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u-genoma / BioinfinvRepro

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Problemas con docker en tarea 5.1 #12

Open KarenJimenez16 opened 4 years ago

KarenJimenez16 commented 4 years ago

@AliciaMstt Hola Alicia. tengo la duda con la utilización de docker. Intenté utilizar el mismo comando en clase, tanto con otra ruta absoluta como con la que utilizamos en clase (BioinfinvRepro/Unidad5/Prac_Uni5/wolves), sin embargo me marca error. Me sale este texto:

docker: Got permission denied while trying to connect to the Docker daemon socket at unix:///var/run/docker.sock: Post http://%2Fvar%2Frun%2Fdocker.sock/v1.39/containers/create: dial unix /var/run/docker.sock: connect: permission denied.
See 'docker run --help'.

No sé si esta mal instalado docker o cuál es el problema.

¿La idea es hacer el script desde el servidor de CONABIO, desde mi computadora o es indistinto?

AliciaMstt commented 4 years ago

Hola. Si lo estás corriendo localmente (instalación en tu compu) me suena que debes correr docker con sudo, ie sudo docker, o quizá debas iniciar docker. Revisa las notas en esta parte del repo y dime si eso lo soluciona: https://github.com/u-genoma/BioinfinvRepro/blob/master/Unidad4/Unidad4_Intro_software_bioinformatico.md#c%C3%B3mo-iniciar-docker

O también lo puedes correr desde el cluster de CONABIO, como gustes.

KarenJimenez16 commented 4 years ago

Hola Alicia, al final la solución que terminé por darle es borrar docker e instalarlo de nuevo siguiendo el tutorial que adjuntaste. Además, si tuve que ponerle sudo docker para que funcionara.

Solo tengo una duda más respecto a docker. Ya terminé la tarea , pero me queda la duda que específicamente para crear la variable vcftools que tiene el contenedor de docker con vcftools es necesario poner una ruta absoluta. En este caso, puse la ruta absoluta /home/karenjimenez/data, donde lo único que hay que hacer es cambiar el nombre de usuario (o sea, /home/usuario/data). ¿Está bien poner en el script como comentario que hay que cambiar al usuario únicamente o hay alguna forma de hacerlo sin usar una ruta absoluta?

AliciaMstt commented 4 years ago

Debes indicar que hay que cambiar la ruta absoluta completa ya que lo del usuario aplica en el cluster pero no en cualquier equipo.

El Mar, 18 feb 2020 12:10 p. m., KarenJimenez16 notifications@github.com escribió:

Hola Alicia, al final la solución que terminé por darle es borrar docker e instalarlo de nuevo siguiendo el tutorial que adjuntaste. Además, si tuve que ponerle sudo docker para que funcionara.

Solo tengo una duda más respecto a docker. Ya terminé la tarea , pero me queda la duda que específicamente para crear la variable vcftools que tiene el contenedor de docker con vcftools es necesario poner una ruta absoluta. En este caso, puse la ruta absoluta /home/karenjimenez/data, donde lo único que hay que hacer es cambiar el nombre de usuario (o sea, /home/usuario/data). ¿Está bien poner en el script como comentario que hay que cambiar al usuario únicamente o hay alguna forma de hacerlo sin usar una ruta absoluta?

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