Roadmap for final V1

[beatrizmilz]

General

• [x] Rename the pages

• [x] Add section about license

  <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/"><img alt="Creative Commons License" style="border-width:0" src="https://i.creativecommons.org/l/by-nc-sa/4.0/88x31.png" /></a><br />This work is licensed under a <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License</a>.

• [x] Fix with suggestions from the team

Contribute

• [ ] One more round of testing, now with real data (@thiago-goncalves-souza 's team)
• [x] Finish the back-end with GitHub Actions - update feedtrait

Deploy

• [x] Transfer the repository to Thiago (or a GitHub org from the lab)

• [x] Deploy the app in another account (mind the name of the account, it will be in the URL)

• In order to do this tasks, it would be good if we make a video call

Best do

• [ ] ~add ORCID/GOOGLE SCHOLAR/homepage in the team dataset @thiagotoyoyo [by 15 de junho]~
• [ ] ~Thiago's team is going to complete the lat/long and send the updated dataset~
• [x] Thiago's team review information on metadata

[beatrizmilz]

Anotações das sugestões:

• [x] (1) Modificar botão “send suggestion” talvez para “submit your suggestion”?
• [x] (2) Talvez um local para mandar um arquivo csv pra facilitar a vida do povo? Assumindo que vão preencher corretamente?
• [x] (3) It would be good to clarify what is considered a Local,and Regional scale (in study scale section).
• [x] (4) The question about “where” also needs a clarification because I see that it includes countries, regions, continents… Perhaps it would be bn good to add some text clarifying how specific this information should be? (The highest specificity indicated in the paper? )
• [x] (5) What do you mean by taxonomic span?

[beatrizmilz]

1 - isso é tranquilo de fazer! Na próxima vez que mexer, faço. 2 - É possível? É. Mas tem ter mais cuidado na revisão das contribuições, ok? Sobre isso, tem mais algo que me preocupa, mas prefiro mandar por Whats app. 3- vi aqui e está na aba metadados! A ideia é colocar essas explicações também no feedtraits? 4 - up to you :) você pode definir e me passar? 5 - esse também depende de você. Para mim também não está claro.

[beatrizmilz]

Thiago, sobre a dúvida 3 até 5, tive uma ideia:

A tabela mostrada na tela "metadata" é gerada aqui, e as infos vieram ou de conversas ou do arquivo inicial que você enviou que tinha alguns dos metadados na segunda aba da planilha: https://github.com/beatrizmilz/zootraits/blob/aa89f1ed520d1a4cdecf54e2528583e3d2abb303/data-raw/zootraits-review/metadata.R#L48-L78

Seria bom revisar esses textos e ver se quer que mude algo.

A ideia que implementei foi criar uma função que pega a descrição do metadata e adiciona embaixo do nome do filtro. Assim, se algo não está claro, podemos melhorar a descrição no metadata.

Com isso, além de revisar os textos que aparecem, seria bom também pensar na ordem que eles aparecem (do mais amplo para o mais específico).

O que acha?

Creio que esses passos já ajudariam bastante a questão das dúvidas sobre o que as colunas significam. Atualizei o app com essa ideia.

[beatrizmilz]

Thiago, seria bom pedir para a equipe da revisão fazer mais uma experimentação com o envio dos dados de artigos, agora com exemplos reais!

[beatrizmilz]

Thiago, seria bom pedir para a equipe da revisão fazer mais uma experimentação com o envio dos dados de artigos, agora com exemplos reais!

Agora que eu vi, o Fabrício fez um envio!

[thiago-goncalves-souza]

Thiago, sobre a dúvida 3 até 5, tive uma ideia:

A tabela mostrada na tela "metadata" é gerada aqui, e as infos vieram ou de conversas ou do arquivo inicial que você enviou que tinha alguns dos metadados na segunda aba da planilha:

https://github.com/beatrizmilz/zootraits/blob/aa89f1ed520d1a4cdecf54e2528583e3d2abb303/data-raw/zootraits-review/metadata.R#L48-L78

Seria bom revisar esses textos e ver se quer que mude algo.

A ideia que implementei foi criar uma função que pega a descrição do metadata e adiciona embaixo do nome do filtro. Assim, se algo não está claro, podemos melhorar a descrição no metadata.

Com isso, além de revisar os textos que aparecem, seria bom também pensar na ordem que eles aparecem (do mais amplo para o mais específico).

O que acha?

