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sjanssen2 / spike

NGS pipeline for SNV detection in tumor context
BSD 3-Clause "New" or "Revised" License
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add chmod g+w * to rule merge_vcfs #185

Open deyazoubi opened 5 years ago

deyazoubi commented 5 years ago

after testing i got this mode of ‘/home/dealz101/gpfs/Intermediate/160_merge_vcfs/Keimbahn/KB0230.fpcorr.snp_indel.vcf’ changed from 0644 (rw-r--r--) to 0664 (rw-rw-r--) i will apply this change to all rule at a shell call

sjanssen2 commented 5 years ago

great! Be careful with rules that produce directories instead of outputs and situations where multiple output files are created.

deyazoubi commented 5 years ago

in case of directories what should be the change example: for rule split_demultiplex: the output is a directories output: directory("{prefix}%s%s/{run}/{part}" % (config['dirs']['intermediate'], config['stepnames']['demultiplex'])),

is this right " && chmod -R g+w {output} 2>> {log}"

LayalYasin commented 5 years ago

that should work, chmod -R g+w should alter the permission of the directory and the files contained in it

deyazoubi commented 5 years ago

@sjanssen2 asked Philipp to add write permissions for everyone in the group instead of adding chmode for every rule in spike

sjanssen2 commented 5 years ago

Stefan:

Hi Philipp. Wir arbeiten jetzt zu dritt an dem Spike Projekt, was einige Probleme mit den Permissions mit sich bringt. Weißt Du, wie ich es hinbekomme, dass Dateien und Verzeichnisse in einem bestimmten Ordner automatisch auch immer gleich Schreibrechte für die Gruppe bekommen. Ich will nicht jedes mal chmod g+w * ausführen müssen. Das sticky bit vererbt die Gruppe, aber ich finde nicht raus wie ich das Schreibrecht für die Gruppe auch erben kann

Philipp:

Das ist nicht ganz einfach, da die Permissions in Posix sowas erstmal nicht direkt können, da ihr alle in mehreren Gruppen drin seid. Über das GPFS können wir da vielleicht was machen, aber dafür müssen wir das einmal ganz genau aufschreiben. Vielleicht kannst du mit umask was retten

Stefan:

ohweh. Wie ginge es via umasks?

Philipp:

mit umask gibst du die rechte für neue Dateien an https://www.cyberciti.biz/tips/understanding-linux-unix-umask-value-usage.html

www.cyberciti.biz
What is Umask and How To Setup Default umask Under Linux? - nixCraft
Anil ask a question (via email): What is umask and how is it determined on a Linux system?

zusammen mit https://direnv.net/ könnte man da was bauen für spezielle ordner

direnv.net
direnv – unclutter your .profile
unclutter your .profile