search

statisticalbiotechnology / q2dsl2

Hans' project on DSL2 conversion of piplines
0 stars 0 forks source link

Uppdatering #1

Open kulkarninomizuproduct opened 3 years ago

kulkarninomizuproduct commented 3 years ago

Hej Lukas, jag vill uppdatera dig på läget:

Läget just nu är att jag bekantat mig med och installerat nextflow på min dator, läst scipopartikeln och försökt läsa forskningsartikeln och tittat på introt till nextflow som finns på youtube. Planen nu är att närmare förstå processerna i run_quandenser.nf (av vilka det finns 16 st om jag räknat rätt), särskilt deras in/outputs, utgående från flödesschemat som finns i forskningsartikeln. Jag kan python sen innan så vissa saker ser redan bekanta ut, men som jag förstår är Groove språket Nextflow är byggt på (som jag inte hört talas om).

kulkarninomizuproduct commented 3 years ago

Och så har jag en fråga: vilka koncept i vänstra menyn i https://www.nextflow.io/docs/latest/dsl2.html behöver jag inte lära mig för att förstå och översätta run_quandenser.nf?

percolator commented 3 years ago

Roligt att höra att du är igång med arbetet.

Jag tror det är smart om du börjar med något enklare än att översätta run_quandenser.nf. Vad sägs om att skriva nf-skript som:

  1. Gör om de steg som görs i den här övingen för gnu make men med next flow, https://swcarpentry.github.io/make-novice/
  2. Koverterar en raw data fil till en mzml-fil med MSconvert som finns installerat i den här containern: https://hub.docker.com/r/chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses

--Lukas

On Tue, Jul 6, 2021 at 1:03 PM kulkarninomizuproduct < @.***> wrote:

Hej Lukas, jag vill uppdatera dig på läget:

Läget just nu är att jag bekantat mig med och installerat nextflow på min dator, läst scipopartikeln och försökt läsa forskningsartikeln och tittat på introt till nextflow som finns på youtube. Planen nu är att närmare förstå processerna i run_quandenser.nf (av vilka det finns 16 st om jag räknat rätt), särskilt deras in/outputs, utgående från flödesschemat som finns i artikeln. Jag kan python sen innan så vissa saker ser redan bekanta ut, men som jag förstår är Groove språket Nextflow är byggt på (som jag inte hört talas om).

— You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/statisticalbiotechnology/q2dsl2/issues/1, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAAXKAHKBDU3FQ4DLEX4VPLTWLPIRANCNFSM474KXDZA .