerics
│ │ │ ├─Matrix
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─IRanges
│ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ ├─S4Arrays 1.2.1 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─Matrix
│ │ │ │ ├─abind 1.4-5 [new][bld][dl] (21.81 kB)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ └─crayon 1.5.2 [new][bld][dl] (40.57 kB)
│ │ │ └─DelayedArray 0.28.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │   ├─Matrix
│ │ │   ├─BiocGenerics
│ │ │   ├─MatrixGenerics
│ │ │   ├─S4Vectors
│ │ │   ├─IRanges
│ │ │   ├─S4Arrays
│ │ │   └─SparseArray 1.2.4 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │     ├─Matrix
│ │ │     ├─BiocGenerics
│ │ │     ├─MatrixGenerics
│ │ │     ├─S4Vectors
│ │ │     ├─S4Arrays
│ │ │     ├─matrixStats
│ │ │     ├─IRanges
│ │ │     └─XVector
│ │ ├─Biostrings 2.70.3 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─IRanges
│ │ │ ├─XVector
│ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ └─crayon
│ │ ├─Rsamtools 2.18.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ ├─Biostrings
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─IRanges
│ │ │ ├─XVector
│ │ │ ├─zlibbioc
│ │ │ ├─bitops
│ │ │ ├─BiocParallel 1.36.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─futile.logger 1.4.3 [new][bld][dl] (17.46 kB)
│ │ │ │ │ ├─lambda.r 1.2.4 [new][bld][dl] (25.67 kB)
│ │ │ │ │ │ └─formatR 1.14 [new][bld][dl] (96.08 kB)
│ │ │ │ │ └─futile.options 1.0.1 [new][bld][dl] (3.92 kB)
│ │ │ │ ├─snow 0.4-4 [new][bld][dl] (20.46 kB)
│ │ │ │ ├─codetools 0.2-19 -> 0.2-20 [upd][bld][dl] (38.68 kB)
│ │ │ │ ├─BH 1.84.0-0 [new][bld][dl] (14.02 MB)
│ │ │ │ └─cpp11 0.4.7 [new][bld][dl] (285.78 kB)
│ │ │ └─Rhtslib 2.4.1 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │   └─zlibbioc
│ │ ├─GenomicAlignments 1.38.2 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─IRanges
│ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ ├─SummarizedExperiment
│ │ │ ├─Biostrings
│ │ │ ├─Rsamtools
│ │ │ └─BiocParallel
│ │ ├─GenomicFeatures 1.54.4 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─IRanges
│ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ ├─AnnotationDbi 1.64.1 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─Biobase
│ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ ├─DBI 1.2.2 [new][bld][dl] (1.13 MB)
│ │ │ │ ├─RSQLite 2.3.6 [new][bld][cmp][dl] (4.25 MB)
│ │ │ │ │ ├─bit64 4.0.5 [new][bld][cmp][dl] (135.09 kB)
│ │ │ │ │ │ └─bit 4.0.5 [new][bld][cmp][dl] (827.75 kB)
│ │ │ │ │ ├─blob 1.2.4 [new][bld][dl] (10.62 kB)
│ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ └─vctrs
│ │ │ │ │ ├─DBI
│ │ │ │ │ ├─memoise
│ │ │ │ │ ├─pkgconfig
│ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ ├─plogr 0.2.0 [new][bld][dl] (7.79 kB)
│ │ │ │ │ └─cpp11
│ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ └─KEGGREST 1.42.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │   ├─httr 1.4.7 [new][bld][dl] (118.50 kB)
│ │ │ │   │ ├─curl 5.2.1 [new][bld][cmp][dl] (716.70 kB)
│ │ │ │   │ ├─jsonlite
│ │ │ │   │ ├─mime
│ │ │ │   │ ├─openssl 2.1.1 [new][bld][cmp][dl] (1.21 MB)
│ │ │ │   │ │ └─askpass 1.2.0 [new][bld][cmp][dl] (6.04 kB)
│ │ │ │   │ │   └─sys 3.4.2 [new][bld][cmp][dl] (20.17 kB)
│ │ │ │   │ └─R6
│ │ │ │   ├─png 0.1-8 [new][bld][cmp][dl] (24.88 kB)
│ │ │ │   └─Biostrings
│ │ │ ├─httr
│ │ │ ├─rjson 0.2.21 [new][bld][cmp][dl] (116.51 kB)
│ │ │ ├─DBI
│ │ │ ├─RSQLite
│ │ │ ├─XVector
│ │ │ ├─Biostrings
│ │ │ ├─BiocIO 1.12.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ └─S4Vectors
│ │ │ ├─rtracklayer 1.62.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ │ ├─XML 3.99-0.16.1 [new][bld][cmp][dl] (971.99 kB)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ ├─XVector
│ │ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ │ ├─Biostrings
