sociocom / MedNER-J

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integrate_subwords_tags()のエラー(list index out of range) #2

Closed shuntaroy closed 4 years ago

shuntaroy commented 4 years ago

サンプルより長めの文章で predict() が失敗します. integrate_subwords_tags() でうまくいっていないようです. 私には細かい挙動がよくわからないので調査お願いします.

エラー

Traceback (most recent call last):
  File "main.py", line 43, in <module>
    results = model.predict(sents, form)
  File "/Users/s-yada/Developments/GitHub/MedEXJ2/ner.py", line 89, in predict
    tags = self.integrate_subwords_tags(tags, lengths[s_idx:e_idx])
  File "/Users/s-yada/Developments/GitHub/MedEXJ2/ner.py", line 66, in integrate_subwords_tags
    tag = merge(ts[idx : idx + l])
  File "/Users/s-yada/Developments/GitHub/MedEXJ2/ner.py", line 58, in merge
    return tags[0]
IndexError: list index out of range

入力テキスト

これ以外のテキストでも失敗します. 以下は短めのもの.

【背景・目的】急性呼吸窮迫症候群(以下、 ARDS)における急性期の腹臥位療法は酸素化の改善に有効とされる。
一方で、本邦では体交時の合併症への懸念、マンパワーの不足により腹臥位療法の実施が困難な場合が多い。
今回、多職種で連携を密にし腹臥位療法を実施した結果、人工呼吸器から離脱できた症例を経験したため報告する。
【方法または症例】症例はインフルエンザ肺炎によるARDSと診断され、人工呼吸器管理となった60代男性である。
既往に間質性肺炎があり、入院時の胸部CTで両側に下葉優位のびまん性スリガラス陰影を認めた。
入院日のカンファレンスで医師、看護師、理学療法士で腹臥位療法の必要性について検討した。
入院2日目に医師、看護師とともに腹臥位療法を開始し入院14日目まで4時間/回、2回/日の頻度で継続した。
褥瘡予防のため2時間おきに除圧を行った。
腹臥位療法の時間帯、実施前後の全身状態、合併症の有無について適時情報を共有した。
腹臥位以外の時間は両側への完全側臥位を実施した。
ujiuji1259 commented 4 years ago

subwordで消えてしまう文字(スペースなど)で失敗しているようでした.

ujiuji1259 commented 4 years ago

修正しました. こちらで動作は確認しましたが,念のため動作確認お願いできますでしょうか

shuntaroy commented 4 years ago

動作しました!