search

tlubitz / SBtab

SBtab - Table format for Systems Biology:
www.sbtab.net
MIT License
6 stars 8 forks source link

"AttributeError: module 'misc' has no attribute 'getDelimiter'" #89

Closed liebermeister closed 4 years ago

liebermeister commented 4 years ago

Hi Timo,

ich hab gerade den Validator in der Kommandozeile verwenden wollen und bekomme den Fehler:

Traceback (most recent call last): File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/validatorSBtab.py", line 341, in delimiter = misc.getDelimiter(sbtab_file) AttributeError: module 'misc' has no attribute 'getDelimiter'

Kannst Du damit was anfangen?

LG Wolf

tlubitz commented 4 years ago

removed deprecated main function;

liebermeister commented 4 years ago

Danke! Jetzt bekomme ich den Fehler:

Traceback (most recent call last): File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/sbtab_validator.py", line 46, in validator_wrapper sbtab = SBtab.SBtabTable(f, args.sbtab) File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/SBtab.py", line 88, in init self._singular() File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/SBtab.py", line 125, in _singular raise SBtabError('There are more than one SBtab tables in this file. Please'\ SBtab.SBtabError: There are more than one SBtab tables in this file. Please use the SBtabDocument class instead of SBtabTable.

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last): File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/sbtab_validator.py", line 89, in validator_wrapper(args) File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/sbtab_validator.py", line 48, in validator_wrapper raise SBtabError('SBtab Table %s could not be created.' % args.sbtab) main.SBtabError: SBtab Table ./ecoli_noor_2016/ecoli_noor_2016_ECM_Model.tsv could not be created.

Kann es sein, dass man nur einzelne Tabellen validieren kann und nicht Dateien, die ein ganzes SBtab-Dokument enthalten?

LG Wolf

tlubitz commented 4 years ago

Hi Wolf,

für Dokumente muss man die Flag -d verwenden. Falls das nicht gehen sollte, schick mir bitte mal die Datei zum Testen.

Liebe Grüße, Timo

Am Mo., 13. Juli 2020 um 19:21 Uhr schrieb Wolfram Liebermeister < notifications@github.com>:

Danke! Jetzt bekomme ich den Fehler:

Traceback (most recent call last): File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/sbtab_validator.py", line 46, in validator_wrapper sbtab = SBtab.SBtabTable(f, args.sbtab) File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/SBtab.py", line 88, in init self._singular() File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/SBtab.py", line 125, in _singular raise SBtabError('There are more than one SBtab tables in this file. Please'\ SBtab.SBtabError: There are more than one SBtab tables in this file. Please use the SBtabDocument class instead of SBtabTable.

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last): File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/sbtab_validator.py", line 89, in validator_wrapper(args) File "/home/wolfram/projekte/sbtab/github/SBtab/python/sbtab_validator.py", line 48, in validator_wrapper raise SBtabError('SBtab Table %s could not be created.' % args.sbtab) main.SBtabError: SBtab Table ./ecoli_noor_2016/ecoli_noor_2016_ECM_Model.tsv could not be created.

Kann es sein, dass man nur einzelne Tabellen validieren kann und nicht Dateien, die ein ganzes SBtab-Dokument enthalten?

LG Wolf

— You are receiving this because you modified the open/close state. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/tlubitz/SBtab/issues/89#issuecomment-657687068, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AGPUCF5ZG3ARSATOKVTQXJ3R3M7C3ANCNFSM4OYNXTEA .

liebermeister commented 4 years ago

Danke!!

Im Hilfetext von sbtab_validator.py, kannst Du noch "create" durch "validate" ersetzen? Und wäre es leicht zu machen, dass das Kommandozeilenprogramm automatisch erkennt, ob es sich bei der Eingabedatei um eine Tabelle oder ein Dokument handelt? Und für die Ausgabe, könntest Du anstatt der python-Liste die Meldungen einfach Zeile für Zeile als Strings ausgeben? (Bitte beides nicht programmieren, sondern auf die Liste setzen, es sei denn es sind absolute Kleinigkeiten für Dich).

tlubitz commented 4 years ago

Create habe ich durch Validate ersetzt, die Ausgabe habe ich jetzt Zeile für Zeile anstelle von von der Python-Liste.

Die automatische Erkennung von Table/Document wäre etwas komplexer, das habe ich auf die Liste gesetzt

liebermeister commented 4 years ago

Danke!

Hättest Du in den nächsten Tagen Zeit zu reden? Oder lieber nächste Woche?

Viele Grüße Wolf

tlubitz commented 4 years ago

Bei mir sind diese Woche die Vormittage ziemlich voll, aber so ab 13 Uhr kann ich eigentlich immer (bis maximal 16 Uhr). Heute ginge es auch...