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ShapeMoveAnalysis Project

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MITKソース版のインストール #1

Open statgenetJimu opened 9 years ago

statgenetJimu commented 9 years ago

LinuxでMITKをソースコードから立ち上げる方法.txt 参考メモ：http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/touch/20150925

mnarahara commented 9 years ago

Iwasakiさんのノートにある　/usr/local/bin/hogehoge を一つずつ link を作成したというところですが、自分で実行してみていないので、憶測でしかないのですが、環境変数の PATH に/usr/local/bin/を追加すればいいのではないかと思います。あるいは、MitkWorkbenchがlibrary の場所として認識するために用意された環境変数やオプションがあるかもしれません。 PATH を追加する方法は.bashrc というファイルに PATH=/usr/local/bin/:$PATH と書けばokです。.bashrc はhome directory に置いておけば shell を立ち上げた時に自動で読み込まれます。 linux がどのくらい使える方かわからないので、もし上記の意味がよくわからなければ、もっと丁寧に説明しますので、遠慮なく質問してください。ノートで示されている link の作成はあまりお勧めできません。 sudo 権限で、通常はあまり手動でいじることが推奨されていない領域に強制的にlink を作成しているためです。慣れないうちはsudo でしかアクセスできない領域をsudo を使っていじらないほうが無難です。

ちなみに、 export QT_PLUGIN_PATH=/usr/lib/qt/plugins/ はソフトの起動時に毎回そうしているのでしょうか？これも、同じく.bashrc に書き込んでおけば、毎回実行する必要は無くなります。

statgenetJimu commented 9 years ago

奈良原さんへ：基本的にはメンバーは「超初心者」です。岩崎さんの場合はLinuxマシンを初めて触っていきなりのインストール作業でした。

TetsushiNakao commented 9 years ago

http://docs.mitk.org/nightly/BuildInstructionsPage.html#BuildInstructions_Prerequisites によると、必須ではないがプラグインによってはQtが必要と書いてあるので、Qtをインストールしたら普通にビルドおよびインストールできるのではと思うのですが、試した方はおられますか？MITK/Documentation/Doxygen/3-DeveloperManual/images によると、QtがないとGUIが動かなさそうですし、デフォルトのソースに含まれているのではと思うのですが。

ccmakeの最新版がインストールされないという問題から脱却できていないのでcmakeのmac版GUIを使って試してみたのですが、Qt関連を外せば普通にビルドはできそうでした。（実際のgenerate以下はまだできていません）

statgenetJimu commented 9 years ago

中尾先生： MITKは既存の医療画像が使いやすいので、おそらく中尾先生が一番メリットがあるでしょう。顕微画像の形式のひとつであるnd2形式については、MITKではなく、それが基礎をおいているITKで攻めるのがよさそうということがわかってきているので、資料収集・対策構築の中心はITKに移っています。MITKのインストールに難航するようなら、間接的に勉強になるITK関係のIssuesを中心に進めることもメリットになると思います。山田

TetsushiNakao commented 9 years ago

文字化けしていますか？すみません再送しておきます

山田先生ありがとうございます今は基礎研究をメインにしているので、顕微鏡画像でもメリットは大きいです。 mitkは暇を見つけてやりたいと思います

statgenetJimu commented 9 years ago

Manjaro Linuxにて。 sudo pacman -S cmake sudo pacman -S qt5 デフォルトでALLインストールを選択 git clone http://git.mitk.org/MITK.git して MITKディレクトリと同じ高さにMITK-superbuildディレクトリを切り cd MITK-superbuild ccmake ../MITK

ほとんど何もしなかったが、MITK_BUILD_SUPERBUILDはOFFにしてみました（完全なデフォルト設定ではうまく行かないので）。→SUPERBUILDをONにしてもとりあえず回りました configure, generateは問題なく終了し make　これは結構ワーニングが出て、これでよいのか・・・とは思いましたが、なんとか終了

sudo make installをする、という手もあるようでしたが、 MITK-superbuild以下に　MITK-build ディレクトリができており、さらにその下にbinができていて、その中に、山ほど実行形式ファイルがあり、その中にMitkWorkbenchがあったので、そのbinディレクトリから ./MitkWorkbench としたら動きました。

成功。ただし、ただのエピソード。

mnarahara commented 9 years ago

中尾先生： Mac で MITK を source から build しようとしているのでしょうか。それでしたら、私は Mac で、source から build したので、参考になるかもしれません。

環境は Mac OS X Yosemite (version 10.10.5) で、関係ありそうなソフトとしては、 Qt (v 5.5.1 for Mac-x64) Xcode (version 7.1.1) CMake (version 3.2) がinstall されています。Qt は MITK の package には含まれていませんので、別途 install する必要があります。(後述しますが、Qt は別versionが必要なようだったので改めて install することになりました)

