vaexio / vaex

Out-of-Core hybrid Apache Arrow/NumPy DataFrame for Python, ML, visualization and exploration of big tabular data at a billion rows per second 🚀
https://vaex.io
MIT License
8.26k stars 590 forks source link

Reading parquet: 'int' object has no attribute 'dtype' #780

Closed machielg closed 3 years ago

machielg commented 4 years ago

ERROR:MainThread:vaex:error evaluating: column_abc+ at rows 0-5 Traceback (most recent call last): File "/lib/python3.6/site-packages/vaex/dataframe.py", line 3555, in table_part values = dict(zip(column_names, df.evaluate(column_names))) File "/lib/python3.6/site-packages/vaex/dataframe.py", line 2602, in evaluate return self._evaluate_implementation(expression, i1=i1, i2=i2, out=out, selection=selection, filtered=filtered, internal=internal, parallel=parallel, chunk_size=chunk_size) File "/lib/python3.6/site-packages/vaex/dataframe.py", line 5326, in _evaluate_implementation dtypes[expression] = df.data_type(expression, internal=False) File "/lib/python3.6/site-packages/vaex/dataframe.py", line 1985, in data_type dtype = data.dtype AttributeError: 'int' object has no attribute 'dtype'

machielg commented 4 years ago

Reading the parquet file with Spark works fine

maartenbreddels commented 4 years ago

Hi Machiel,

do you have an example parquet file that exposes this issue?

regards,

Maarten

machielg commented 4 years ago

This is the file I'm working with (one row). I installed vaex-arrow and vaex-hdf5 and did vaex.open() with this sample file.

sample.zip

maartenbreddels commented 4 years ago

Great, thanks!

maartenbreddels commented 3 years ago

This now works:

