search

ugeneunipro / ugene

UGENE is free open-source cross-platform bioinformatics software
http://ugene.net
GNU General Public License v2.0
207 stars 60 forks source link

UGENE-7445 SAFE_POINT on "Extract consensus from assemby" workflow with GFF output #1656

Closed rasputinkirill closed 1 month ago

rasputinkirill commented 1 month ago

В этом баге две проблемы в одном. Первая - не реализовано сохранение в формате vector NTI, это исправляется в DocWorkers.cpp Вторая - ассембли файл в сценарии common_data/ugenegb/1.bam.ugenegb довольно хитрый (сломанный?), ExportConsensusTask возвращает для него консенсус нулевой длины и далее происходят проблемы в воркере Write Sequence так как некоторые форматы не могут записать пустую последовательность, либо делают пишут файл который потом невозможно открыть. Сделал что пустой результат не шлется из ExtractConsensusWorker далее по конвейеру. Пойдет такое решение?

yalgaer commented 1 month ago

Пойдет такое решение?

Подойдет, надо добавить тест.

yalgaer commented 1 month ago

Ни одна из GUI пока не прошла