Core.aln all the same nucleotide?

Hi finished running nullarbor2 and when I looked at the core SNP and distance matrix output most of them are 0 and 1. I read numerous post saying please removed unaligned >200,000 bp and snippy must run on isolates of more than 10x coverage. I check those and it seem fine and I manage to run snippy by itself but it still produces the same outcome. Can someone point my mistake?
This is snippy-core 4.4.5
Obtained from http://github.com/tseemann/snippy
Enabling bundled tools.
Found any2fasta - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/binaries/noarch/any2fasta
Found samtools - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/samtools
Found minimap2 - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/minimap2
Found bedtools - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/bedtools
Found snp-sites - /home/yfong/miniconda3/envs/snippy/bin/snp-sites
Saving reference FASTA: core.ref.fa
This is any2fasta 0.4.2
Opening 'M001/ref.fa'
Detected FASTA format
Read 73527 lines from 'M001/ref.fa'
Wrote 1 sequences from FASTA file.
Processed 1 files.
Done.
Loaded 1 sequences totalling 4411532 bp.
Will mask 0 regions totalling 0 bp ~ 0.00%
0   M001    snp=622 del=76  ins=50  het=108 unaligned=133260
1   M004    snp=1420    del=231 ins=205 het=395 unaligned=99174
2   M005    snp=1343    del=168 ins=149 het=267 unaligned=110619
3   M006    snp=1448    del=421 ins=362 het=617 unaligned=86679
4   M007    snp=1391    del=198 ins=178 het=352 unaligned=105004
5   M008    snp=1304    del=154 ins=136 het=446 unaligned=118573
6   M009    snp=1332    del=195 ins=185 het=345 unaligned=114121
7   M011    snp=2062    del=668 ins=337 het=821 unaligned=86549
8   M012    snp=1353    del=195 ins=165 het=456 unaligned=105708
9   M013    snp=1455    del=279 ins=256 het=979 unaligned=96660
10  M014    snp=1015    del=90  ins=58  het=161 unaligned=118938
11  M016    snp=2009    del=617 ins=452 het=750 unaligned=91697
12  M017    snp=1046    del=175 ins=137 het=1893    unaligned=94427
13  M018    snp=1214    del=136 ins=130 het=613 unaligned=102553
14  M019    snp=1344    del=165 ins=139 het=529 unaligned=104828
15  M020    snp=1331    del=294 ins=359 het=1183    unaligned=86500
16  M023    snp=1309    del=149 ins=139 het=482 unaligned=117782
17  M024    snp=880 del=111 ins=74  het=724 unaligned=121227
18  M025    snp=1359    del=285 ins=414 het=988 unaligned=62649
19  M026    snp=1991    del=358 ins=243 het=388 unaligned=97976
20  M027    snp=686 del=71  ins=125 het=3782    unaligned=70180
21  M028    snp=844 del=82  ins=45  het=51  unaligned=117821
22  M032    snp=924 del=55  ins=60  het=42  unaligned=117118
23  M036    snp=1494    del=624 ins=451 het=771 unaligned=82055
24  M045    snp=277 del=4   ins=5   het=143 unaligned=112022
25  M047    snp=301 del=18  ins=13  het=170 unaligned=78764
26  M050    snp=1414    del=264 ins=227 het=305 unaligned=103399
27  M051    snp=2029    del=331 ins=307 het=540 unaligned=94108
28  M052    snp=1390    del=203 ins=198 het=741 unaligned=107805
29  M053    snp=1431    del=420 ins=418 het=806 unaligned=87381
30  M056    snp=1396    del=250 ins=275 het=636 unaligned=97441
31  M057    snp=1467    del=539 ins=374 het=689 unaligned=87344
32  M058    snp=936 del=177 ins=140 het=553 unaligned=84978
33  M059    snp=1988    del=242 ins=237 het=461 unaligned=107036
34  M060    snp=1448    del=382 ins=344 het=552 unaligned=91235
35  M061    snp=1362    del=175 ins=157 het=689 unaligned=98914
36  M063    snp=2069    del=386 ins=406 het=860 unaligned=93972
37  M064    snp=1405    del=274 ins=341 het=544 unaligned=98250
38  M065    snp=1970    del=263 ins=280 het=734 unaligned=96985
39  M066    snp=1471    del=296 ins=366 het=1215    unaligned=101900
40  M067    snp=1406    del=263 ins=280 het=434 unaligned=99535
41  M069    snp=788 del=159 ins=114 het=540 unaligned=73572
42  M070    snp=1293    del=143 ins=149 het=343 unaligned=91754
43  M072    snp=1457    del=334 ins=400 het=1193    unaligned=89888
44  M077    snp=937 del=94  ins=104 het=576 unaligned=102341
45  M078    snp=756 del=78  ins=88  het=250 unaligned=76888
46  M081    snp=1436    del=374 ins=331 het=322 unaligned=91983
47  M082    snp=1322    del=222 ins=172 het=405 unaligned=90869
