search

ugeneunipro / ugene

UGENE is free open-source cross-platform bioinformatics software
http://ugene.net
GNU General Public License v2.0
207 stars 60 forks source link

UGENE-7935. [Msa, crash] Pairwise alignment, Smith-Waterman SSE2 7000A #1655

Closed EvelinaBiserova closed 1 month ago

EvelinaBiserova commented 1 month ago

https://github.com/ugeneunipro/ugene/commit/99c307a9d5fe3e1c15f2f6ed5c5fa88314392cb1?diff=split&w=0#diff-fde6d7b225c3b5a3dab89226415626a0d1e0d5cf8d3cedf95c6ab931ebf3af3bR569-R584 Здесь был добавлен лишний код

yalgaer commented 1 month ago

В этом файле есть 4 метода типа SmithWatermanAlgorithmSSE2::calculateMatrix... с подобным блоком кода. Возможно он был добавлен как раз чтобы сделать эти 4 места идентичными.

Почему теперь его нужно убрать и эта часть кода делает?

EvelinaBiserova commented 1 month ago

В этом файле есть 4 метода типа SmithWatermanAlgorithmSSE2::calculateMatrix... с подобным блоком кода. Возможно он был добавлен как раз чтобы сделать эти 4 места идентичными.

Почему теперь его нужно убрать и эта часть кода делает?

Потому что во всех 4-х методах он встречается единожды, а в багованном продублирован дважды, второй раз во внутреннем вложенном цикле. Убедитесь, что рефакторинг из прикреплённой ссылки был ошибочен, для этого нужно подождать, когда страница отмотает до нужного места.

Это место заполняет массив score

EvelinaBiserova commented 1 month ago

Недавно добавленные тесты с WD упали на Виндовсе. Они не имеют отношения к текущей задаче. Воркфлоу дизайнер открывался дольше минуты. Машина перегружена?