DmitriiSukhomlinov
commented
5 months ago Раз уж мы здесь собрались - задача UGENE-6802 выполнена неверно. Баг возникал из-за того, что у вполне корректной сборки, которая прекрасно открывается в UGENE и имеет реальную длину, во время экспорта покрытия через WD длина оказывалась равной нулю. В качестве решения SAFE_POINT просто заменили на CHECK. Как результат - SAFE_POINT'а больше нет, но описанная функция (экспорт покрытия через Workflow Designer) не работает и, в итоге, выдает пустой файл, хотя при экспорте через Assembly Browser файл получается вполне корректный. Правильным решением было бы разобраться, почему в том конкретном моменте длина оказывается равной нулю и исправить это - что, как вы можете заметить, на порядок сложнее, чем просто заменить SAFE_POINT на CHECK.
Хорошая новость в том, что во время обновления Samtools я разобрался в этом механизме, исправил его и вернул SAFE_POINT туда, где он должен быть - теперь там выдается положительная длина и он не триггертся. Данный же тест я удалил за некорректностью. В связи с этим, я бы попросил его не трогать во избежание конфликтов слияния, которые будут требовать от меня полной пересборки и, как следствие отодвигания на один день моей и без того масштабной задачи.
yalgaer
rasputinkirill
Этот тест предполагает завершение работы wd схемы с ошибкой. По каким то причинам схема проходила нормально. Поменял входной файл на котором воспроизводится проблема на файл из тестового репозитория, а не из пакета релиза - стало хорошо.