Issues creating database

[Ellior2]

I'm having a tough time creating a database with my merged contig/transcriptome fasta file. It says I have the wrong input file and that it needs to be a fasta file, but it is clearly a fasta file. I created it in Galaxy.

[sr320]

Run a head command on the fasta file so I can see. url to notebook etc....

[Ellior2]

Notebook

[hputnam]

I think your names are connected to the sequences so it can't tell that it is a fasta file. you need a new line for the seq info i think.

Phel_contig_10013189.785994443343-2.055003426028830.505265919047074-4.06717205447885_4.75871086619138e-050.000815875891500461 ACAGGTGACTTTTGTTGTATCTTTATTGGTAAATTTGGCCTAAAAATCAGCAATACGTTGATAAAAACCAATCTATGACCCTACCTTTAAAGAGCTTGGAAGTTTGAATTCATGCATACAGCAGACATACATGTATCATGTAATGAGCATGAGCATAAAATATGGTCATGGCAAAAGACAAAATCACAGTCACCTGAGTGAGGTTGGAAGTACAGGGGTCTCTAATTCGATCAATATGCTTGACATTGTACAGTTGTAATTATCAATATTTCATTTTGATATGTAAAGGTCAAGAGAAATTTAACAATGAAGAAGACTGCGTCATCCAATGTAAAAAGTTACAAAAATGCTGACAAGTTTGGTCAAGCTGAAGCCATACCTTACCAATGTCAGTCATTTAGATCAACAACAAAGGTGAAAGTAGTCCCAATTACCAAACGTAATCGAGACATGTTTAGTGCTGCAGCCAGATCCAAACCTGGACCCATTGCTAAGACAAAGAGTGTTTCTTTTTATACCAAACCATTCCTATGGCAGGGTCAACAAAGTACAGACCAAGCTGAATCAACAAATCTTCCTACACGATTCCTGGAAGAGGAAGAAAACCTCCGAAAAGTCAGAGGTCAGAAAAGAAAACATGGCGTCCCGTCGCATCGTCAGTGGTTCAATGATCTGCATGTTGGAGGAAAGTCAACAAACATTGCTGAAAAATATGACTATCGTGATGAAGCTGACAAAATTAGGCAATTAGCTCTACCTCCAAATGCTCAAGAGCTGTATATGGGCCGAGGCATCAACCTACCAGAGGACCACTCAACAAACAGAAGAATGAAAGAATGGCAGAATAAAATAAAGGCAGAATGTGAACTTCCTAACTCAGCACCTGCTATGACGACGGTGATGACTAGTGCGGTGAAGACAACAATGCAAAGCACTATACCCAGGTACATTCAGCCCTTGCCAAAAGTCACACGTTCTCATACCATGTCACACAGTACATCAGACAGACATAGTAGTATTGCAAGTGAGCCATCCTCGGTCAGGAAGCCAGGGCGAAGGAAATCACAGATGGAAAGACAGAGAAGAAATTCTGAAATATCAAGAAGGGGTAGTCAAGTTGAGCTGAAAAAACAAGAGACCAAGGGGGTGGAGCCTGAGCCACTGAAGAGTGAGGCTGTTACTTTAAGTGAAGATAATGAAATGGAAATGGAGGTGAAAGATGATGCCATTGATAACTCTACACCTGTGGAAGTGGCAATGGAGGAAACCAAAGATGAAGGAGAGATATCTATTACAGCAGATGTTAGGCCCAATTCTGAAATGGAGATAGAGATTCCAGAGGATGACCCAAGTAGGCTTGGCTTACATCATAGCTCTTCCTTCTCAAAGATAGCCTCACCCAATCCACTCACATCTATTGATATAACTCTACATATCTCAGCTGATCGAAAAGAAGAGTTATCAGCAAAATTCACTAAGCTGGACTCAAATAGAGATGGGCATATCACGTTTCAAGAATTAATGAGTGTTCTTCCAGACTCCATAACAAAATCTCAGAAGAAGTTTATCAAAGAGGTATATGAAGCTGTAAGTAGTAGCACCTTCTTTGGTCTTGAGGAGTTTGTGGGTGTGACATGCCTTGGAGAATTGATGACCAAGTTACCTGTACCTATCAAAGATTATTATGATGATGTAGACTTTGCCTCAATCCAGCAGACTATTATGAAATACGTTATGATGTTTTCCTCAGTAGACAGGCAACAAACTGGAGCCATATCTGTTGATTCTCTGCTGGAGGTGCTGTCCATGGCAACAGATAGAGATTTGAAATCTGATCAAAGTCAAACTGAGCAGATTTTGGCAACAATAGCAAAGGTTGGAATATAGAGCTCACTCATTCCTAATCCCTCTTCAAACTTCATAAAACATTCCTTCTATACATTAATTTTACATTAAATTCTATTTATCATTTGCAAACTGATACCAACATGCGTACGGTTTTTCTTTTAGTTCTTAATCTTCAAGATTAATTGTGTTGTTTTTATCTTTCATTTTCCGATACAAAATCAGTTGATTTTGATTTCCATCCTATGTTCAGACGATACTGAATCACTTTGCCAGTTAATCAAACTGTTACAAAAATTGACGAATTGTTCACCCAAATGTTTATGTGGATATAGAAACCTTCACTTATGAAAAATTACAGATGTTTGTTCAATCATTATGATAAGTAATTGTAAGTGAAGTGTTTTAATTTTTGTGAATTTTGTTTGTTTGTTTGGCAGGTAGGTGATGGGATTGTGCCTTTGATGAAAGATACTTGGGTATAGGGCCATTACATTTTTGTCCATCGAAAAAAAATATAGGTATTAT

