syshin1014 / VGN

Deep Vessel Segmentation by Learning Graphical Connectivity
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how to organize the DRIVE dataset #13

Open w5688414 opened 3 years ago

w5688414 commented 3 years ago

I download the DRIVE dataset, it seems that the dataset format is not correct, here is my data structure, can you provide the process script

├── DRIVE
│   ├── test
│   │   ├── 1st_manual
│   │   │   ├── 01_manual1.gif
│   │   │   ├── 02_manual1.gif
│   │   │   ├── 03_manual1.gif
│   │   │   ├── 04_manual1.gif
│   │   │   ├── 05_manual1.gif
│   │   │   ├── 06_manual1.gif
│   │   │   ├── 07_manual1.gif
│   │   │   ├── 08_manual1.gif
│   │   │   ├── 09_manual1.gif
│   │   │   ├── 10_manual1.gif
│   │   │   ├── 11_manual1.gif
│   │   │   ├── 12_manual1.gif
│   │   │   ├── 13_manual1.gif
│   │   │   ├── 14_manual1.gif
│   │   │   ├── 15_manual1.gif
│   │   │   ├── 16_manual1.gif
│   │   │   ├── 17_manual1.gif
│   │   │   ├── 18_manual1.gif
│   │   │   ├── 19_manual1.gif
│   │   │   └── 20_manual1.gif
│   │   ├── 2nd_manual
│   │   │   ├── 01_manual2.gif
│   │   │   ├── 02_manual2.gif
│   │   │   ├── 03_manual2.gif
│   │   │   ├── 04_manual2.gif
│   │   │   ├── 05_manual2.gif
│   │   │   ├── 06_manual2.gif
│   │   │   ├── 07_manual2.gif
│   │   │   ├── 08_manual2.gif
│   │   │   ├── 09_manual2.gif
│   │   │   ├── 10_manual2.gif
│   │   │   ├── 11_manual2.gif
│   │   │   ├── 12_manual2.gif
│   │   │   ├── 13_manual2.gif
│   │   │   ├── 14_manual2.gif
│   │   │   ├── 15_manual2.gif
│   │   │   ├── 16_manual2.gif
│   │   │   ├── 17_manual2.gif
│   │   │   ├── 18_manual2.gif
│   │   │   ├── 19_manual2.gif
│   │   │   └── 20_manual2.gif
│   │   ├── images
│   │   │   ├── 01_test.tif
│   │   │   ├── 02_test.tif
│   │   │   ├── 03_test.tif
│   │   │   ├── 04_test.tif
│   │   │   ├── 05_test.tif
│   │   │   ├── 06_test.tif
│   │   │   ├── 07_test.tif
│   │   │   ├── 08_test.tif
│   │   │   ├── 09_test.tif
│   │   │   ├── 10_test.tif
│   │   │   ├── 11_test.tif
│   │   │   ├── 12_test.tif
│   │   │   ├── 13_test.tif
│   │   │   ├── 14_test.tif
│   │   │   ├── 15_test.tif
│   │   │   ├── 16_test.tif
│   │   │   ├── 17_test.tif
│   │   │   ├── 18_test.tif
│   │   │   ├── 19_test.tif
│   │   │   └── 20_test.tif
│   │   └── mask
│   │       ├── 01_test_mask.gif
│   │       ├── 02_test_mask.gif
│   │       ├── 03_test_mask.gif
│   │       ├── 04_test_mask.gif
│   │       ├── 05_test_mask.gif
│   │       ├── 06_test_mask.gif
│   │       ├── 07_test_mask.gif
│   │       ├── 08_test_mask.gif
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│   │       ├── 14_test_mask.gif
│   │       ├── 15_test_mask.gif
│   │       ├── 16_test_mask.gif
│   │       ├── 17_test_mask.gif
│   │       ├── 18_test_mask.gif
│   │       ├── 19_test_mask.gif
│   │       └── 20_test_mask.gif
│   └── training
│       ├── 1st_manual
│       │   ├── 21_manual1.gif
│       │   ├── 22_manual1.gif
│       │   ├── 23_manual1.gif
│       │   ├── 24_manual1.gif
│       │   ├── 25_manual1.gif
│       │   ├── 26_manual1.gif
│       │   ├── 27_manual1.gif
│       │   ├── 28_manual1.gif
│       │   ├── 29_manual1.gif
│       │   ├── 30_manual1.gif
│       │   ├── 31_manual1.gif
│       │   ├── 32_manual1.gif
│       │   ├── 33_manual1.gif
│       │   ├── 34_manual1.gif
│       │   ├── 35_manual1.gif
│       │   ├── 36_manual1.gif
│       │   ├── 37_manual1.gif
│       │   ├── 38_manual1.gif
│       │   ├── 39_manual1.gif
│       │   └── 40_manual1.gif
│       ├── images
│       │   ├── 21_training.tif
│       │   ├── 22_training.tif
│       │   ├── 23_training.tif
│       │   ├── 24_training.tif
│       │   ├── 25_training.tif
│       │   ├── 26_training.tif
│       │   ├── 27_training.tif
│       │   ├── 28_training.tif
│       │   ├── 29_training.tif
│       │   ├── 30_training.tif
│       │   ├── 31_training.tif
│       │   ├── 32_training.tif
│       │   ├── 33_training.tif
│       │   ├── 34_training.tif
│       │   ├── 35_training.tif
│       │   ├── 36_training.tif
│       │   ├── 37_training.tif
│       │   ├── 38_training.tif
│       │   ├── 39_training.tif
│       │   └── 40_training.tif
│       └── mask
│           ├── 21_training_mask.gif
│           ├── 22_training_mask.gif
│           ├── 23_training_mask.gif
│           ├── 24_training_mask.gif
│           ├── 25_training_mask.gif
│           ├── 26_training_mask.gif
│           ├── 27_training_mask.gif
│           ├── 28_training_mask.gif
│           ├── 29_training_mask.gif
│           ├── 30_training_mask.gif
│           ├── 31_training_mask.gif
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│           ├── 36_training_mask.gif
│           ├── 37_training_mask.gif
│           ├── 38_training_mask.gif
│           ├── 39_training_mask.gif
│           └── 40_training_mask.gif
w5688414 commented 3 years ago

I am using python3, I met many problems for running the program

syshin1014 commented 3 years ago

Hi, as noted, this code was developed with Python2.7, so you need to modify it if you find any syntax error when you run it using Python3. I don't have a script for making the dataset immediately usable from the code. I remember I have done it manually including making text files (.txt) that list image file names. I hope you will find a way by looking at the relevant part of the code. Sorry for the inconvenience.