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tanghaibao / jcvi

Python library to facilitate genome assembly, annotation, and comparative genomics
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微共线性(Microsynteny)三个及以上物种比对问题 #696

Open sdhzwpz opened 1 month ago

sdhzwpz commented 1 month ago

作者你好，我发现你在多序列微共线性模块展示了graph，peach以及cacao之间的共线性，最终绘图则是用peach和cacao都去和grape比对，那能否最终绘图能否用peach比对grape，再用grape比对cacao再用cacao比对一条其他物种的染色体这种线性的可视化方式呢，如果现在可以实现能否附一下具体步骤？万分感谢

tanghaibao commented 1 month ago

@sdhzwpz

wiki里面有三个物种的范例，不知道你有没有试过： https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)#macrosynteny-getting-fancy