MITK をinstall したいdirectory に移動して、以下のコマンドを実行します。（上記の山田先生と同じです） git clone http://git.mitk.org/MITK.git mkdir MITK-superbuild cd MITK-superbuild ccmake ../MITK

cmake 画面に切り替わり、configuration 可能なoptions が表示されていると思います。 default のまま c すると、error がでて、Qt version 4.x が必要なのに見つからないと言われました。これは、DESIRED_QT_VERSION が 4 に設定されているからだと思われ、これを 5 に変更すればいいのかもしれませんが、4がdefault なので、5 で押し切るよりも Qt v 4 をinstall することにしました。

[Qt v4 のinstall] Qt v4 は http://download.qt.io/archive/qt/4.8/4.8.6/qt-opensource-mac-4.8.6-1.dmg からダウンロードしました。 download 完了後、dmg ファイルを開いて、install します。 install が成功したら、/usr/bin/ 以下に qmake があることを確認します。また、qmake -> qmake-4.8 と、qmake が qmake-4.8 に link されていることを確認してください。

[再び cmake ../MITK] ここで、QT_QMAKE_EXECUTABLE を UNKNOWN から /usr/bin/qmake に変更します。その後、c を実行すると、エラーなく、新たな configuration が作成されます。特に変更せず、再度 c を実行すると、 g （generate）というコマンドが有効になっているので、g すると、自動的に cmake から exit します。 MITK-superbuild の中にMakefile というファイルが作成されていると思いますので、 make を実行すると、build が始まります。このプロセスは2時間くらいかかりました。山田先生の記録にもあるように、make install しなくても MITK は起動できます。私の場合は、sudo 権限でなければ、make install はできないようでした。sudo してもいいのですが、今回は $HOME/bin にMITK の実行ファイル（MITK-superbuild/MITK-build/bin/MitkWorkbench.app/Contents/MacOS/MitkWorkbench）への symbolic link を作成するだけにしておきました。 symbolic link の作成は、$HOME/bin に移動して、 ln -s PATH_TO_TARGET_FILE NAME_OF_SYMBOLIC_LINK でできます。こうしておけば、実行ファイルへのpath をいちいち気にしなくても、 MitkWorkbench と terminal に打って実行すれば GUI が開きます。

[ccmake のインストール] ccmake が install されない問題は解決していますか？ CMake と一緒にpackage されていると思うのですが。 /Applications/CMake.app/Contents/bin/ の中に ccmake が入っていませんか？

奈良原

TetsushiNakao commented 8 years ago

奈良原さん

　数日前に書き込みに気づきました。丁寧に教えていただいていたのに遅くなってすみません。

　結論から言うと、書いていただいている通りにするとうまくいきました。

　ありがとうございました。

　最近macを新規購入したのでここ数日再トライしていたのですが、過程で発見した奈良原さんの書き込みがとても参考になりましたので一応報告しておきます（誰かの役に立つかはわかりませんが）

　１）El Capitanでは（まだ）できない（つまり旧macのYosemiteでしかまだできていません）　　　　Qt4 dmg版がinstallできないというエラーがでたため、　　　　sourceにpatchを当てて(https://github.com/Homebrew/patches/tree/master/qt)ビルド　　　　sudo make installしたが、/usr/bin/ 以下に（というかどこにも） qmakeの実行ファイルがなく、Mitkもbuildできず　　　　（Qt4自体はinstallされているようなのですが。qmakeはデフォルトでコンパイルされることになっているようで、ファイルもできているようです。リンカがうまくいっていないのでしょうか）

　２）CCmakeが更新されない　　これはLinux(Ubuntu15.04、VM wareによる仮想マシン)でした。　　新しいmacでやり直しても同じでした。　　ご指摘のように,cmakeのbinの中にccmakeが入っていないようです。

　　様々なバージョンなど試しましたが、解決していません。　　　cmake-3.3.2-Linux-x86_64.tar.gzなど名前にLinux-x86_64がつくもの　　　　　　　　　　　　　：binにccmakeファイルはあるがなぜかconfigureできない　　　ubuntu版とか他色々なバージョン：ccmakeがbinにない　　　manjaro：VM ware fusionを用いた仮想マシン上へのinstall自体ができない

