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vgtools deconstruct same ID for several structural variations #3540

Open GSgen opened 2 years ago

GSgen commented 2 years ago

Hello,

I am using vgtools deconstruct as:

vg convert -g smooth.gfa -p > out.pg
vg index out.pg -x out.xg
vg snarls out.xg > out.snarls
vg deconstruct out.xg -r out.snarls -d 2 -e -a -p REF -A Sample1 -A Sample2 -A Sample3 > out.vcf

I have got the vcf file with SNPs and SVs. I am sharing example of three SV calls with same ID.

#CHROM | POS | ID | REF | ALT | QUAL | FILTER | INFO | FORMAT | Sample1 | Sample2 | Sample3
-- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | --
Reference | 3438 | >94>211 | TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTGATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG | TACTTAACTCAAGACCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACATGAAGAATTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATATATGATCCTTATTATCTAGCCATGATTGAATTGTCCCCAAATTCTCCTCCTCACCTAAGGTCGCCTCGCGAATAAGTGGTCCAATTTGTATCAACTCCTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATATTGTGAGATTTTTCAAAGGATTTAAGTACCACATATCCAAAGGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTTCATATCTAATTTCTTGATCTCATAGTCATGAAGAAAAGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATAAAGAAATTGGTGGTAAAGGTAGGCTAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATAGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGATTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATACTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATACTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATACTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAGGTTTAGGTACCATCTTTAACAACTACCTCCAAAATTATAAACCTTTTTCTTTCTCTTTCAAATTTAATGACATTATCAATAATTACTTTATTCTTACTATTTTTTTTGATCCACCTTGTGGTGACATAGGGTTTGACATAGATCCCTATTATATTTTTTGCAACTTTTTTTTGAAATATATTCAAAACTTTAATTTAATTGAAATTGTTATAACAAATCTGAACTTTGGAAAGAATTTGTTACTTCATGTATTATTTAATAGTGTATTTTAAAGGTATATATGTGAACACGTGGACATCATAGATATTACATCATTATAAATAGTAAAGTGTCCATGTGAGCATATATATTCCTTTAAAATACACTATTAAATAGTGCAGACGGATAATAAGTCATGATCAGAATTTGAGATTGTTACAGCAATTTCGGTCAAAGTTAGGTAATATTTCGAACCCTTTTCCCTATTTTCATACTATTAAATAGTTAAACTATCATTAAAAAGATCTAATATCATGTTAAATCAATATTTTGAATCTAACTCACGCTCTTAAAAATCGGTTGTAGAGAGAAGAATTACGCAAGCCTCGTAAGAAGTCGAGCTCTCACTAACCATCAAAACTTTTATTATTCTTTAACATTATCGACCCAAAAATCAATATAGTTAAATAATTTATATTTATAATTGTGATTTCAACAATAACTTTGTCCAAGGTTGAACATTTTTATTATTATTATTTTATAAAGGGTAATATGGACTTTATTATTATTATTCATATATAAGAAAGTGAAATATTACTAATTTAATTGTGCAGGCGGCATACGAAGTATTCAAGAAAAATATAGAGAAAGCCAGTAGCGTTGAAGGGTCCGTCAGAATGGATCGACCTCCATATATTGAGGTTTCTCCGTTCACTTTTATTTATCTCGTTTATCGATACTATTAAAAATAGAAATTTTAAAAAATACGATTTTTTAAAATCTCAATTCACTAGAAAAAAATGCATGGGGATAAATAAATTCTTAAAAGACTATAAATAGCCGCTAGATATAATATTTTTTTTTATTGATTCAATTAAAATATATGCGGAAATAGTCACTACATATTTTTAGTATAAAATTTAAATAACAAATAGTACTTCCTCTGTTCAGTTTTATTTGTCATGTTGTGCTTTTCGTAGGTCAATTTGACTTATTTTCAAAGTTAAATTAGATTATATTTATTCAATTTTAAACAAAAAATTTAGAATTCAAAAACTATACGAAAAGTACTATAGTTGCAATTTTTTTACATATCAATATGATGAAAAAATATATCTTAAATGTTAGTTAAAGTTTGTATAATTTGACTCTAAAAATGAAAAATATGACAATTAATAGTGGACACATAGAGTAATTTTTTAGACGTAATACGAGAGTCAAACTGTATAGACTTTAACCAATATTTTAAGATATTCATTTTCATCATATTAATAAGACGAAGATTGAAACTTATAGAATTTTTTTTTTCCATTTAAATTTTTTGATTTGTTAGCACAAATGAGAAAATTTTAGGGTTACAAAATGTAATTAAGGTGAGATTAAGAATAATAATCAAATATTTATGAGGTGCAGGTGATACATGATAATAAGGAAAGCAAATTGCCACAATTAGTTTATATGTCACGTGAGAGGAGACCATCGAGCCCTCATCGTTTCAAGGCTGGAGCCTTAAATGCTCTCGTAAGTAATATTATTCTGCACGAAGTATCTCACGTTCACATAATATTCGATTATTAAAATTGAAATTTGGAAGAAAACTTTTAATAGCATAATTGGTTGAGTTTACATTTCATCAACTTTAACACTAGTTTTCTAGTATCAAGATTAATCACAAATAGTTATATAAAAAAAAAAGTCTAGGAAATTAAAATGAAATATATTTTTTATATTATCAGATCATCTAAGAAAGTCAATCAGATATATAAAGTTTGATAAGCTGCAAAACATACTAACAATGTAATGACAGAGATCTTTTAATCAAAGGTTTTGATTTTGAATCAGCCTTGGTCGGGGCACCTTTCCTGTTAAAACGAGACATACATAACATGAATTTAAATTATTTTAGTCAGTATATACGTTCGGGATAACACATAAAGTAGTTACTAACCTAGCTACTTTCCTATATTTAAAAATCACGAACAATCACTACTAGAAATCGATCAATTTTTTGAACAATCACTTATGGTTATTATTATTTTGTGGTCATGACATGCAGCTTAGGGTTTCAGGGGTAATGAGCAATGCACCATATATGCTTGTTTTGGATTGTGACATGTATTGCAATGACCCTTCTTCAGCCAAGCAAGCAATGTGTTTTCATCTTGATCATAATATTTCTACTACTCTTTCCTATGTACAATTCCCTCAAACATTTTATAATGTTAGTAAAAATGACATCTATGATGCTCAATCAAGATCAGCATATCAGGTACCTACACGTCCTCTCACTACAACAAACAAAAATGATCATTAGCGGCATTTAATATGTATTTTTAGCGCCAATTGTCATTCTTTGTATATGTCCCTAGCCTTTAGCAACATTGGTTCTAATGACACTTAACTAATGCCGATAAAGACTTTAGCACTCTTTATTAGTGTCAATATTTAATGCCGTTAAAAATTGCTTTTGTTGCGGTGTCTTAATATATGTTGCAATAATTGTATTCTATATATTTCTATTTTTTCCACTTCATTACATATGTACAATTTTCGGGCGTCTACACGGTCGGGTCGGGCCAAACCTGATATACATATGTATTTGTATATCTGGAGAGCGAGATTGGAGATGGGGGTGAGCGAGATTGGGAGAGGAAGGAGAGAGGGAGAGAGTGGAGAGAGTTGAATTGTATATGTATATCTATCATATAATTGTATATATGTAAATGGTATACATACGTATTTGTAAATCTGGCAAGTGATATTGAAGAGGGAGGAGAGAGGCGAGCGAGAGAGACTAACTGTTTATGTATATGTATATAAAAGAGGAGAGAGACGAGAGAGGAAGAGAGAAGAGAGGCGACGTAATTACAACTAAATTTAAGTTGTGAGACGTAATTAAGTCAAACTATAGCTATGTTAACTCATTAAGTAGTATATGTTTGCTTATCCGTGTAATAGATGATCTGATTGTATAAATATTTTTGAAATCATCAGTACATACTCCTTAAAATCTCATTTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTCTTTTAATTATAGAATAAGTATCAAGGGATGGATGGAGTAGGAGGGACTGTTTGTGCAGGCACAGGCTATTATTTGAAGAAAGAAGCATTATATAGTACTCCAATTAACCAAGATAATATGACTACACTTTTTCAAAAAGCTCAATTAGAATACAAGTGGGAATCTCAATTGTATCAATCAGGTTTATCTTATTAATTTACACATAATTGTGTAGTTTATTTTGTTTAAGCATATAATTCTATGAACATTTTATATATTTATTAATTAAAAATATGTATATTTGGTTTATAGAGGAGTCACTTCAAGAGGCAGAAGAAAAGTTTGGTGCTTCTAGAAAGTTCATTAACTCTTTGAATCATCAAAGAAATGGAAGGGAAAATGTTCTATGTGATGAGATGATTGATGAAGCTAAAGCTCTTGCTTCTTGCACTTTTGAAGAAAATACAAGATGGGGTAAAGAAGTAAGTATCATCCTATTACTATACTAGTCCATATATATTTTTAGGCACGTTAAATAAGCGGGTTGAACTGAATTAAAACGGCTAAAATGAGTTAAGTCATTAACTCATTCAAGATTAAAATAAGCCGAATTAACTCATTCAAGATTAAAATGAGCTGAGTCAAGATGGAATACATAATAAATCATAATCGAACCTGATGACTCTTTTTATGTTTAATTATATCAAATAAAACTAACAAAATTCCTTTTTTATGATCGTTTATAACAGGTATCAAATAATAATAATAATTGCTTAGCCCAATTTTTGGTATGACTAAATTGAGTGGGTCAAAAGAGATAAATTAGATGTGTGATATATTTATGACCTTATTTTGACACTTGTGTTAAATTATGTGATTATTTCGTCTAAAAGCTTAAACTGTTGTTTTCAGATAGGGTACTCATACAATAGTTTACTAGAGAGCTCATACACAGGCTATCTCTTGCATTCTAAGGGGTGGAAATCAGTATATCTTTACCCAAAGAGGCCATGTTTTCTTGGTTGTAGCACCATTGATATGAAAGATGCTTTGGTCCAACTCATGAAGTGGGCTTCTGGGCTAGTACAAGTTGGACTTTCAAAATACAGCCCATTTACTTATGGGCTCATGTCAAAAATGCCTTTAGTCCAAAACATGTGTTATGGATACTTCATGTTCTCACATTTCCTCTCCATTCCTTGCTTCCTCTATGGCATTGTTCCACCTTTGTGCTTCTTGAGTGGCACTCCACTGTTTCCCAAGGTAAAAACTTAATTTTATCACTCACACATAAGTATCTTTCAAAGTATAATATTATTAAAAATTCCGATTTTGCAAGTCGAAATGGACATATGAGTGATTGATTACTAAAGAAAGAAAGGTCAATCTTCAAAAGGCTTGATGGGACGAATTTCCTCAAACTATAGTGGTGATTAATGAAATTACTAGTTTATTTTTTTGTTTAACCATCTGGTATCCGAAACTTAACGGTGCGGCTTAAGTTAGTTTATGTTACATACGGCCCACTAAAGAGGAAGCATCCCCTACTATAAATTTCTTAAGACTCGAATTCAAGACCTTTAATTAAAATGAATTTTATCTATACCACTACATCCTTGTTGGTATACTAATTGTAAATTAAATAAGAGTTAGTGTCAGTCGTGTGTGAGACACAAAATAATGATTTTTTTTTTGAAAAATTCATGTACATAACTTATTCAATTGTCTTTATTTATTATTTACAGGTGACAAGCCCATGGTTTGCTTTATTCACAACCATATTCTTATCATCTCTATCTCAACATTTATATGAAGTCATGTCTAGTGGTGGCAACTTAAGAACATGGTGGAATGAACAAAGAATTTGGATAATAAAAACAGTCACAGCTTGCTTATTTGGATGCTTAGATGTTTTAATGAAGTGGTTAGGTGTTGCAAAGGCAAATTTCAGGTTAACAAACAAAGCTATAGATGAAGAGAAATTAAGGAAACATGAAAAGGGTAAATTTGATTTCCAAGGTGCTAAGTTATTTATGGTTCCTTTGACATTTTTAGTGGTGTTTAATGTGATATGTTTCATATTTGGAATGAAAAGATTGGTCTTAGAGAGGAACTTTGAGGAGATGTTTGGACAAGGTTTCCTTTCTTTTTATGTTTTAGTTCTTAGTTATCCTATATTAGAGGGTTTAGTAGTATCAAAGAAACAAAAGTAAAAAAATGTTTTCTTGAAATTTGTGTATATCATGTATAAATAATGTTGTGACATCAATATAAATGTTTTTGCTTTCAGTTTGTTGCATTATTAATTCACCTTTCATCTTGATTCATAATCAAGAAAAACGGGAACTAAAGCACATATTTTTATTTTTTTTTAAAGAATTTTGAAAGATATCAATCTTTCGTTATGTAAAAAGATATCTCTTTTTTTTTAATCTCCAAAAATTAAGAGAGAAAATAGTCTACTTGGATGGATGGTTTAATTTTTAAAAATTACAAAATCTACTATTGAAAAGATTACCTGTGGTGATCTGGTTGTGTAATTTTATTTTATTTTACACTACTTATATATGTAAGTTAAAGTTAATGGGATCTATTGATCGATATGTCTTGTCTTAGCCCACTAGTATCTTTCTCTTTGGGAGATAATAGATAAATCATATTGCAATAATCATGTGACACGTTTATTATGGAGATGTGATAATTATGTAAATTTATTCAAATATTGTATTCATCAAAATAATACAGTACGAGATAATTCAATACAACGAAACCATACATAAGCTTCAACTTATCAACACAAAAGCTTCAACCCTTTTTTAACTCCTTCATCAATAGCTTTCTCCCCTTTGAATTTTATCTTTTCACTCAATTCCATTGCCTTCAAATTAACTTGTTTCCTAGTGTTATCCTCTACCACTTTCTTTATTCCTTTTGCCACCTCTTCTTTCATTATTTCTCCATTTTCACCTCTCAAAATCTCCACCCCTATGCCAAGTTCCTCCACTAATCTTGAATTCAATGGTTGATCATGATTCATAGGCATGGCTATTAATGGTATGCCAAAACTCATGCTTTCTAACATCGAATTCCATCCACAATGAGTTACAAAACCTCCAATACTTGAATGGTTCAAAATTAGACTTTGTACTTTCAAGAAAACCTTGTGGAACCATTTCTTCAATTGTTTTGTTCACCCCTTTAGGAAATTTGATTGTCCAAAT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| 60 | . | AC=1,1,0,2,1,1;AF=0.166667,0.166667,0,0.333333,0.166667,0.166667;AN=6;LV=1;NS=3;PS=>611>221 | GT:PI | 6/4:Sample1:68,111,000-68,147,500=4,Sample1:68,111,000-68,147,500=6 | 5/4:Sample2:64,997,300-65,026,000=4,Sample2:64,997,300-65,026,000=5 | 2/1:Sample3:67,533,970-67,563,000=1,Sample3:67,533,970-67,563,000=2
