tomomano
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3 months ago @ryupath ご質問どうもありがとうございます。
Seeds ですが、これは例えば２色のイメージングの際などに使用されます。 チャネルA、チャネルBがあるとして、それぞれの画像を二値化したものと想定します。 チャネルAの物体の中で、チャネルBにもシグナルがある物体を検出したい場合に Seed を使用します。 この場合、チャネルAを選択したうえで 3D Simple Segmentation を開き、Seed にチャネルBの画像を指定します。 １チャネルの画像の場合は、"None"にしておけばよいです。
Low threshold ですが、入力画像が二値化されていない場合、どの閾値で二値化を行うかを指定します。 Labkit の出力はすでに二値化されているため、このパラメーターは無視してよいはずです。
Min size は検出される物体の最小の体積を指定します。 Max size は検出される物体の最大の体積を指定します。-1 と入れると上限なしという意味になります。
"individual voxels are onjects" は使ったことがないのでわかりません...興味がある場合はご自身で実験をされてみてください。
"32-bit segmentation" は、物体の数が65535個以上ある場合にチェックマークしてください。チェックマークなしで計算をして、物体の数が65535個以上あった場合、エラーになるか、間違った結果が出力されます。
以上のような感じです。 追加でご不明点があれば、お気軽にご質問ください。 プラグインの公式ドキュメンテーションもありますので、よろしければそちらもご覧ください。 https://imagej.net/imagej-wiki-static/3D_ImageJ_Suite
ryupath
実験医学の特集を読んでサンプルデータの解析をしています。 3D Simple Segmentationでの入力事項について質問です。 Labkitでの作業を終え、保存したTIFF画像で3D Simple Segmentationを実行する際、入力画面にSeedsとありますがこれはなんでしょうか。他3項目についても入力例などあれば教えて下さい。
よろしくお願いします。