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2020/12/08 R演習 #21

Closed t4t5u0 closed 3 years ago

t4t5u0 commented 3 years ago

科目をタグ付けする プロジェクトを設定する(講義関連)

概要

レポート１０（主成分分析）

準備１　（レポート２、３、４、６、７と同じ） サンプルデータ（sample1.txt）を以下URLからデスクトップにダウンロードする。 http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/R/sample1.txt

3051 genes×38 samples（G1:27 samples, G2:11 samples）からなる二群の遺伝子発現データ。

準備２　（レポート２、３、４、６、７と同じ）データの準備 ・カレントディレクトリをデスクトップに移動：メニュー->ファイル->ディレクトリの変更 ・ファイルの読み込み： x <- read.table( "sample1.txt", skip=1, row.names = 1 ) ・行列に変換：　xm = as.matrix( x )

準備３　以下のコマンドを確認してください。 ・G2群の遺伝子発現を目視：image( xm[,28:38] ) ・G2群の3051種類遺伝子発現量について主成分分析を実行： q<-prcomp( xm[,28:38] ); 　（11サンプルの遺伝子発現パターンを表す成分（主成分）を寄与度の高い順に分離する） ・G2群の遺伝子発現の主成分を目視：image( q$x ) ・各主成分の寄与度（Proportion of Variance）を確認：summary(q) （第一主成分から順に、0.7454 0.0500 0.04755, ... と見える。 　第一主成分が74.5%, 第二主成分が5.0%, 第三主成分が4.6%、元の遺伝子パターンを説明するの意）

課題　G1群の遺伝子発現量について主成分分析を行い、主成分をイメージ表示した結果のスナップショット画像を提出せよ。また、タイトルには「第一主成分の寄与度」を文言に含めよ。

リンク・画像など(省略可)

その他

marbou090 commented 3 years ago

これいつも水曜夜までなのに今週は火曜夜までなの罠でしょ 殺してくれ

t4t5u0 commented 3 years ago

わかり

2020年12月8日(火) 23:16 Marubou notifications@github.com:

これいつも水曜夜までなのに今週は火曜夜までなの罠でしょ 殺してくれ

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t4t5u0 commented 3 years ago

わかり哲也