48  M083    snp=1434    del=390 ins=316 het=1236    unaligned=96484
49  M084    snp=1983    del=280 ins=305 het=1123    unaligned=76589
50  M085    snp=1444    del=251 ins=230 het=1945    unaligned=93179
51  M086    snp=1948    del=261 ins=276 het=605 unaligned=92812
52  M087    snp=1355    del=154 ins=149 het=223 unaligned=101555
53  M088    snp=734 del=75  ins=72  het=182 unaligned=82023
54  M089    snp=676 del=87  ins=132 het=2644    unaligned=72026
55  M090    snp=1877    del=258 ins=256 het=333 unaligned=96738
56  M094    snp=1428    del=265 ins=346 het=836 unaligned=100277
57  M097    snp=1928    del=314 ins=245 het=392 unaligned=90026
58  M098    snp=1379    del=144 ins=114 het=389 unaligned=118076
59  M099    snp=1198    del=130 ins=139 het=179 unaligned=112555
60  M100    snp=1185    del=178 ins=110 het=279 unaligned=114223
61  M101    snp=1047    del=108 ins=83  het=636 unaligned=106960
62  M103    snp=1386    del=207 ins=138 het=366 unaligned=110462
63  M104    snp=1447    del=460 ins=427 het=921 unaligned=89684
64  M105    snp=1356    del=219 ins=122 het=208 unaligned=109469
65  M106    snp=1991    del=183 ins=314 het=325 unaligned=100987
66  M107    snp=1347    del=187 ins=139 het=339 unaligned=119335
67  M108    snp=1327    del=170 ins=123 het=246 unaligned=111021
68  M109    snp=1372    del=183 ins=192 het=284 unaligned=104246
69  M110    snp=775 del=70  ins=96  het=222 unaligned=79096
70  M111    snp=1322    del=136 ins=131 het=317 unaligned=105293
71  M113    snp=1368    del=193 ins=164 het=599 unaligned=102652
72  M114    snp=1276    del=152 ins=121 het=357 unaligned=98546
73  M116    snp=1296    del=164 ins=133 het=436 unaligned=120980
74  M117    snp=1398    del=248 ins=215 het=426 unaligned=103640
75  M120    snp=1390    del=210 ins=179 het=434 unaligned=100949
76  M122    snp=1358    del=190 ins=160 het=386 unaligned=111393
77  M123    snp=1362    del=166 ins=178 het=360 unaligned=107263
78  M124    snp=1324    del=166 ins=139 het=523 unaligned=121729
79  M125    snp=1349    del=185 ins=119 het=238 unaligned=121240
80  M126    snp=1367    del=188 ins=192 het=467 unaligned=111955
81  M127    snp=1263    del=205 ins=159 het=899 unaligned=99601
82  M128    snp=1332    del=233 ins=137 het=406 unaligned=127194
83  M130    snp=1389    del=188 ins=142 het=399 unaligned=113170
84  M131    snp=1248    del=157 ins=118 het=665 unaligned=102704
85  M132    snp=1318    del=190 ins=127 het=328 unaligned=112309
86  M133    snp=1384    del=220 ins=170 het=352 unaligned=122480
87  M134    snp=1978    del=307 ins=259 het=621 unaligned=88984
88  M135    snp=728 del=129 ins=159 het=1009    unaligned=69485
89  M136    snp=297 del=22  ins=27  het=1801    unaligned=68391
90  M137    snp=2018    del=324 ins=356 het=1458    unaligned=85552
91  M138    snp=1949    del=276 ins=249 het=773 unaligned=88086
92  M139    snp=1988    del=309 ins=272 het=575 unaligned=94038
93  M141    snp=1393    del=229 ins=178 het=283 unaligned=112047
94  M142    snp=1910    del=240 ins=237 het=715 unaligned=90220
95  M143    snp=1997    del=264 ins=261 het=414 unaligned=86079
96  M144    snp=1278    del=164 ins=122 het=254 unaligned=129216
97  M146    snp=1380    del=171 ins=201 het=466 unaligned=102088
98  M147    snp=1279    del=150 ins=117 het=190 unaligned=112690
99  M148    snp=1366    del=232 ins=165 het=312 unaligned=106273
100 M149    snp=1399    del=296 ins=230 het=382 unaligned=101541
101 M150    snp=1331    del=165 ins=143 het=477 unaligned=105291
102 M152    snp=1327    del=240 ins=203 het=588 unaligned=107936
103 M153    snp=2053    del=385 ins=423 het=688 unaligned=79050
104 M154    snp=1367    del=203 ins=215 het=249 unaligned=105392
105 M155    snp=1354    del=176 ins=117 het=728 unaligned=107582
106 M157    snp=1347    del=209 ins=149 het=361 unaligned=107663
107 M158    snp=1182    del=212 ins=107 het=256 unaligned=111772
108 M159    snp=1377    del=246 ins=146 het=379 unaligned=106873
109 M160    snp=1287    del=150 ins=107 het=208 unaligned=120343
110 M161    snp=1384    del=192 ins=190 het=151 unaligned=105985
111 M162    snp=1162    del=88  ins=63  het=94  unaligned=115239
112 M163    snp=1375    del=152 ins=117 het=357 unaligned=114957
113 M164    snp=1365    del=153 ins=118 het=251 unaligned=114578