│ │ │ │ ├─zlibbioc
│ │ │ │ ├─RCurl
│ │ │ │ ├─Rsamtools
│ │ │ │ ├─GenomicAlignments
│ │ │ │ ├─BiocIO
│ │ │ │ └─restfulr 0.0.15 [new][bld][cmp][dl] (15.03 kB)
│ │ │ │   ├─XML
│ │ │ │   ├─RCurl
│ │ │ │   ├─rjson
│ │ │ │   ├─S4Vectors
│ │ │ │   └─yaml
│ │ │ ├─biomaRt 2.58.2 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─XML
│ │ │ │ ├─AnnotationDbi
│ │ │ │ ├─progress 1.2.3 [new][bld][dl] (30.50 kB)
│ │ │ │ │ ├─crayon
│ │ │ │ │ ├─hms 1.1.3 [new][bld][dl] (43.38 kB)
│ │ │ │ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ │ │ │ ├─pkgconfig
│ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ └─vctrs
│ │ │ │ │ ├─prettyunits 1.2.0 [new][bld][dl] (97.50 kB)
│ │ │ │ │ └─R6
│ │ │ │ ├─stringr
│ │ │ │ ├─httr
│ │ │ │ ├─digest
│ │ │ │ ├─BiocFileCache 2.10.2 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ │ ├─dbplyr 2.5.0 [new][bld][dl] (770.65 kB)
│ │ │ │ │ │ ├─blob
│ │ │ │ │ │ ├─cli
│ │ │ │ │ │ ├─DBI
│ │ │ │ │ │ ├─dplyr
│ │ │ │ │ │ ├─glue
│ │ │ │ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ │ │ │ ├─magrittr
│ │ │ │ │ │ ├─pillar
│ │ │ │ │ │ ├─purrr 1.0.2 [new][bld][cmp][dl] (220.87 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─cli
│ │ │ │ │ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ │ │ │ │ ├─magrittr
│ │ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ │ └─vctrs
│ │ │ │ │ │ ├─R6
│ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ ├─tibble
│ │ │ │ │ │ ├─tidyr 1.3.1 [new][bld][cmp][dl] (809.06 kB)
│ │ │ │ │ │ │ ├─cli
│ │ │ │ │ │ │ ├─dplyr
│ │ │ │ │ │ │ ├─glue
│ │ │ │ │ │ │ ├─lifecycle
│ │ │ │ │ │ │ ├─magrittr
│ │ │ │ │ │ │ ├─purrr
│ │ │ │ │ │ │ ├─rlang
│ │ │ │ │ │ │ ├─stringr
│ │ │ │ │ │ │ ├─tibble
│ │ │ │ │ │ │ ├─tidyselect
│ │ │ │ │ │ │ ├─vctrs
│ │ │ │ │ │ │ └─cpp11
│ │ │ │ │ │ ├─tidyselect
│ │ │ │ │ │ ├─vctrs
│ │ │ │ │ │ └─withr
│ │ │ │ │ ├─dplyr
│ │ │ │ │ ├─RSQLite
│ │ │ │ │ ├─DBI
│ │ │ │ │ ├─filelock 1.0.3 [new][bld][cmp][dl] (15.44 kB)
│ │ │ │ │ ├─curl
│ │ │ │ │ └─httr
│ │ │ │ ├─rappdirs
│ │ │ │ └─xml2 1.3.6 [new][bld][cmp][dl] (294.71 kB)
│ │ │ │   ├─cli
│ │ │ │   └─rlang
│ │ │ └─Biobase
│ │ ├─AnnotationDbi
│ │ ├─VariantAnnotation 1.48.1 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─MatrixGenerics
│ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ ├─SummarizedExperiment
│ │ │ ├─Rsamtools
│ │ │ ├─DBI
│ │ │ ├─zlibbioc
│ │ │ ├─Biobase
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─IRanges
│ │ │ ├─XVector
│ │ │ ├─Biostrings
│ │ │ ├─AnnotationDbi
│ │ │ ├─rtracklayer
│ │ │ ├─BSgenome 1.70.2 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ │ ├─IRanges
│ │ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ │ ├─Biostrings
│ │ │ │ ├─BiocIO
│ │ │ │ ├─rtracklayer
│ │ │ │ ├─matrixStats
│ │ │ │ ├─XVector
│ │ │ │ └─Rsamtools
│ │ │ ├─GenomicFeatures
│ │ │ └─Rhtslib
│ │ ├─ensembldb 2.26.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─BiocGenerics
│ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ ├─GenomicFeatures
│ │ │ ├─AnnotationFilter 1.26.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ │ │ ├─GenomicRanges
│ │ │ │ └─lazyeval 0.2.2 [new][bld][cmp][dl] (83.48 kB)
│ │ │ ├─RSQLite
│ │ │ ├─DBI
│ │ │ ├─Biobase
│ │ │ ├─GenomeInfoDb
│ │ │ ├─AnnotationDbi
│ │ │ ├─rtracklayer
│ │ │ ├─S4Vectors
│ │ │ ├─Rsamtools
│ │ │ ├─IRanges
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│ │ │ └─curl
│ │ ├─AnnotationFilter
│ │ └─rlang
│ ├─Biobase
│ ├─S4Vectors
│ ├─IRanges
│ ├─GenomeInfoDb
│ ├─GenomicRanges
│ ├─SummarizedExperiment
│ ├─Biostrings
│ ├─Rsamtools
│ ├─GenomicAlignments
│ ├─BSgenome
│ ├─VariantAnnotation
│ ├─rtracklayer
│ ├─GenomicFeatures
│ ├─OrganismDbi 1.44.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ │ ├─BiocGenerics
│ │ ├─AnnotationDbi
│ │ ├─GenomicFeatures
│ │ ├─Biobase