Creio que esses passos já ajudariam bastante a questão das dúvidas sobre o que as colunas significam. Atualizei o app com essa ideia.

Sugestão de modificação do metadados:

Na aba ExploreTrait - Metadata

• [x] remover: CODE (se não for confundir o seu código) - mas esse code era algo só para organizar o artigo original, não sei se precisa aqui.

• [x] modificar: where -> region / ocean / continent [fica muito grande e estranho para a tabela?]

• [x] Trait type: substituir both por "Response and Effect" [isso não é dos metadados e sim da limpeza da base!]

• [x] Em "Taxonomic unit" description você poderia por favor colocar: "taxonomic unit of trait identification, i.e., the trait information was attributed to species, genus or family level, or you set trait information using multiple levels)"

• [x] Taxon (REMOVER) e manter somente taxonomic group [isso não é dos metadados e sim da limpeza da base!]

• [x] Em "taxomic group", adicionar: More inclusive taxonomic group used (Arachnida, Araneae, Mammalia, etc...), you can refer to Ruggiero et al. (2015): https://doi.org/10.1371/journal.pone.0119248

• [x] Ecosystem description: "What is the predominant ecosystem in which the study was conducted".
• [x] Ecosystem: Is it possible to add "other"? [isso não é dos metadados e sim da limpeza da base!]

• [x] Em "Taxonomic type" description você poderia por favor colocar:

• effect trait: traits that cause variation in different aspects of ecosystem functioning

• response trait: traits that respond to environmental changes

• response and effect trait: traits that respond to environmental changes and also impact ecosystem funtioning

• undefinied: generic description of species traits with no assumption that this is important in terms of response to or impacts on ecosystems

ajuste 1:

• [x] Quando seleciona-se alguma opção em alguns campos, o “none” já fica como default selecionado. Se a pessoa não prestar atenção, vai submeter com o none selecionado. Seria interessante se já retirasse essa seleção assim que ele indicar alguma coisa. Isso em “Where”, em “Trait Dimension” e “Trait details”.

ajuste 2:

• [x] “Other trait detais” não soube como separar os traits, se indicar mais do que um.

[thiago-goncalves-souza]

Oi @beatrizmilz . Queria pedir uma sugestão de como fazer a questão das coordenadas. Para os estudos em escala local, é facil imaginar que teremos uma coordenada para o local estudado. Porém, para escala regional e global teria que inserir multiplos pontos e isso deixaria bem confuso. O que vc acha que podemos fazer? Aparecer varios pontos? Ou simplesmente deixar como está?

[beatrizmilz]

Oi Thiago! Vou responder agora esses itens aqui: https://github.com/beatrizmilz/zootraits/issues/6#issuecomment-1714289164

Sobre a modificação dos metadados: a ideia é que os metadados correspondam à tabela de review, então ao mudar os metadados, algumas coisas no app também devem mudar. Aviso por aqui quais foram.

[beatrizmilz]

• [x] renomear var taxunit para taxonomic_unit (para padronizar e facilitar o entendimento)

[beatrizmilz]

Oi @beatrizmilz . Queria pedir uma sugestão de como fazer a questão das coordenadas. Para os estudos em escala local, é facil imaginar que teremos uma coordenada para o local estudado. Porém, para escala regional e global teria que inserir multiplos pontos e isso deixaria bem confuso. O que vc acha que podemos fazer? Aparecer varios pontos? Ou simplesmente deixar como está?

Sobre esse ponto: O mais fácil é deixar como está, já que todos os dados que temos apresenta apenas 1 lat/lon.

Mas me parece que o melhor para a questão estudada seria ter a possibilidade de mais de um ponto por estudo. Nesse caso teríamos que pensar um pouco em algumas partes como a limpeza dos dados (como deixar essa info na tabela, por exemplo), e também no feedtraits (pq colocamos a possibilidade de subir um lat/long apenas).

No fim, creio que cai na questão 'it's up to you', onde deixar como está gasta tempo = 0, e ter lat/long gasta mais tempo de trabalho.

[beatrizmilz]

Sobre a tarefa:

modificar: where -> region / ocean / continent [fica muito grande e estranho para a tabela?]

A ideia é renomear a coluna where em todos os lugares que ela aparece?

[beatrizmilz]

Atualizei o app com as mudanças de hoje!

https://beatriz-milz.shinyapps.io/zootraits/

Tem umas tarefas que seria interessante fazer com você, em uma chamada. Você tem um tempo nessa semana?

