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安装使用medpy #1

Open sxz-ivan opened 5 years ago

sxz-ivan commented 5 years ago

我找到一个python包,支持普通图片,dicom和网上共享的mha这些格式,挺牛批的 http://loli.github.io/medpy/ 先安一个linux系统:https://www.windowscentral.com/how-install-bash-shell-command-line-windows-10 可以给这个linux装一个比较好用的tty:https://github.com/mintty/wsltty 然后在这个里面装anaconda 添加anaconda频道 conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda conda config --add channels statiskit conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 建立medpy专用环境 conda create -n medpy python=2.7 pip ipykernel numpy scipy libboost_python-dev nibabel pydicom medpy 完成后打开专用环境 conda activate medpy 然后安装jupyter的python2内核 conda install notebook ipykernel ipython kernel install --user 然后就可以输入jupyter notebook打开notebook,开一个python2的笔记本,按照http://loli.github.io/medpy/使用了

sxz-ivan commented 5 years ago

使用jupyter的方法

设置jupyter的快捷命令“notebook”,当然可以换成自己喜欢的代号

alias notebook="jupyter notebook --port=8889 >>/[存放notebook的位置]/notebook.log 2>&1 &"

如果在windows上面装了jupyter,它会默认占用8888,在我自己的笔记本上面如果不重新给一个port会导致wsl里面的jupyter用不起

生成config文件

jupyter notebook --generate-config

设置密码

jupyter notebook password

然后命令行输入刚才设置的打开notebook的代号。 浏览器登录“http://localhost:8889/tree?”,输入刚才设置的密码,就可以登录jupyter notebook了

重新安装包以后需要重启notebook才行。由于我们设置的notebook代号里面notebook在后台运行,因此需要重启notebook的话需要用kill %[notebook对应的job id]来关闭notebook。

sxz-ivan commented 5 years ago

medpy报错

在实验室电脑上使用以后medpy报没找到itk的dependency error,conda list里面明明是有itk的,不知道为什么这台电脑找不到,打开python命令行也找不到,而且import itk也找不到。pip install itk重装了新版itk,命令行里面就有了,notebook导入图像文件成功