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thiago-goncalves-souza / zootraits

Shiny App for exploring animal functional trait data
https://ecofun.shinyapps.io/zootraits/
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Open traits network #4

Closed beatrizmilz closed 10 months ago

beatrizmilz commented 1 year ago

open-traits-network dataset

beatrizmilz commented 1 year ago

otnraw_sample1000.xlsx

beatrizmilz commented 1 year ago

otnraw_complete_sample1000.xlsx

beatrizmilz commented 11 months ago

@thiago-goncalves-souza

beatrizmilz commented 11 months ago

Filtros: especie,genero, family, database, grupo de traits, filo

genero -> separando o scientific name, temos o genero e a especie

beatrizmilz commented 11 months ago

https://github.com/open-traits-network/otn-taxon-trait-summary/blob/main/traits-sample.csv

beatrizmilz commented 11 months ago

Download da lista resultante dos filtros

beatrizmilz commented 11 months ago

https://shiny.cefe.cnrs.fr/PhenoSpace/

beatrizmilz commented 10 months ago

Definir melhor c/ Thiago quais sao os dados para mostrar. A base original tem mais 3.4 milhões de linhas. Ficaria muito pesado para rodar no shiny! Se for isso mesmo, precisaremos de um backend de banco de dados.

beatrizmilz commented 10 months ago

Thiago, dei mais uma explorada nesse caso hoje, e acho que seria bom a gente fazer uma reunião!

thiago-goncalves-souza commented 10 months ago

Definir melhor c/ Thiago quais sao os dados para mostrar. A base original tem mais 3.4 milhões de linhas. Ficaria muito pesado para rodar no shiny! Se for isso mesmo, precisaremos de um backend de banco de dados.

Imagino que vá cair bastante, pois não vamos inserir plantas e elas representam MUITOS dados.

beatrizmilz commented 10 months ago

Filtrando o Reino, percebi que existem muitos dados faltantes. Esses dados também não apresentam informações de filo, taxon, família.. mas tem o nome do genero e espécie. Deixei em anexo uma amostra dos 1000 primeiros nomes mais frequentes que aparecem em resolvedName (onde consta gênero e espécie).

Obs: é interessante olhar para ter ideia do que estamos removendo da base, se são coisas que não são relevantes realmente, ou se estamos removendo coisas importantes.

missing-kingdom.xlsx

beatrizmilz commented 10 months ago
thiago-goncalves-souza commented 10 months ago
  • Precisamos adicionar algum textinho introdutorio sobre o que é o OTN, colocar alguma referência, e o objetivo da tela. Isso já tem em algum lugar? @thiago-goncalves-souza

Pode linkar o site e colocar essa descrição deles:

The Open Traits Network (OTN) is a global, decentralised community of researchers and institutions who welcomes anyone working towards standardising and integrating trait data across all organisms. We are guided by the principles of Open Science, particularly Open Methods, Open Source and Open Data. We believe that five key principles built upon Open Science ideals could be transformative for trait science:

Openly sharing data, methods, protocols, code, and workflows; Appropriately citing original data collectors, and providing scholarly credit; Providing appropriate metadata together with trait observations; Collecting of trait data following reproducible, standardised methods and protocols (when available) or committing to their development; Providing training resources in trait collection and database construction using Open Science principles. The OTN seeks to undertake five key activities as a starting point for the synthesis of trait data, which are:

Maintaining a global registry of trait-based initiatives Sharing reproducible workflows and tools for aggregating trait data Advocating for a free flow of data and appropriate recognition of efforts Creating a trait core to facilitate synthesis and standardisation Facilitating consistent approaches to measuring traits within major groups Please visit our member pages to see a list of our current members. This page also has instructions on how you can join the Open Traits Network and offer your expertise and knowledge in the pursuit of a harmonised and curated trait dataset across all organisms.