[sr320]

Correct !

Your file is currently

>Phel_contig_10_5492.70960072414_7.62981963801218_0.791209689281713_9.64323331901912_5.250750567205e-22_2.77316470200627e-19_TGTACCCCTGGGTGGACAGAAGCAATTATAGTAAAGTATCTTGCTCAAGGACACAAGTGTCATGACCGGGATTCGAACCCACACCCCGATGACTCAACCACCAGAACTTGAATACGATGCTCTAAACCGCTCAGCCATGACACCCTGGAAAACAACATTCATTATCTCATTCCCATTCAAAGGTCTGTCAGTTTCATATTATTTGTGTCAAGCAATAAAAAACAAGTTGCATTAATATTGCATTTTCATCTGACTACAGCAGCAATTGCGACAGATTCTCAAGACCACAAAGATTCCTATTCTCAGCCTCATCTTGATGCAATGCCAGCTCAGCGTAAAGACGACGAAGCCCTGAGGAGCATCATCAGCCAAGAACCGTGGAACTACGAGGTCTTATACACTGTCAAGATTGAGAAGGTGTACAAGACGGTGGACGGGAAGGTCTCCATGAGGGAAGGGGAGGAGGTTCAGATTAAGAGTTTCTATCCTGGGGGAATGTTTTGCGGAGTGGAGCTCAAGAAAGGAAAATCCTATGTTTTAGGAGGTGCCATCAAGGATCAGATTGGCAGATGTGACTTAATACTCGAATATAAGACCATCTCGAAAAGACAAAAGCAAGGACTCCGCAGCAACTATGGCAAATTCTGTGACAAGTGTCAGATTGCAACATGTCACTCCCCCCAATGCGCCGCCCACCTGCCGGAGAACACGTGTGCGTACATGGCCCACGACAGTTACGACAGACACGGTATCGGCTACCAGGAGGATGACTGCCTCGCAGCGCACTCCAAATGCCTCCCAAAAGAAGGTCACAAGATGTGCCAGTGGCACAGAAATAAAGATTTGAAGGGATGTCTGAGTGAGACGGGTGTGGACAGTCGCCCGGGTGTGAATCAGGGGCCAAGGAGACATCGCCAATCGCAGGGTCAACATTAAGACTGGTTTTTTTTCTTTTGCACTTTGTTCTTCCGTCTCTCTTTGTATTTTCCCACAACCTCCCTCTTTCTTCATCTTGCTTTTTTGTTTTAATAATTTTTTTTTTAATGCTGCACATAATTTATAAAGAGCCAGTGTGGTCTCGAACGTCTTCAATAATAAAACTACTGATCCAAACTTGAAACTGTTACCATTAACTACAGTTAGTAGGGTGTCTCATATTGTATAATGCAAGTAATGTATAAAGACATCGATGACATCACTCTTGGATTGTCATACGAACAATTTTGTTTCATTGTTTCGGGGTTGTGTTTTTCCTTCTTCATTTTTTAATGGGCGGACCAAAAAAGAGCAGGGCAACACCTGACTCTTACTTAATAGACTACATTCAGTTTCCTTTCATTTTTATTTACCAAACAAAAAGTCTGAAGGACTCAAAACTATTTAGTTCATACAATGCCAAAAAAAAGCTGTCATAATTTGGGTTGGGGATAAAAAAGATTAATATACCAACTTTTGTTTCATTGTACACCAATGTGTAATAAGCACTGTAGAGACCATTCTATTGCAAGTAAGTCATTATGGTCATTAACTTGTGGAGTAATTACCAAAAGTATACCCTGCCTTCGAAACCAAAAATATTATCAACACTCTTTTTGATCACAACAATACAATGTTGTTTTTCACCTCTGCTGTATTTTTTTCTGTTTCTAAAAACGCATATACTCCTTCATGCTCACAGCGCACTAAACATGTACACGCTTACAAAATGTAAGCAAATAAATATATATATAAATATTAAGCTTTTAAAAGAAATCTATAAACAAAAATTTAAATAGTGTACAAAAATAGACTAAAATGGCTTTTTAGTGTACTCTATATATTTTTATTATGTGTATGTACTAGAACAAATTCAGTTGTAAGCATGTTTATCTCCGTTTATCTTGCTTAATTTATCCAAAGGCTAAAATGTTTTTAAAATCATCGAATCCGAAGATCGGTTTCTAATCCAAAGTCCAATGATGTTTTGTACCTTTCAAATCTCTAATATTTCATTTTTTTTCCTGGAAAAGAAGTGGTTTGAACAATATTTCAATCATCCTACGGCAGGTAGGTGACGGGATCATGCCTATGATGATACAAACATGGAATTTGGCACACAGTCGGACTAAGTCATGAGAATGATATTTGGCGATGGGGCC
Phel_contig_10
>Phel_contig_10001_136.224412089297_1.6018041057117_0.596619525301856_2.68480000700827_0.00725732180374353_0.0435439308224612_ACGGAGTTCTTTGCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAATTAAATAAAATAAAATAAATAAAACAATAAAAAAATGGGACTACAATGTTTACTTGAATTACCTAAACTTGTCGAAAAACTTCACAGAAAAATAGAACCGGTCAATGTTCTTTTAAACAGTTTTCAACTGCTAGTGCGAAGTTAATTCGAAACAAAAGTTGTGGAGATCTTCAGAACTGAACACTTTGATACCGTAGAATGATAGTTTGACGATTATAGACAGAAGCAATGGCGAAGGCTGCAATGACCGTGATGACGGATCGGACATGGATTGACAGTAACAAGTAGTGACACATTTGAATTAGTTATTCTTTATTCAAGGGGTTTTGCGGTATATTAAATTAAAGATAGCTTTCGACAGAGATTATTCGGTGATAATAATAATAATAATAATAATATTAATACACTTAAACTTAATGAAGTACATTAGGTCGTGCTACTGTAATGTGAAGTATAATTATTCATACAACAGCAATAATTAAAACAAGAAAGGAAAAACATAACAAACAGAATGACCTGATTTAATAATCTGATGACACTGTTCAAAACGGGAAATTTGTGATTCTTCCTCGTAAAAAGGTGAAACAAAAAACAATGTTCGGCCAAACTCCAATTTTAATCTTTTTCATCCAAGTAAATTAGTTCTAAAATGTAAAATGATACACTCTGAAAACTCCCGGGTCAGAATTAATTTGGTTCCGGGTCCTAAAGGGTCTGACCCATTTCTCGCATGACGAAGAAATGGGTCAAACTGACACAGAATCTGAGCTAAAATCTCATTTTTAACCATGCTTCCGCGGGTCAGCATGACCTAGAAAAGGGTTAGGGCCACTGGGACCCGAGAACTGGGCTAATACTGGGACCCGGGAACGGGGTTATTTCTGACCCTGGAACCGGGTTAATATCGACTCAGGAACCGGGTTAATTCTGACCTGGTAACCGGGTTAATTCTGACATGGGAACCGGGTTAATTCTGACATGGGAACAGGGTTTATTCTGACCTGGTAACCGGGTTTATTCTGACCCGGGAACCGGGTTAGTTCTGACCAGGTAACCGGGTTAATTCTGACATG
Phel_contig_10001

