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starskyzheng / panpop

Application of pan-genome for population
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PART合并个体SV #29

Closed HaoWangLYL closed 4 months ago

HaoWangLYL commented 5 months ago

郑博士，您好！ 我在用part处理bcftoold合并的vcf文件时，按照您在CGM报告中的命令进行两轮合并，但最终的3.final.vcf.gz文件中只剩下了一条染色体的信息，然后我检查了其他文件，发现在第一轮的final中变只剩下了一条。 请问您知道这个是什么原因造成的了，应该如何处理了？

starskyzheng commented 5 months ago

可能原因太多了，请您检查一下下列信息吧。或者将数据上传一下看看。 fasta文件是否含有所有染色体信息？ 运行中是否有报错？ 从哪一步开始出现只剩一条染色体的？ 只跑另一条染色体是否能出来结果？