stephanietsuei
commented
2 years ago At the moment, I'm getting the following linker error on Ubuntu 20.04 (lab machine):
/usr/bin/ld: ../thirdparty/ceres-solver/lib/libceres.a(eigensparse.cc.o): in function `Eigen::internal::Assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Product<Eigen::PermutationMatrix<-1, -1, int>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 2>, Eigen::internal::assign_op<double, double>, Eigen::internal::Dense2Dense, void>::run(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Product<Eigen::PermutationMatrix<-1, -1, int>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 2> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) [clone .isra.0]':
eigensparse.cc:(.text+0x33c): undefined reference to `Eigen::internal::aligned_malloc(unsigned long)'On my laptop (Manjaro Linux), I get a segmentation fault at a matrix multiplication. It seems to be something related to data alignment at the processor level, but I haven't found a fix yet. gdb gives me this backtrace:
#0 Eigen::internal::dense_assignment_loop<Eigen::internal::generic_dense_assignment_kernel<Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::assign_op<double, double>, 0>, 3, 0>::run(Eigen::internal::generic_dense_assignment_kernel<Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::evaluator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::internal::assign_op<double, double>, 0>&) (kernel=<synthetic pointer>...)
at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:416
#1 Eigen::internal::call_dense_assignment_loop<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::internal::assign_op<double, double> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) (func=<optimized out>, src=<synthetic pointer>..., dst=...)
at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:741
#2 Eigen::internal::Assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::internal::assign_op<double, double>, Eigen::internal::Dense2Dense, void>::run(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) (func=<optimized out>, src=<synthetic pointer>..., dst=...)
at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:879
#3 Eigen::internal::call_assignment_no_alias<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::internal::assign_op<double, double> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&) (func=<optimized out>, src=<synthetic pointer>..., dst=...)
at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:836
#4 Eigen::internal::call_assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0>, Eigen::internal::assign_op<double, double> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> const&, Eigen::internal::assign_op<double, double> const&, Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0>, Eigen::internal::evaluator_traits<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >::Shape>::value, void*>::type) (func=<optimized out>, src=<optimized out>, dst=...)
at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:797
#5 Eigen::internal::call_assignment<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >(Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>&, Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> const&) (src=<optimized out>, dst=...)
at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:782
#6 Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >::_set<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> > c--Type <RET> for more, q to quit, c to continue without paging--
onst&) (other=<optimized out>, this=0x5555c17f8e80)
at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/PlainObjectBase.h:714
#7 Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::operator=<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, 0> > const&)
(other=<optimized out>, this=0x5555c17f8e80) at /home/stephanie/Code/xivo/thirdparty/eigen/include/eigen3/Eigen/src/Core/Matrix.h:225
#8 xivo::Estimator::UpdateJosephForm() (this=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:972
#9 0x00007ffff7ed61dc in xivo::Estimator::Update() (this=this@entry=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/update.cpp:152
#10 0x00007ffff7ec4933 in xivo::Estimator::ProcessTracks(std::chrono::duration<long, std::ratio<1l, 1000000000l> > const&, std::__cxx11::list<xivo::Feature*, std::allocator<xivo::Feature*> >&) (this=this@entry=0x5555c17f8be0, ts=..., tracks=std::__cxx11::list = {...})
at /home/stephanie/Code/xivo/src/manager.cpp:202
#11 0x00007ffff7e700f6 in xivo::Estimator::VisualMeasInternal(std::chrono::duration<long, std::ratio<1l, 1000000000l> > const&, cv::Mat const&)
(this=0x5555c17f8be0, ts=..., img=<optimized out>) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:945
#12 0x00007ffff7e6b5ac in xivo::Estimator::MaintainBuffer() (this=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:880
#13 xivo::Estimator::MaintainBuffer() (this=0x5555c17f8be0) at /home/stephanie/Code/xivo/src/estimator.cpp:867
#14 0x0000555555578df6 in main(int, char**) (argc=<optimized out>, argv=<optimized out>) at /home/stephanie/Code/xivo/src/app/vio.cpp:92
The current build system manually specifies path to the include/library directories. This is not portable. For instance, on Fedora, the shared libraries (of the 3rd dependencies) will be installed in directory lib64 instead of lib.
In this PR, I removed some of the hardcoded paths, and used find_package and linked XIVO's targets against targets exported by the installed third-party libraries.