│ │ ├─BiocManager 1.30.22 [new][bld][dl] (582.69 kB)
│ │ ├─GenomicRanges
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│ │ │ └─BiocGenerics
│ │ ├─IRanges
│ │ ├─RBGL 1.78.0 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ ├─graph
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│ │ └─S4Vectors
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│ │ ├─tidyr
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│ │ │ │ │ ├─dplyr
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│ │ │ │ │ │ └─rlang
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│ │ │ │ │ ├─rlang
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│ │ │ │ ├─dplyr
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│ │ │ │ │ │ │ ├─cpp11
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│ │ │ └─tidyr
│ │ ├─gtable
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│ │ ├─scales
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│ ├─AnnotationDbi
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├─ggh4x 0.2.8 [new][bld][dl] (1.31 MB)
│ ├─ggplot2
│ ├─gtable
│ ├─scales
│ ├─vctrs
│ ├─rlang
│ ├─lifecycle
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│ ├─ggplot2
│ ├─Rcpp
│ ├─rlang
│ ├─scales
│ └─withr
├─IRanges
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├─patchwork
├─RColorBrewer
├─rlang
├─Rsamtools
├─rtracklayer
├─scales
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├─Biostrings
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├─GenomicAlignments
├─reshape2
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│ │ ├─Rcpp
│ │ └─RcppArmadillo 0.12.8.2.1 [new][bld][cmp][dl] (1.41 MB)
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│   ├─MASS
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│ ├─ggplot2
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│ ├─scales
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│ │ ├─magrittr
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│ │ └─cpp11
│ ├─gtable
│ ├─rlang
│ ├─polyclip 1.10-6 [new][bld][cmp][dl] (79.83 kB)
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│ ├─withr
│ ├─lifecycle
│ ├─cli
│ ├─vctrs
│ ├─systemfonts 1.0.6 [new][bld][cmp][dl] (80.84 kB)
│ │ └─cpp11
│ └─RcppEigen 0.3.4.0.0 [new][bld][cmp][dl] (1.77 MB)
│   └─Rcpp
├─HiCBricks 1.20.0 [new][bld][dl] (unknown size)
│ ├─curl
│ ├─rhdf5 2.46.1 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ ├─Rhdf5lib 1.24.2 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ ├─rhdf5filters 1.14.1 [new][bld][cmp][dl] (unknown size)
│ │ │ └─Rhdf5lib
│ │ └─S4Vectors
│ ├─R6
│ ├─ggplot2
│ ├─viridis
│ ├─RColorBrewer
│ ├─scales
│ ├─reshape2
│ ├─stringr
│ ├─data.table
│ ├─GenomeInfoDb
│ ├─GenomicRanges
│ ├─IRanges
│ ├─S4Vectors
│ ├─digest
│ ├─tibble
│ ├─jsonlite
│ ├─BiocParallel
│ ├─R.utils 2.12.3 [new][bld][dl] (364.19 kB)
│ │ ├─R.oo 1.26.0 [new][bld][dl] (383.65 kB)
│ │ │ └─R.methodsS3 1.8.2 [new][bld][dl] (24.13 kB)
│ │ └─R.methodsS3
│ └─readr
├─ggpattern 1.0.1 [new][bld][dl] (4.16 MB)
│ ├─ggplot2
│ ├─glue
│ ├─gridpattern 1.1.1 [new][bld][dl] (2.47 MB)
│ │ ├─glue
│ │ ├─memoise
│ │ ├─png
│ │ ├─rlang
│ │ └─sf 1.0-16 [new][bld][cmp][dl] (3.49 MB)
│ │   ├─classInt 0.4-10 [new][bld][cmp][dl] (440.27 kB)
│ │   │ ├─e1071 1.7-14 [new][bld][cmp][dl] (326.38 kB)
│ │   │ │ ├─class 7.3-22 
│ │   │ │ │ └─MASS
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│ │   │ └─KernSmooth 2.23-22 
│ │   ├─DBI
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│ │   ├─s2 1.1.6 [new][bld][cmp][dl] (2.38 MB)
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│ └─scales
├─BiocParallel
├─openxlsx 4.2.5.2 [new][bld][cmp][dl] (1.34 MB)
│ ├─Rcpp
│ ├─stringi
│ └─zip 2.3.1 [new][bld][cmp][dl] (111.28 kB)
├─stringr
└─gridExtra

showteeth / ggcoverage

suggestion: reduce number of dependencies (currently 28) #27