steno-aarhus / osdc

Open-Source Diabetes Classifier: an R package to classify diabetes status in Danish registers
https://steno-aarhus.github.io/osdc/
Other
1 stars 1 forks source link

Function to list all registers needed as well as all variables needed #16

Closed lwjohnst86 closed 8 months ago

lwjohnst86 commented 1 year ago

So that it is very explicit, in order for this algorithm to work, the user needs THESE registers and THESE variables.

Aastedet commented 9 months ago

Rought draft (copy/paste from an old email in Danish): This is for the original implementation. Some of the these variables are no longer needed (they have minimal impact, but perhaps we should keep them for reproducibility's sake - that's for a later discussion):

Fra CPR-registerets bef-tabel: PNR: Patient-ID KOEN: Køn/sex FOED_DATO: Date of birth

Fra Lægemiddelstatistikregisteret: PNR: Patient-ID EKSD: Ekspeditionsdato APK: Antal pakker købt INDO: Indikationskode på recepten (kan udelades, gør stort set ingen forskel, men det kræver at man lige fjerner nogle få linjers kode et sted i scriptet) NAME: Præparatnavn ATC: Præparatets ATC-kode VOLUME: Antal daglige standarddoser indeholdt i pakken

Fra Landspatientregisteret: Fra lpr_adm: PNR: Patient-ID RECNUM: Kontakt-ID C_ADIAG: Kontaktens A-diagnose (kan udelades, hvis man bare i stedet tager den fra C_DIAG- og C_DIAGTYPE-variablerne i lpr_diag-tabellen) C_BLOK: Specialeblok som kontaktens afdeling tilhører. C_PATTYPE: Patientens kontakt-type C_SPEC: Speciale som kontaktens afdelingen tilhører. D_INDDTO: Dato for starten på kontakten.

Fra lpr_diag: RECNUM: Kontakt-ID C_DIAG: Diagnose C_DIAGTYPE: Diagnosens type.

Fra Sygesikringsregisteret: PNR: Patient-ID BARNMAK: Barnemarkering SPECIALE: Ydelsens specialekode HONAAR: Honoreringsår for ydelsen HONUGE: Honoreringsuge for ydelsen

Fra Laboratoriedatabasens Forskertabel (hvis HbA1c skal bruges til inklusion): PATIENT_CPR: Patient-ID SAMPLINGDATE: Dato for prøvetagningen ANALYSISCODE: Analysens NPU-kode VALUE: Værdi af analysens resultat