TCC-GUI Standalone versionでDESeq2でTCC Computationを実行しようとすると固まってしまうのでご相談です。
一週間前に同じデータセットで、できていた処理ができなくなりました。
mac OS Monterey(12.6.3)、R version 4.2.2を使用しております。
本日TCC-GUIおよび周辺パッケージを再度インストールし直しましたが、同じエラーがでました。
以下がRの実行画面と、Chromeのスクリーンショットです。
hot, coldの付与におけるタイプミスがないことは確認しています。
非エンジニアなので、初歩的な間違いがあるのかもしれませんが、解決策をご教授いただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。
shiny::runApp(appDir = "TCC-GUI/")
次のパッケージを付け加えます: 'MASS'
以下のオブジェクトは 'package:dplyr' からマスクされています:
select
以下のオブジェクトは 'package:plotly' からマスクされています:
select
Listening on http://127.0.0.1:7449
RColorBrewer::brewer.pal(N, "Set2") で警告がありました:
minimal value for n is 3, returning requested palette with 3 different levels
RColorBrewer::brewer.pal(N, "Set2") で警告がありました:
minimal value for n is 3, returning requested palette with 3 different levels
TCC::INFO: Calculating normalization factors using DEGES
TCC::INFO: (iDEGES pipeline : tmm - [ deseq2 - tmm ] X 3 )
警告: Error in cleanContrast: as cold is the reference level, was expecting group_hot_vs_cold to be present in 'resultsNames(object)'
1: shiny::runApp
TCC-GUI Standalone versionでDESeq2でTCC Computationを実行しようとすると固まってしまうのでご相談です。 一週間前に同じデータセットで、できていた処理ができなくなりました。 mac OS Monterey(12.6.3)、R version 4.2.2を使用しております。 本日TCC-GUIおよび周辺パッケージを再度インストールし直しましたが、同じエラーがでました。 以下がRの実行画面と、Chromeのスクリーンショットです。 hot, coldの付与におけるタイプミスがないことは確認しています。 非エンジニアなので、初歩的な間違いがあるのかもしれませんが、解決策をご教授いただければ幸いです。 よろしくお願いいたします。