but should be

>Phel_contig_10
TGTACCCCTGGGTGGACAGAAGCAATTATAGTAAAGTATCTTGCTCAAGGACACAAGTGTCATGACCGGGATTCGAACCCACACCCCGATGACTCAACCACCAGAACTTGAATACGATGCTCTAAACCGCTCAGCCATGACACCCTGGAAAACAACATTCATTATCTCATTCCCATTCAAAGGTCTGTCAGTTTCATATTATTTGTGTCAAGCAATAAAAAACAAGTTGCATTAATATTGCATTTTCATCTGACTACAGCAGCAATTGCGACAGATTCTCAAGACCACAAAGATTCCTATTCTCAGCCTCATCTTGATGCAATGCCAGCTCAGCGTAAAGACGACGAAGCCCTGAGGAGCATCATCAGCCAAGAACCGTGGAACTACGAGGTCTTATACACTGTCAAGATTGAGAAGGTGTACAAGACGGTGGACGGGAAGGTCTCCATGAGGGAAGGGGAGGAGGTTCAGATTAAGAGTTTCTATCCTGGGGGAATGTTTTGCGGAGTGGAGCTCAAGAAAGGAAAATCCTATGTTTTAGGAGGTGCCATCAAGGATCAGATTGGCAGATGTGACTTAATACTCGAATATAAGACCATCTCGAAAAGACAAAAGCAAGGACTCCGCAGCAACTATGGCAAATTCTGTGACAAGTGTCAGATTGCAACATGTCACTCCCCCCAATGCGCCGCCCACCTGCCGGAGAACACGTGTGCGTACATGGCCCACGACAGTTACGACAGACACGGTATCGGCTACCAGGAGGATGACTGCCTCGCAGCGCACTCCAAATGCCTCCCAAAAGAAGGTCACAAGATGTGCCAGTGGCACAGAAATAAAGATTTGAAGGGATGTCTGAGTGAGACGGGTGTGGACAGTCGCCCGGGTGTGAATCAGGGGCCAAGGAGACATCGCCAATCGCAGGGTCAACATTAAGACTGGTTTTTTTTCTTTTGCACTTTGTTCTTCCGTCTCTCTTTGTATTTTCCCACAACCTCCCTCTTTCTTCATCTTGCTTTTTTGTTTTAATAATTTTTTTTTTAATGCTGCACATAATTTATAAAGAGCCAGTGTGGTCTCGAACGTCTTCAATAATAAAACTACTGATCCAAACTTGAAACTGTTACCATTAACTACAGTTAGTAGGGTGTCTCATATTGTATAATGCAAGTAATGTATAAAGACATCGATGACATCACTCTTGGATTGTCATACGAACAATTTTGTTTCATTGTTTCGGGGTTGTGTTTTTCCTTCTTCATTTTTTAATGGGCGGACCAAAAAAGAGCAGGGCAACACCTGACTCTTACTTAATAGACTACATTCAGTTTCCTTTCATTTTTATTTACCAAACAAAAAGTCTGAAGGACTCAAAACTATTTAGTTCATACAATGCCAAAAAAAAGCTGTCATAATTTGGGTTGGGGATAAAAAAGATTAATATACCAACTTTTGTTTCATTGTACACCAATGTGTAATAAGCACTGTAGAGACCATTCTATTGCAAGTAAGTCATTATGGTCATTAACTTGTGGAGTAATTACCAAAAGTATACCCTGCCTTCGAAACCAAAAATATTATCAACACTCTTTTTGATCACAACAATACAATGTTGTTTTTCACCTCTGCTGTATTTTTTTCTGTTTCTAAAAACGCATATACTCCTTCATGCTCACAGCGCACTAAACATGTACACGCTTACAAAATGTAAGCAAATAAATATATATATAAATATTAAGCTTTTAAAAGAAATCTATAAACAAAAATTTAAATAGTGTACAAAAATAGACTAAAATGGCTTTTTAGTGTACTCTATATATTTTTATTATGTGTATGTACTAGAACAAATTCAGTTGTAAGCATGTTTATCTCCGTTTATCTTGCTTAATTTATCCAAAGGCTAAAATGTTTTTAAAATCATCGAATCCGAAGATCGGTTTCTAATCCAAAGTCCAATGATGTTTTGTACCTTTCAAATCTCTAATATTTCATTTTTTTTCCTGGAAAAGAAGTGGTTTGAACAATATTTCAATCATCCTACGGCAGGTAGGTGACGGGATCATGCCTATGATGATACAAACATGGAATTTGGCACACAGTCGGACTAAGTCATGAGAATGATATTTGGCGATGGGGCC
>Phel_contig_10001
ACGGAGTTCTTTGCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAATTAAATAAAATAAAATAAATAAAACAATAAAAAAATGGGACTACAATGTTTACTTGAATTACCTAAACTTGTCGAAAAACTTCACAGAAAAATAGAACCGGTCAATGTTCTTTTAAACAGTTTTCAACTGCTAGTGCGAAGTTAATTCGAAACAAAAGTTGTGGAGATCTTCAGAACTGAACACTTTGATACCGTAGAATGATAGTTTGACGATTATAGACAGAAGCAATGGCGAAGGCTGCAATGACCGTGATGACGGATCGGACATGGATTGACAGTAACAAGTAGTGACACATTTGAATTAGTTATTCTTTATTCAAGGGGTTTTGCGGTATATTAAATTAAAGATAGCTTTCGACAGAGATTATTCGGTGATAATAATAATAATAATAATAATATTAATACACTTAAACTTAATGAAGTACATTAGGTCGTGCTACTGTAATGTGAAGTATAATTATTCATACAACAGCAATAATTAAAACAAGAAAGGAAAAACATAACAAACAGAATGACCTGATTTAATAATCTGATGACACTGTTCAAAACGGGAAATTTGTGATTCTTCCTCGTAAAAAGGTGAAACAAAAAACAATGTTCGGCCAAACTCCAATTTTAATCTTTTTCATCCAAGTAAATTAGTTCTAAAATGTAAAATGATACACTCTGAAAACTCCCGGGTCAGAATTAATTTGGTTCCGGGTCCTAAAGGGTCTGACCCATTTCTCGCATGACGAAGAAATGGGTCAAACTGACACAGAATCTGAGCTAAAATCTCATTTTTAACCATGCTTCCGCGGGTCAGCATGACCTAGAAAAGGGTTAGGGCCACTGGGACCCGAGAACTGGGCTAATACTGGGACCCGGGAACGGGGTTATTTCTGACCCTGGAACCGGGTTAATATCGACTCAGGAACCGGGTTAATTCTGACCTGGTAACCGGGTTAATTCTGACATGGGAACCGGGTTAATTCTGACATGGGAACAGGGTTTATTCTGACCTGGTAACCGGGTTTATTCTGACCCGGGAACCGGGTTAGTTCTGACCAGGTAACCGGGTTAATTCTGACATG

[Ellior2]

Thanks!