Modification de la fonction d'extraction des ALDs de la démo associée

strayMat / sndsTools

https://straymat.github.io/sndsTools/

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Modification de la fonction d'extraction des ALDs de la démo associée #7

Open abelloir-zz opened 3 months ago

abelloir-zz commented 3 months ago

Changements :

Gestion des identifiants patients : La table fournie en paramètre contenant les identifiants des patients dont on veut extraire les ALDs est maintenant un data.frame R.
Ajout de documentation
Ajout d'une option pour construire la table sous Oracle sans l'importer sous un format dataframe en R
Ajout d'une option pour utiliser une connexion Oracle déjà ouverte

abelloir-zz commented 3 months ago

J'ai rajouté (de la même manière que pour les délivrances de médicaments) :

Une option pour construire la table sous Oracle sans l'importer sous un format dataframe en R
Une option pour utiliser une connexion Oracle déjà ouverte et mis à jour le notebook d'exemple en conséquence.

J'ai également mis à jour le namespace et la doc avec devtools::check()

Il me reste à faire un test directement sur la plateforme du SNDS

github-actions[bot] commented 2 months ago

PR Preview Action v1.4.8 :---: :rocket: Deployed preview to https://strayMat.github.io/sndsTools/pr-preview/pr-7/ on branch gh-pages at 2024-11-06 14:16 UTC

codecov-commenter commented 2 months ago

:warning: Please install the 'codecov app svg image' to ensure uploads and comments are reliably processed by Codecov.

Codecov Report

Attention: Patch coverage is 0% with 122 lines in your changes missing coverage. Please review.

Project coverage is 13.80%. Comparing base (f095361) to head (36b6e2b).

Files with missing lines	Patch %	Lines
R/extract_long_term_disease.R	0.00%	122 Missing :warning:

:exclamation: Your organization needs to install the Codecov GitHub app to enable full functionality.

Additional details and impacted files

```diff @@ Coverage Diff @@ ## main #7 +/- ## ========================================== - Coverage 15.27% 13.80% -1.47% ========================================== Files 6 6 Lines 622 688 +66 ========================================== Hits 95 95 - Misses 527 593 +66 ```

:umbrella: View full report in Codecov by Sentry.
:loudspeaker: Have feedback on the report? Share it here.

abelloir-zz commented 21 hours ago

Hello @strayMat @ThomasSoeiro @MarcDibling ! Avec un peu de retard, je viens de mettre en forme la fonction d'extraction des ALDs en prenant en exemple la fonction d'extraction des délivrances de médicaments sur laquelle on avait déjà pas mal itéré. J'ai fait tourner les exemples de demo_long_term_disease qui fonctionnent bien. Je n'aurais pas le temps d'itérer sur ce script mais je pense qu'après un rapide test de cette version de votre côté, vous pourrez le merger directement quitte à l'améliorer plus tard :) A bientôt, Antoine