search

ttadano / alamode

Ab initio simulator for thermal transport and lattice anharmonicity
http://sourceforge.net/projects/alamode
MIT License
137 stars 54 forks source link

ERROR in findsym_spglib #45

Closed yxf0125 closed 3 years ago

yxf0125 commented 3 years ago

Dear Mr./Mrs. Ttadano,

I meet an error when I get displacement patterns by alm.

SYMMETRY

ERROR in findsym_spglib MESSAGE: Error occurred in spg_get_multiplicity

I am referring to the example of silicon.

Here is my alm.in file.

&general PREFIX = motes MODE = suggest NAT = 60; NKD = 3 KD = Mo Te S PRINTSYM=0 /

&interaction NORDER = 1 # 1: harmonic, 2: cubic, .. /

&cell 6.013760784368251 # factor in Bohr unit 1.000000 0.000000 0.000000
-0.500000 0.866025 0.000000 0.000000 0.000000 4.801947 /

&cutoff Mo-Mo None Mo-Te None Mo-S None Te-Te None S-S None Te-S None /

&position 1 0.000000000 0.000000000 0.742371398 1 0.000000020 1.000000041 0.742371398 1 0.000000041 2.000000082 0.742371398 ...( These are all atomic coordinates, but I've replaced them with ellipses for simplicity. ) /

I am a beginner at alamode. Could you help me? Thank you very much!

ttadano commented 3 years ago

Hi,

Could you provide us with the input file so that I can reproduce this error? Thanks.

yxf0125 commented 3 years ago

ok, no problem.

&general PREFIX = motes MODE = suggest NAT = 60; NKD = 3 KD = Mo Te S PRINTSYM=0 /

&interaction NORDER = 1 # 1: harmonic, 2: cubic, .. /

&cell 6.013760784368251 # factor in Bohr unit 1.000000 0.000000 0.000000
-3.000000 5.196150 0.000000 0.000000 0.000000 4.801947 /

&cutoff Mo-Mo None Mo-Te None Mo-S None Te-Te None S-S None Te-S None /

&position 1 0.000000000 0.000000000 0.742371398 1 0.000000020 1.000000041 0.742371398 1 0.000000041 2.000000082 0.742371398 1 0.000000073 3.000000292 0.742371398 1 0.000000082 4.000000164 0.742371398 1 0.000000091 5.000000036 0.742371398 1 0.000000145 6.000000584 0.742371398 1 1.000000000 0.000000000 0.742371398 1 1.000000020 1.000000041 0.742371398 1 1.000000041 2.000000082 0.742371398 1 1.000000073 3.000000292 0.742371398 1 1.000000082 4.000000164 0.742371398 1 1.000000091 5.000000036 0.742371398 1 1.000000145 6.000000584 0.742371398 2 0.666666673 0.333333347 0.859542744 2 0.666666694 1.333333388 0.859542744 2 0.666666714 2.333333429 0.859542744 2 0.666666831 3.333333808 0.859542744 2 0.666666767 4.333333680 0.859542744 2 0.666666776 5.333333552 0.859542744 2 -0.333333347 -0.666666694 0.859542744 2 -0.333333327 0.333333347 0.859542744 2 -0.333333379 1.333333388 0.859542744 2 -0.333333359 2.333333429 0.859542744 2 -0.333333389 3.333333808 0.859542744 2 -0.333333380 4.333333680 0.859542744 2 -0.333333371 5.333333552 0.859542744 2 -0.333333023 6.333334099 0.859542744 2 0.666666830 6.333334099 0.859542744 2 0.666666653 -0.666666694 0.859542744 2 1.666666747 0.333333347 0.859542744 2 1.666666694 1.333333388 0.859542744 2 1.666666714 2.333333429 0.859542744 2 1.666666831 3.333333808 0.859542744 2 1.666666840 4.333333680 0.859542744 2 1.666666849 5.333333552 0.859542744 2 1.666666977 6.333334099 0.859542744 3 0.666666673 0.333333347 0.637235871 3 0.666666694 1.333333388 0.637235871 3 0.666666714 2.333333429 0.637235871 3 0.666666831 3.333333808 0.637235871 3 0.666666767 4.333333680 0.637235871 3 0.666666776 5.333333552 0.637235871 3 -0.333333347 -0.666666694 0.637235871 3 -0.333333327 0.333333347 0.637235871 3 -0.333333379 1.333333388 0.637235871 3 -0.333333359 2.333333429 0.637235871 3 -0.333333389 3.333333808 0.637235871 3 -0.333333380 4.333333680 0.637235871 3 -0.333333371 5.333333552 0.637235871 3 -0.333333023 6.333334099 0.637235871 3 0.666666830 6.333334099 0.637235871 3 0.666666653 -0.666666694 0.637235871 3 1.666666747 0.333333347 0.637235871 3 1.666666694 1.333333388 0.637235871 3 1.666666714 2.333333429 0.637235871 3 1.666666831 3.333333808 0.637235871 3 1.666666840 4.333333680 0.637235871 3 1.666666849 5.333333552 0.637235871 3 1.666666977 6.333334099 0.637235871 /

Here is a full code.

In fact, I want to ger the results of harmonic interatomic force constants (IFCs) in ALAMODE. ps: I have calculated the displacement data and force data by QE.

ttadano commented 3 years ago

Hi,

For the &position field, please list the fractional coordinates of atoms in the supercell. The component of the fractional coordinates should be in the range of 0 <= xf < 1. All atoms outside this range are automatically moved back to the supercell.

yxf0125 commented 3 years ago

Hi,

For the &position field, please list the fractional coordinates of atoms in the supercell. The component of the fractional coordinates should be in the range of 0 <= xf < 1. All atoms outside this range are automatically moved back to the supercell.

Ok, I see. Thank you very much.