>>> import vaex
>>> vaex.open('./part-00000-03ee4d10-0bdd-4687-a9a3-a2df758a51a1-c000.snappy.parquet')
  #       rxt       tul  mno       pqd    bnm    zsw    jol    aru    jce    thz  rfk      hrx    htp    iot    pfc    lxr  zki    nxz    icg    ikv    csm    mph    fwd    tha    udf    toz    djo    oqp    lta    vgl    pmc    nvv    gwn    klh    nlq    dxh    lqh    yno    gxk    ljn    gdh    nwz    gdz    qaq    tli    tza    myq    suw    ghn    pqi    def    znt    exd    xys    nnv    fna    gpe    xmk    frx    qau    orf    odt    omg    qab    oni    qan    kqu    oxf    bgp    yow    zzu    ddv    wvf    ibo    gxb    hve    gmb    sxl    dzo    eud    vmo    wzw    exr    gnb    obt    qeu    vws    bhf    mkx    qnw    cts    ihv    lwj    jcn    hkm    xaw    adh    dnk    iox    bec    qpt    tby    usa    upm    wcq    lie    iyb    onj    xic    wjr    joj    qyt    hwf    grd    mwu    gid    jrc    otf    dvj    tof    qhh    kyf    pvl    qlq    tuk    mqr    sev    wqx    rtk    ikm    hwu    xtg    xpp    sgn    xuz    yar    cyy    lpr    kjh    jju    fgt    vbk    cbh    zpn    oui    uaa    nmw    mnr    edn    hyv    qih    dbd    tdx    org    jqs    pgc    zll    bys    itn    cxj    vqv    zqs    wpd    jum    wgq    yzx    pcv    jku    zhl    fmt    xux    xnm    axy    pxp    lmj    saw    rwm    uep    xrn    gjd    mta    plj    wup    vrl    agl    xsf    cqx    jix    iuq    zoo    gcl    dkc    fny    eto    foh    yzn    etx    sae    hzq    vro    ded    tbu    bvt    umg    kci    rdm    ytz    jbo    iml    vju    ddo    dkh    tkn    crs    dux    ojr    njh    van    xdz    tfb    qbn    zne    ccs    ovm    ggq    apc    exa    mjw    qwt    dbz    hyi    kvr    cjn    myg    jgz    ihc    kkp    ype    mdt    adu    fzm    jfc    gsf    vnp    ebt    htn    xok    isc    gtn    wkc    vlw    jie    rux    nxs    zdo    fsr    cah    mwz    aqp    sav    lsr    lyy    brs    esx    tfz    nqa    pjn    wlp    cok    ckt    ehw    czn    psg    wdr    syh    rqq    aui    vdf    zrk    sic    rrc    lff    pzv    bqf    hzh    psc    nxi    dge    jma    szi    bws    piw    amk    xtq    ign    whe    yef    jhn    dwy    znm    you    yyt    oeb    rxv    kvg    ita    quh    pan    uiy    amm    cyq    lpz    fzh    ani    pns    nls    dld    keq    gel    grk    xif    buf    gjo    jyv    tve    dnr    kfn    xkb    tjr    fze    nwg    cbo    zqd    jwd    ecn    jax    vkg    kco    lwi    fup    vss    yxn    xdh    zts    yux    xjr    qyl    spe    qbe    fqs    xec    tdf    vub    hdx    rum    dhq    bez    gfb    jhz    tnx    sjo    mye    qox    iih    qax    ino    jsz    mof    ivo    zwu    icf    apd    fin    jnx    mmu    pzz    ulr    suz    tkb    iht    byp    jnt    acb    uro    kut    dir    pmg    vbi    uwh    nry    lsi    jbt    xvv    agf    kvw    iqc    wiy    ajd    hgf    hvi    apj    rkg    hvf    ajl    rsu    cjc    ota    tbt    rtw    syk    gcm    eaj    smt    sfj    ogi    qav    adj    kek    ave    jyf    pnp    cyc    ydz    hjv    xtd    dxi    pyn    ibz    eaf    oyk    old    yke    unf    tcq    sgl    ebx    ikq    abg    wzd    fmn    dub    yyk    auz    fjk    vtm    ulj    mes    wpn    lle    lpy    qjo    kvf    ogl    rzy    csy    vjk    nur    vsr    bxk    vij    hlj    tre    saf    jkc    lyk    leh    unq    vog    trx    mxs    dot    sbq    jxm    tmm    iew    rgh    its    dby    vvs    mro    qwz    nnl    eee    mfo    ogv    hpg    pgk    uop    xrq    gdp    hju    gij    ktf    eel    juc    hod    mby    fjl    koh    kiz    hnj    duo    txl    mmp    vml    whk    gls    hwh    jkb    owe    iwj    ltq    lur    zov    dsb    ewv    tfj    imy    yob    dhd    wio    lrc    eil    yvt    qvz    jjm    oae    iis    jeg    ccf    wtx    nyr    kgj    eir    drg     gxg     day         dyw         xrk    fdw    agz    onb    irj    hte    lvk    vmq    hfo    vbh    myz    zwl    qqd    znf    voe    icn    rtb    jta    iai    fqf      krh  gzw    thp      vkh    gip    nle    vpp    jgh    qoh    ecg    ndu    hzc    jxq    bvh    azg    wyd    aze    llt    ouz    cws    kvu    ljs    vif    usn    nlb    wne    nge    lbe    ahk      azo      zit  zrn                       laf                                    wmp    xks    avb    qnx    kvz    xmg    lci    nxp    jpy    ngb    rsi    ynq    sbf    hqz    qbd    kpl    ucs    nye    vzy    qkr    mxg    asw    tgc    cpt    xfy    bjl    gae    gmn    kpu    rky    aum    jtj    yfw    afv    qfg    zed    zhu    sss    ikh    brh    wfq    oor    ufn    coj    twx    wtr    tuu    xmj    xcx    tpk    low    koi    miq    vnf    xof    sya    