labanca
commented
1 month ago Existe um pacote chamado rpy2 que se propõe a executar funções de pacotes R dentro de um programa python.
rpy2 is an interface to R running embedded in a Python process
No windows, somente consegui instalá-lo em um ambiente virtual no Python 3.10 e a versão do rpy2 sendo 3.5.12 (em versões mais recentes ocorreu erro de instalação):
py -3.10 -m venv venv
source venv/Scripts/activate
pip install rpy2==3.5.12e o seguinte snipet foi executado utilizando o rpy2, definindo uma função R e recebendo o resultado dela no Python:
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr
# Load the R base package
base = importr('base')
# Load a specific R package (e.g., ggplot2)
ggplot2 = importr('ggplot2')
# Define an R function and use it
ro.r('''
my_function <- function(x) {
return(x + 1)
}
''')
# Call the R function from Python
r_my_function = ro.globalenv['my_function']
result = r_my_function(5)
print(result[0]) # Output will be 6output: 6.0Também foi possível acessar pelo Python um dataframe criado no R (vetores e dataframes são objetos geralmente retornados pelo pacote relatórios):
import rpy2.robjects as ro
import pandas as pd
from rpy2.robjects import pandas2ri
# Activate the pandas2ri conversion
pandas2ri.activate()
# R code to create a data.frame
ro.r('''
my_dataframe <- data.frame(
column1 = c(1, 2, 3, 4),
column2 = c('A', 'B', 'C', 'D'),
stringsAsFactors = FALSE
)
''')
# Access the R data.frame
r_dataframe = ro.globalenv['my_dataframe']
# Display the Python DataFrame
print(r_dataframe) column1 column2
1 1 A
2 2 B
3 3 C
4 4 DPor fim, foi possível criar um dataframe no Python, passa-lo para o R e recuperá-lo. Em seguida é adicionada uma coluna a esse dataframe dentro do R e repassado esse dataframe modificado para o Python (convertendo-o também em um dataframe do pandas):
import pandas as pd
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects import pandas2ri
# Activate the conversion between pandas and R data frames
pandas2ri.activate()
# Step 1: Create a pandas DataFrame in Python
df_python = pd.DataFrame({
'column1': [1, 2, 3, 4],
'column2': ['A', 'B', 'C', 'D']
})
# Convert the pandas DataFrame to an R data.frame
r_dataframe = pandas2ri.py2rpy(df_python)
#step 2: Pass the dataframe to rpy2
ro.globalenv['r_dataframe'] = r_dataframe
# Step 3: Define and apply an R function
# (for example, here we're just returning the summary of the dataframe)
ro.r('''
# R code that manipulates the dataframe
result <- summary(r_dataframe)
''')
# Retrieve the result from R (could be a modified dataframe, list, or other object)
r_summary = ro.r('result')
# Prints the summary received from rpy2
print("-- Returned R dataframe summary --")
print(r_summary)
# Recover to Python the dataframe sent to R (note the type in python is <class 'rpy2.robjects.vectors.DataFrame'>)
r_dataframe = ro.r('r_dataframe')
print("\n-- R dataframe --")
print(r_dataframe)
# Adds a new line to the dataframe inside R
ro.r('''
new_row <- data.frame(column1 = 5, column2 = "E")
df_r <- rbind(r_dataframe, new_row)
''')
# receives dataframe with a new line and convert it back to pandas
pandas_dataframe = pandas2ri.rpy2py_dataframe(ro.globalenv['df_r'])
print("\n-- Pandas dataframe --")
print(pandas_dataframe)-- Returned R dataframe summary --
['Min. :1.00 ' '1st Qu.:1.75 ' 'Median :2.50 ' 'Mean :2.50 '
'3rd Qu.:3.25 ' 'Max. :4.00 ' 'Length:4 '
'Class :character ' 'Mode :character ' None None None]
-- R dataframe --
column1 column2
0 1 A
1 2 B
2 3 C
3 4 D
-- Pandas dataframe --
column1 column2
0 1.0 A
1 2.0 B
2 3.0 C
3 4.0 D
11 5.0 E
gabrielbdornas
See #148.