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sulab-wmu / scPagwas

Obtain trait-relevant cell subpopulations by incorporating pathway activity transformed scRNA-seq data with GWAS data
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pathway file problem #25

Open cauzhangjn opened 5 months ago

cauzhangjn commented 5 months ago

你好，关于通路文件的问题有个事情想请教您一下，我看到软件中您内置的人类的通路文件Genes_by_pathway_kegg，是个list格式，Genes_by_pathway_kegg都是用通路号进行表示的，当我把通路号换成通路名称的时候，再进行分析，Start to link gwas and pathway block annotations for xx pathways!，这个xx的数值发生了变化，请问一下这个原因。

dengchunyu commented 2 months ago

可以计算完再将通路进行转换，我没有像你那样操作过，不太清楚原因，一般来说是不变的，除非你把通路的基因也给改变了，还有可能是通路的名字不太规范，在作为矩阵名字的时候系统自动把一些符号转化为别的代替，后面可能导致部分通路丢失