ugeneunipro / ugene

UGENE is free open-source cross-platform bioinformatics software
http://ugene.net
GNU General Public License v2.0
207 stars 60 forks source link

Mfold transl improve #1595

Closed EvelinaBiserova closed 5 months ago

EvelinaBiserova commented 5 months ago

Added save and reset dialog. Added tests for new behavior. Content updated according to documentation. Added translations. Fixed dialog layout for translation. Fixed lupdate errors. Other small changes.

  1. Mac 7515. WD assembly extract consensus, падает редко, локально на Маке проходит, к изменениям не относится.

    Упал по причине того, что диалог закрытия WD не появился. Возможно, стоит поменять GTUtilsDialog::add на waitForDialog.

  2. Windows

    • 7491. Flaky, WD assembly extract consensus, падает постоянно, локально проходит, к изменениям не относится.

      В оригинальном сценарии ожидалось отсутствие конкретной ошибки парсинга схемы WD. На деле проверяется отсутствие ошибок в логе в принципе. По факту есть ошибка в логе, что в выходной файл нечего писать. Значит, входной файл data/samples/Assembly/chrM.sorted.bam к моменту запуска WD оказался битым.

      Судя по истории теста, такое было постоянно. Возможно, какой-нибудь предыдущий тест файл поменял, а откат файлов перед исполнением не производится.

    • assembly_extract_consensus_test_0001. Flaky, WD assembly extract consensus (again), падает постоянно, локально проходит, к изменениям не относится.
    • 1122. WD CAP3, с 17 марта падает регулярно, локально проходит, к изменениям не относится.

      В тесте дважды запускается WD cap3. Первый запуск падает, потому что ET (использует cygwin) падает с ошибкой невозможности аллоцировать кучу -- нехватка памяти (запрос 3Мб). Второй запуск отрабатывает без ошибок.