search

shpratama / nanocaffeine

sra's estilu
0 stars 0 forks source link

Diskusi per topik #1

Open dudung opened 1 year ago

dudung commented 1 year ago

@shpratama, untuk diskusi, topik-topik dapat dipisahkan per issue agar tidak tercampur dan mudah dilacak kembali.

Ada ide mulai diskusi mengenai apa? Kabari, ya. Terima kasih

shpratama commented 1 year ago

Hapunten Pak @dudung sy baru balas...

Brngkali mulai dr simulasi interaksi antar partikel dan persebarannya Pak, rencana sy pertama2 membuat interaksi adenosin dan kafein. Kira2 untuk simulasinya, tiap partikel kita sederhanakan dng bulatan saja atau dlm bentuk senyawa kimianya ya Pak?

dudung commented 1 year ago

komentar

pertanyaan

shpratama commented 1 year ago

komentar

  • Untuk penyederhanaan dimulai dengan bentuk bulatan saja.

Siap Pak, berarti memang baiknya pertama2 dibuat bulatan dlu ya Pak..

  • Bila interaksinya tidak isotropik akan tetapi terdapat kepolaran tertentu, dapat merupakan gabungan dari beberapa bulatan.

Siap Pak, berikutnya bisa dibuat gabungan2 bulatan seperti ilustrasi senyawa di kimia ya Pak..

pertanyaan

  • Apakah sudah ada informasi mengenai kedua jenis "partikel": adenosin dan kafein seperti ukuran, muatan, bentuk interaksi antar sejenis (kafein-kafein, adenosin-adenosin) dan berbeda jenis (kafein - adenosin)?

Untuk properties masing2 adenosin dan kafein, sy sudah pernah dapat Pak. Sekilas sy lihat cukup banyak informasi tentang ini (sy akan buat list of properties dan variabel nya apa saja). Namun sy masih mencari perihal interaksi kafein-adenosin, sampai sekarang masih belum dapat Pak. Sy curiganya memang tidak ada interaksi yg signifikan antara kedua molekul ini karena sy benar2 belum menemukan paper perihal interaksi kafein-adenosin. Brngkali ini bisa dijadikan ide paper buat kita ya Pak :)

dudung commented 1 year ago

Mungkin bisa mulai dari buat diagram alir berpikirnya dulu ya, @shpratama. Bisa gunakan Mermaid dan bisa dituliskan seperti di bawah ini

graph TD
  %% relations
  BEG ---> PROC ---> END
  %% elements
  BEG(("Mulai"))
  PROC["Proses"]
  END(("Selesai"))

Diagram di atas dihasilkan dengan

image

Coba klik tombol image untuk menyalin kodenya dan berikan pada jawaban komentar ini sebagai latihan.

shpratama commented 1 year ago

Mungkin bisa mulai dari buat diagram alir berpikirnya dulu ya, @shpratama. Bisa gunakan Mermaid dan bisa dituliskan seperti di bawah ini

Diagram di atas dihasilkan dengan

image

Coba klik tombol image untuk menyalin kodenya dan berikan pada jawaban komentar ini sebagai latihan.

graph TD
  %% relations
  BEG ---> PROC ---> END
  %% elements
  BEG(("Mulai"))
  PROC["Proses"]
  END(("Selesai"))
shpratama commented 1 year ago

Siap Pak, berhasil :)

shpratama commented 1 year ago

Sore Pak, berikut simulasi yg dpt digunakan untuk interaksi biomolekul. Keduanya berbasis MD Pak...

Gaussian accelerated MD: http://miaolab.org/GaMD/ Coarse-grained Martini: http://cgmartini.nl/

dudung commented 1 year ago

@shpratama, punten sudah satu bulan lebih kita tidak diskusi lagi. Apakah ada update yang dapat dilaporkan? Terima kasih.

shpratama commented 1 year ago

@shpratama, punten sudah satu bulan lebih kita tidak diskusi lagi. Apakah ada update yang dapat dilaporkan? Terima kasih.

Wah iya Pak, hapunten pisan bbrp waktu blkngan ini sy teralihkan dng proyekan dlu Pak. Soalnya tabungan sdh menipis 😁 tapi kmren sudah dapat tugas dr Pak Supri, bikin program monte carlo sederhana untuk menguji dan upgrade tingkat pemahaman sy perihal monte carlo. Saat ini sy sedang buat Pak, msh pakai Matlab. Berangsur2 akan sy switch ke Python Pak...

dudung commented 1 year ago

Ok. Tidak apa-apa, yang penting berproses. Silakan dishare juga kode Matlabnya, @shpratama di folder, misalnya src/MATLAB agar saya dapat bantu-bantu juga. Terima kasih.

shpratama commented 1 year ago

Ok. Tidak apa-apa, yang penting berproses. Silakan dishare juga kode Matlabnya, @shpratama di folder, misalnya src/MATLAB agar saya dapat bantu-bantu juga. Terima kasih.

Siap Pak.

shpratama commented 1 year ago

Pak, sy nyoba upload ke GitHub dari beberapa hari lalu tapi sy ga tau berhasil apa tidak Pak. Punten Pak, apa Bpk sdh bisa akses file-nya Pak? Sy upload file MATLAB dan Python. Hatur nuhun Pak...

dudung commented 1 year ago

Saya bisa akses berkas-berkas yang di https://github.com/shpratama/nanocaffeine/tree/main/tahap01

Good progress, @shpratama. Terima kasih. Keep the pace.