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tlemane / kmtricks

modular k-mer count matrix and Bloom filter construction for large read collections
GNU Affero General Public License v3.0
72 stars 7 forks source link

la ligne 85 dans km_reads_to_superk.cpp : pInfo.saveInfoFile(name) est-elle utile #1

Closed gcollet closed 4 years ago

gcollet commented 4 years ago

Salut Téo,

Pierre m'a transmis le lien vers kmtricks pour que je regarde un peu ce que tu as fait. Pour voir, j'ai profilé l'exécutable (sur un seul fichier donc pas trop d'intérêt pour le moment).

Et j'ai vu que 86% du temps était dans la fonction pInfo.saveInfoFile(name) qui est finalement (si j'ai bien compris) un dump lisible de qu'il y a dans la version binaire. Je suppose que c'est un truc de dev ;-)

Bien à toi,

Guillaume.

PS : je peux faire un pull request si tu veux, j'ai fait la modif pour voir

gcollet commented 4 years ago

Ha non, je viens de voir que le test fail et c'est logique vu que l'info est utilisée dans la partie kmer_count... C'est ennuyeux ce temps d'écriture.