qya    ird    vsu    mer    jvr    brv    ktp    zib    xiu    gek    bqe    zho    cqb    srw    ddx    mxf    ooo    bsd    wvd    dim    esr    tzs    paq    phu    fkm    mon    dtx    mgf    dwb    wid    ghd    ilx    mrq    vny    csj    iof    bbp    qgl    csf    svy    ahv    niq    vjr    lnj    llc    mhy    mkp    koe    kor    cff    hkx    bfj    oxr    oxv    wjc    ngp    dpn    put    fzz    ybo    vff    poi    rcz    lus    srs    wec    pcu    goq    vmf    qxi    mpg    smi    vhf    bfk    vdv    sme    pjm    gej    xls    tmb    rij    yhh    cyn    zhr    ooi    rch    qoy    mxn    crm    zpj    quu    dhm    nki    jhd    koz    idp    pad    mef    nqh    tvg    mmt    gmh    knr    lyd    sxe    ouo    aoi    fls    btv    cjw    etn    ins    ylf    ogy    zdu    lbp    mbm    hpk    rmh    ucg    mat    uci  mwm    qmg    zaw    egi    lgg    ssu    azc    rfs    byh    asm    tma    hkr    ebn    vbe    mqz    jhk    axh    tip    xgi    qfr    jwg    kyy    ikk    uno    cid    alp    wni    pqm    qbs    var    mlm    cki    yhe    xea    whp    vzj    tvc    bmg    zek    mzi    geq    dog    bol    fhf    elq    xzt    plp    fwy    cos    rub    grv    cnl    zdw    fjm    gqk    lsb    epa    lkp    dmu    gtk    ugf    som    xay    zai    ypm    vrz    nmr    unu    jca    fko    jfo    kfl    rvk    dnn    iks    igz    grb    cuu    upe    jeb    tks    uin    jnl    shh    oil    sei    nqo    fpm    olg    uqx    get    dny    dbp    vop    daj    dig    mzb    lxa    wie    rkb    jzq    qea    rne    ezt    ofs    qyi    zkk    bgr    aqv    ppb    hrf    xyl    rso    lcm    bph    jsp    ymx    ncp    kav    fml    wuj    dqo    myp    slv    cru    vjj    kuf    glm    kps    jya    bov    mgh    dvc    gtj    djy    mny    gec    dwg    ykp    yzc    jzx    soh    izy    sdm    cwm    zkz    dyp    zjy    knc    azj    ssc    moh    cym    pom    jnv    ivl    sxu    xtt    zgy    qdt    xwt    sty    vyl    snt    kch    mgq    fof    sdj    rsz    tni    mry    zdz    cdg    ssy    ako    ydj    kmj    wvx    mdl    yrj    ikj    emb    mxe    asu    kgf    lnd    iph    fzp    gdo    jtp    sva    uwj    jbl    uzl    smr    ihn    swn    oiq    kbg    asg    jqo    cwb    ttd    ysd    nns    xmr    mxx    ybv    ekt    gam    nho    hen    ura    rcq    zth    kpt    lyx    jua    ahq    xij    rft    haz    pkd    vll    ish    dmk    waf    rla    rbd    bft    vqw    ble    egs    nwf    ypw    ehm    rnw    uxr    luf    wfz    olh    doe    vql    uay    tec    kui    ggt    ukg    urp    upl    nmh    evt    lpn    tvu    tzx    vnr    fye    pra    hzk    ecy    cak    xmp    hbb    bnk      dcc    guy    drj    oox    xyt    evl    fev  wiw    tfw    laa    mtb    jkl    ftk    zud    dra    ydk    rrr    bpd    ycm    bdp    kis    spf    jwy    mqs    hcs    ldw    pth    oyn    xch    eqr    ksi    hpq    hgt    ewz    hhn    hhd    nwi    pdt    qqk    xla    xsi    ghz    dse    dfu    eqd    wjp    jds    ibs    ivb    zou    ibk    sfp    vpe    qjd    xlq    qhm    kjc    ctb    pot    jdp    ttu    knx    xyj    vvr    geo    tqb    sly    fpa    sxp    jlu    oma    kbp    two    uyy    zrf      ine    ybg    zvg
  0  67955840  20190801  '7421'      4      0      1      0      1      0      0  --       9.8    9.8    9.8      8      0  --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     'null'  'null'  'deventer'  'swormink'  '74'   --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --      7421  --     --         4      1      3      3      3      1      4      4      1      1     11      4      3      1      4      2      3      1      1      5      3      1      1      1      1      4  52.2459  6.22082  'nl_overijssel_deventer'  'nl_overijssel_deventer_kurkeikweg'      1      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      1      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      1      0      1      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      1      1      0      0      0      1      0      0      0      1      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      0      1      1      0      0      0      0      0      0      0      1      0      0      0      1      0      0      1      1      0      0      1      1      1      1      1      0  --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --         0      0      0      0     10     17     17  --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --     --         0      0      1
>>> 

Released, to install:

$ pip install "vaex-core>=4.0.0a11"
# or for the while kitchsink:
$ pip install "vaex>=4.0.0a6"

Thanks for sharing that file!