　つまり自分では何一つ解決できなかったので奈良原さんの書き込み通りに旧mac(Yosemite)でやったらできた、ということでした。　新macではまだlinux, macともbuildできていない状況なので、もう少し探索してみようと思いますので、何か気づいたことがあればまた教えていただけると大変助かります。

mnarahara commented 8 years ago

中尾先生

Yosemite ではうまくいったということで、お役に立てたならよかったです。

qmake は El Capitan の問題で、ccmake は仮想マシン (UBUNTU) の問題で、それぞれ、別環境で起きている問題ということでよかったですか？

1) qt4 は install されたはずなのに、どこにもないというのは、確かでしょうか。 sudo find / -name qmake　などで、サーチしてみましたか？もし、どこかに見つかれば、$HOME/bin など、sudo permission のいらないところに置いておけばいいと思います。 $HOME/bin に置いた場合には、 ccmake の configuration でQT_QMAKE_EXECUTABLE　に$HOME/bin/qmake と指定する必要があります。 $HOME のままではなくて明確に pathname にしたほうがいいと思います。

2) ＞新しいmacでやり直しても同じでした。

新しい mac (El Capitan) の UBUNTU 仮想マシンでも同じだったということですか？仮想マシンが同じOS の同じversionなら、元のマシンのOSや version は関係ないと思います。

＞cmake-3.3.2-Linux-x86_64.tar.gzなど名前にLinux-x86_64がつくもの＞　　　　　　　　　　　　　：binにccmakeファイルはあるがなぜかconfigureできないということは、ccmake は入手できているはずなので、 configure できないというのがどういう状況なのか、詳細を教えていただければ解決しそうな気がします。

＞ubuntu版とか他色々なバージョン：ccmakeがbinにない ubuntu の package center (? 名前は正確に覚えていませんが、 package center とか software manager とかいう名前の tool がありますよね)に cmake があるのでしたら、そこから入手するのが一番、安心だと思います。もしかしたら、ubuntu package center では、cmake と ccmake はそれぞれ選択する必要があるのかもしれません。ちなみに、「ccmake が bin にない」というのはどこの bin のことですか？

奈良原

TetsushiNakao commented 8 years ago

奈良原さん

　ご親切にありがとうございます。ご指摘をヒントに試していたら少しずつ進んだので、反応が遅くなってしまいました。すみません。

　qmakeがないのはEl Capitanで、ccmakeがないのはubuntu（仮想マシン）で、ということで、おっしゃる通り別環境の問題でした。

１）Ubuntuでccmakeが更新できない　ubuntu15.04日本語版を使っていましたが、15.10英語版あるいは14.04.3LTS英語版に変えたらちゃんと更新されました。　足りないライブラリをインストールして、Concurrent OpenGL PrintSupport Script Sql Svg Widgets WebKitWidgets Xml XmlPatterns UiTools Helpの各qt5~~.cmake fileの場所を教えてやるとccmakeは回ってgenerateできましたが、実際にmakeすると途中で止まってしまいました。

２）El Capitanでqmakeが見つからない　おっしゃる通りでちゃんと見ればqtのビルド元のフォルダ内にありました。こちらも指定してやるとccmakeは回ってgenerateもできたのですが、やはりbuildの途中で止まってしまいました。ubuntuでもそうだったのですが、mitkworkbenchは作成されているのですが、中途半端のようで実行できません。

　疑問点は、ビルドしたQtのファイルがちゃんとインストール先に配置されずにQtのビルド元のフォルダに残っているようで、結局Qtのインストールがうまくいっていないのではないかということです。　macの場合はqmake自体がインストール先に配置されずておらず、Qtのビルド元のフォルダにしかありません　ubuntuの場合は.cmakeファイルを自動で見つけられなかったファイルは全てqtのビルド元に残っていました。（qmakeはusr/binにありリンクされている）

　ここに至り、作業が止まってしまったのでとりあえずご報告です。

mnarahara commented 8 years ago

中尾先生

Qt が通常の install 先に置かれない原因についてはよくわかりません。bug かもしれません。ただ、makeがうまくいって、実行ファイルが make されたのであれば、大丈夫だと思います。

現在の問題は ubuntu でも El Capitan でも、MITKWorkbench の make ということでしょうか。その場合、ccmake の configuration の設定内容と、make して「途中で止まった」際の出力内容が分からないと、問題の特定は難しいです。「途中で止まった」というのはエラーがでて終了になったということですか？

奈良原

TetsushiNakao commented 8 years ago

奈良原さん

　ありがとうございます。結局ubuntuでもEl Capitanでも、makeが走るのですが、途中で止まってしまいます。かまわずもう一度makeするとしばらく走るのですがその後別のエラーが出てやはり止まってしまいます。　ccmakeのconfiguration時の設定はdefaultから場所がわからないと言われたファイルの場所を指定しただけです。　どちらも大量のwarningやエラーが出ているのでなんともわからないのですが、、、

