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tyang816 / ProtSSN

Fusion of protein sequence and structural information, using denoising pre-training network for protein engineering (zero-shot).
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get_node_features函数中二面角phi计算好像不对 #1

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imSeaton commented 6 months ago

你好呀，看起来src.dataset.mutant_dataset.py 中第318行angles[i, 0] = dihedral(c_coords[i], n_coords[i], c_alpha_coords[i], n_coords[i+1])不对。 image

感觉正确的计算方式应该是 C(i-1)-N(i)-Cα(i)-C(i)，可以参考西湖大学反转结构算法PIFold的结构特征编码方式（应该更高效）。不过既然这两都是角度特征且不涉及精确的原子坐标计算，对最终结果的影响应该不大。

tyang816 commented 6 months ago

谢谢~ 其实ProtSSN这里没有用到这些手工特征了，不过非常感谢你的建议，我会再去研读一下PIFold