114 M165    snp=1394    del=174 ins=137 het=332 unaligned=118497
115 M166    snp=1956    del=262 ins=225 het=467 unaligned=85211
116 M167    snp=1386    del=151 ins=128 het=370 unaligned=108039
117 M168    snp=1314    del=95  ins=100 het=258 unaligned=115305
118 M169    snp=1368    del=145 ins=122 het=333 unaligned=108055
119 M170    snp=1322    del=146 ins=101 het=198 unaligned=84492
120 M171    snp=1332    del=143 ins=89  het=180 unaligned=110865
121 M172    snp=1199    del=94  ins=67  het=200 unaligned=120312
122 M174    snp=1371    del=120 ins=113 het=202 unaligned=112145
123 M175    snp=1252    del=118 ins=53  het=174 unaligned=111925
124 M176    snp=1340    del=128 ins=106 het=199 unaligned=111180
125 M177    snp=912 del=123 ins=83  het=179 unaligned=97489
126 M178    snp=1295    del=141 ins=108 het=148 unaligned=114522
127 M179    snp=2019    del=184 ins=189 het=464 unaligned=107556
128 M180    snp=1274    del=133 ins=100 het=349 unaligned=106539
129 M181    snp=1393    del=145 ins=130 het=325 unaligned=112241
130 M182    snp=1355    del=186 ins=134 het=802 unaligned=108332
131 M184    snp=1410    del=173 ins=160 het=414 unaligned=109908
132 M185    snp=1410    del=153 ins=127 het=470 unaligned=106679
133 M186    snp=1331    del=110 ins=76  het=221 unaligned=109636
134 M187    snp=2007    del=180 ins=178 het=395 unaligned=106899
135 M188    snp=1839    del=127 ins=114 het=283 unaligned=104542
136 M190    snp=1188    del=102 ins=103 het=243 unaligned=120401
137 M191    snp=904 del=54  ins=50  het=263 unaligned=112981
138 M192    snp=1364    del=184 ins=161 het=318 unaligned=113868
139 M193    snp=1999    del=256 ins=227 het=422 unaligned=103993
140 M195    snp=1373    del=155 ins=126 het=246 unaligned=111584
141 M196    snp=717 del=30  ins=114 het=4018    unaligned=76032
142 M197    snp=1140    del=80  ins=62  het=170 unaligned=125148
143 M198    snp=485 del=21  ins=25  het=790 unaligned=83400
144 M199    snp=785 del=73  ins=64  het=131 unaligned=85827
145 M200    snp=1290    del=118 ins=58  het=144 unaligned=119710
146 M201    snp=1758    del=119 ins=96  het=269 unaligned=104199
147 M202    snp=1769    del=90  ins=107 het=131 unaligned=105284
148 M203    snp=1346    del=143 ins=99  het=260 unaligned=118190
149 M204    snp=756 del=55  ins=32  het=128 unaligned=86818
150 M205    snp=1372    del=139 ins=158 het=248 unaligned=112983
151 M206    snp=1296    del=102 ins=117 het=242 unaligned=110550
152 M207    snp=1397    del=125 ins=150 het=406 unaligned=110273
153 M208    snp=1073    del=62  ins=78  het=147 unaligned=115979
154 M209    snp=690 del=38  ins=54  het=925 unaligned=86578
155 M210    snp=530 del=17  ins=41  het=535 unaligned=90229
156 M211    snp=1117    del=122 ins=56  het=259 unaligned=113822
157 M220    snp=1351    del=224 ins=211 het=277 unaligned=117030
158 M246    snp=1469    del=263 ins=202 het=524 unaligned=98123
159 M247    snp=1448    del=323 ins=253 het=268 unaligned=93023
160 M248    snp=1325    del=229 ins=249 het=1088    unaligned=89036
161 M249    snp=1476    del=257 ins=298 het=2720    unaligned=100588
162 M250    snp=1450    del=236 ins=247 het=352 unaligned=90797
163 M251    snp=1475    del=340 ins=248 het=540 unaligned=93882
164 M252    snp=1436    del=220 ins=215 het=264 unaligned=92322
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342 M597    snp=1895    del=271 ins=205 het=238 unaligned=103243
343 M601    snp=1314    del=136 ins=105 het=374 unaligned=79737
344 M602    snp=1984    del=195 ins=253 het=794 unaligned=99224
345 M603    snp=1339    del=222 ins=164 het=196 unaligned=101581
346 M604    snp=1334    del=134 ins=151 het=447 unaligned=105988
347 M607    snp=1858    del=233 ins=187 het=213 unaligned=104419
Opening: core.tab
Opening: core.vcf
Processing contig: NC_000962
Generating core.full.aln
Creating TSV file: core.txt
Running: snp-sites -c -o core.aln core.full.aln
Have a suggestion? Tell me at http://github.com/tseemann/snippy/issues
Done.
I have add ".txt" at the end of the core.aln file so i can upload them. i'm puzzle why all the core alignment SNP are the same for all isolates? Maybe some stupid mistake by me? can someone help?
core.aln.txt
tseemann / nullarbor

Core.aln all the same nucleotide? #252