１）ubuntuではVTK関連のエラーが大量に出ているようです。それとconfiguration errorとしてQt5DesinerConfig.cmakeが見つからないのでDIRを指定しろと出るのですが、ccmakeを再度やってtoggleしても指定する項目がありません。ファイル自体はqtのビルド元にあります。作ればいいのかもしれませんが、なんとなくもう少し根本的な問題のような気がします。

２）El Capitanでは下記のfatal errorが当座の問題のようです。

In file included from /Users/TetsushiNakao/MITK/Modules/CppMicroServices/cmake/usCMakeResourceDependencies.cpp:22: In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/iostream:37: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/__config:23:10: fatal error: 'unistd.h' file not found

include

　しかし、他にも大量のwarningが出ていて、こちらももう少し根本的な問題のような感じがします。

　とりあえずこれ以上すぐに解決するのは難しい気がするので、他のことを進めながら暇があったら試してみたいと思っています。

mnarahara commented 8 years ago

中尾先生

El Capitan のほうは、 Xcode を install されていますか？していなければ、Xcode を install してみてください。もし、install されているなら、もしかしたら、update が必要かもしれません。

奈良原

On 2015-12-29 18:21, TetsushiNakao wrote:

奈良原さん

　ありがとうございます。結局ubuntuでもEl Capitanでも、makeが走るのですが、途中で止まってしまいます。かまわずもう一度makeするとしばらく走るのですがその後別のエラーが出てやはり止まってしまいます。　ccmakeのconfiguration時の設定はdefaultから場所がわからないと言われたファイルの場所を指定しただけです。　どちらも大量のwarningやエラーが出ているのでなんともわからないのですが、、、

１）ubuntuではVTK関連のエラーが大量に出ているようです。それとconfiguration errorとしてQt5DesinerConfig.cmakeが見つからないのでDIRを指定しろと出るのですが、ccmakeを再度やって toggleしても指定する項目がありません。ファイル自体はqtのビルド元にあります。作ればいいのかもしれませんが、なんとなくもう少し根本的な問題のような気がします。

２）El Capitanでは下記のfatal errorが当座の問題のようです。

In file included from /Users/TetsushiNakao/MITK/Modules/CppMicroServices/cmake/usCMakeResourceDependencies.cpp:22: In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/iostream:37: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/__config:23:10: fatal error: 'unistd.h' file not found

include

　しかし、他にも大量のwarningが出ていて、こちらももう少し根本的な問題のような感じがします。

　とりあえずこれ以上すぐに解決するのは難しい気がするので、他のことを進めながら暇があったら試してみたいと思っています。

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/statgenetJimu/ShapeMove/issues/1#issuecomment-167898680.

京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センター統計遺伝学分野奈良原　舞子 Unit of Statistical Genetics, Kyoto University Graduate School of Medicine Maiko Narahara e-mail:maiko.narahara@genome.med.kyoto-u.ac.jp

TetsushiNakao commented 8 years ago

Xcodeはインストールされています。updateやってみましたが必要ないと言われてしまいました。。。

Ubuntuの方が有望そうな感じがするのでこちらでもう少し検討することにします。元々manjaroがfusionで使えずやむなくubuntuにしているという事情があるので、最終的にダメならmanjaroでdual bootにしようと思います。

アプリケーションの成り立ちについて勉強になりました。ありがとうございました。

TetsushiNakao commented 8 years ago

Ubuntu1404LTS MITK build log.txt

mnarahara commented 8 years ago

Qt5 build 時のエラーはこちらのページで起きていることと同じ可能性がありますね。

https://forum.qt.io/topic/48760/qt-5-3-2-zlib-dependency-on-fedora-core-21/2

こちらは fedora の問題でしたが、Qt5 は ubuntu 用のものを入手しているでしょうか？ Qt5 の ubuntu への install は　https://wiki.qt.io/Install_Qt_5_on_Ubuntu　に instruction があります。

奈良原

TetsushiNakao commented 8 years ago

Qt5ビルドエラーについて　ありがとうございます。　Qtにubuntu用があるというのは気づきませんでした。調べてみるとapt-getでインストールできるパッケージもあるようです。Qt5を正しくサポートしているかちょっと見ただけではわかりませんが、やってみようと思います。　Qtのinstructionはoffline installerを用いる方法を紹介しており、こちらは数回やってみました。source elementsを含むというようなoptionをつけるとMITKのビルドに必要なライブラリの一部は組み込まれますが、かなり足りないようでした。ただ、これに足りないパッケージを別途インストールしてMITKのビルドを試してはいないような気もするので、可能性はあるかもしれません。