[thiago-goncalves-souza]

Sobre a tarefa:

modificar: where -> region / ocean / continent [fica muito grande e estranho para a tabela?]

A ideia é renomear a coluna where em todos os lugares que ela aparece?

Gostei da maneira que você fez

[thiago-goncalves-souza]

Atualizei o app com as mudanças de hoje!

https://beatriz-milz.shinyapps.io/zootraits/

Tem umas tarefas que seria interessante fazer com você, em uma chamada. Você tem um tempo nessa semana?

Vamos sim. Talvez sexta a tarde?

[thiago-goncalves-souza]

Pequenas mudanças:

• [x] 1) devo ter digitado errado e existem duas maneiras para "undetermined morphological traits" e "undetermined trait". Poderia ficar tudo como "undetermined morphological traits" ? Posso fazer isso se me mandar a planilha mais recente que vc ta usando.

• [x] 2) Existe como omitir o aparecimento do "other" nas categorias sem que seja removendo da base de dados? Se sim, talvez via dat %>% dplyr::filter(trait != "other"), poderia implementar?

[beatrizmilz]

Pequenas mudanças:

1. devo ter digitado errado e existem duas maneiras para "undetermined morphological traits" e "undetermined trait". Poderia ficar tudo como "undetermined morphological traits" ? Posso fazer isso se me mandar a planilha mais recente que vc ta usando.

2. Existe como omitir o aparecimento do "other" nas categorias sem que seja removendo da base de dados? Se sim, talvez via dat %>% dplyr::filter(trait != "other"), poderia implementar?

Sobre o 1, vou mudar aqui com código mesmo!

[beatrizmilz]

Pequenas mudanças:

* [x]  1)  devo ter digitado errado e existem duas maneiras para "undetermined morphological traits" e "undetermined trait". Poderia ficar tudo como "undetermined morphological traits" ? Posso fazer isso se me mandar a planilha mais recente que vc ta usando.

* [ ]  2) Existe como omitir o aparecimento do "other" nas categorias sem que seja removendo da base de dados? Se sim, talvez via dat %>% dplyr::filter(trait != "other"), poderia implementar?

Sobre o 2, vc fala do Feedtrait, ou do Exploretrait?

[beatrizmilz]

O backend da funcionalidade de subir o CSV ainda não está pronta! assim que estiver funcionando eu aviso

[beatrizmilz]

O backend da funcionalidade de subir o CSV ainda não está pronta! assim que estiver funcionando eu aviso

https://beatriz-milz.shinyapps.io/zootraits/ no ar!

[thiago-goncalves-souza]

Pequenas mudanças:

* [x]  1)  devo ter digitado errado e existem duas maneiras para "undetermined morphological traits" e "undetermined trait". Poderia ficar tudo como "undetermined morphological traits" ? Posso fazer isso se me mandar a planilha mais recente que vc ta usando.

* [ ]  2) Existe como omitir o aparecimento do "other" nas categorias sem que seja removendo da base de dados? Se sim, talvez via dat %>% dplyr::filter(trait != "other"), poderia implementar?

Sobre o 2, vc fala do Feedtrait, ou do Exploretrait?

ExploreTrait -> DataExploration.

Fiquei simulando e quando o other é o mais comum do grupo, ele aparece como um "trait". Pode omitir ele também via código se for possível.

[beatrizmilz]

• [x] Alterar de csv para excel

[thiago-goncalves-souza]

• [x] @beatrizmilz, in the FEED trait, could you correct this:

• Make sure to create one row for each paper.

For

• Make sure to create one row for each paper or one row for each taxonomic group in case the same paper studied multiple taxonomic groups.

[thiago-goncalves-souza]

• [x] Remover - Joshua Madin, University of Michigan

[thiago-goncalves-souza]

• [x] Outra coisa. Quando usamos o GetTrait não é possível saber de qual base de dados vem cada informação. Acho que isso era algo possível ao cruzar as matrizes deles. Acho que ele tentou explicar neste email:

_Re: summaries of the datasets: we have a few things that might (or might not) be useful:

https://github.com/open-traits-network/otn-taxon-trait-summary/tree/main/_data/R/summaries - this contains one summary for each dataset that is fed into the overall summary. The main summary is probably more useful (since it has some additional fields and standardization), but the smaller size on these might be useful?

https://github.com/open-traits-network/open-traits-network.github.io/tree/master/_datasets - the .md files here provide a combination of human and machine-readable information that could be mined for metadata, particularly the description information._