starskyzheng
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3 months ago ONT可以用pbsv的，我测试过。 这个卡住了，估计是pbsv出bug了。 少用一个sv-caller没啥问题的，可以不用pbsv
Closed cheninouc closed 3 months ago
starskyzheng
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3 months ago ONT可以用pbsv的，我测试过。 这个卡住了，估计是pbsv出bug了。 少用一个sv-caller没啥问题的，可以不用pbsv
郑博士您好 ！@starskyzheng 我在用TGS检测SV的时候，我使用了ont、CLR、ccs三种数据，其他几个变异检测软件都能顺利检测。当运行到pbsv的时候只生成了03_vcf/sample1/pbsv.svsig.gz这个文件，然后接下来4天依然在运行但没有任何新文件的产生。当我将pbsv流程从subworkflows/callSV3.py种屏蔽掉后重新运行TGS，可以顺利产生最终的vcf文件。我想问一下是否由于ont数据不适合pbsv的流程从而卡住了，还是需要对原始的fq.gz文件处理后才能进行TGS检测。 期待您的回复！