Reference | 5989 | >94>211 | TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG | 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Reference | 22747 | >94>211 | TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG | TACTTAACTCAAGACCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACATGAAGAATTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATATATGATCCTTATTATCTAGCCATGATTGAATTGTCCCCAAATTCTCCTCCTCACCTAAGGTCGCCTCGCGAATAAGTGGTCCAATTTGTATCAACTCCTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATATTGTGAGATTTTTCAAAGGATTTAAGTACCACATATCCAAAGGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTTCATATCTAATTTCTTGATCTCATAGTCATGAAGAAAAGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATAAAGAAATTGGTGGTAAAGGTAGGCTAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATAGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGATTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTGATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATATTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATACTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAATCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATACTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG,TGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATACTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAGGTTTAGGTACCATCTTTAACAACTACCTCCAAAATTATAAACCTTTTTCTTTCTCTTTCAAATTTAATGACATTATCAATAATTACTTTATTCTTACTATTTTTTTTGATCCACCTTGTGGTGACATAGGGTTTGACATAGATCCCTATTATATTTTTTGCAACTTTTTTTTGAAATATATTCAAAACTTTAATTTAATTGAAATTGTTATAACAAATCTGAACTTTGGAAAGAATTTGTTACTTCATGTATTATTTAATAGTGTATTTTAAAGGTATATATGTGAACACGTGGACATCATAGATATTACATCATTATAAATAGTAAAGTGTCCATGTGAGCATATATATTCCTTTAAAATACACTATTAAATAGTGCAGACGGATAATAAGTCATGATCAGAATTTGAGATTGTTACAGCAATTTCGGTCAAAGTTAGGTAATATTTCGAACCCTTTTCCCTATTTTCATACTATTAAATAGTTAAACTATCATTAAAAAGATCTAATATCATGTTAAATCAATATTTTGAATCTAACTCACGCTCTTAAAAATCGGTTGTAGAGAGAAGAATTACGCAAGCCTCGTAAGAAGTCGAGCTCTCACTAACCATCAAAACTTTTATTATTCTTTAACATTATCGACCCAAAAATCAATATAGTTAAATAATTTATATTTATAATTGTGATTTCAACAATAACTTTGTCCAAGGTTGAACATTTTTATTATTATTATTTTATAAAGGGTAATATGGACTTTATTATTATTATTCATATATAAGAAAGTGAAATATTACTAATTTAATTGTGCAGGCGGCATACGAAGTATTCAAGAAAAATATAGAGAAAGCCAGTAGCGTTGAAGGGTCCGTCAGAATGGATCGACCTCCATATATTGAGGTTTCTCCGTTCACTTTTATTTATCTCGTTTATCGATACTATTAAAAATAGAAATTTTAAAAAATACGATTTTTTAAAATCTCAATTCACTAGAAAAAAATGCATGGGGATAAATAAATTCTTAAAAGACTATAAATAGCCGCTAGATATAATATTTTTTTTTATTGATTCAATTAAAATATATGCGGAAATAGTCACTACATATTTTTAGTATAAAATTTAAATAACAAATAGTACTTCCTCTGTTCAGTTTTATTTGTCATGTTGTGCTTTTCGTAGGTCAATTTGACTTATTTTCAAAGTTAAATTAGATTATATTTATTCAATTTTAAACAAAAAATTTAGAATTCAAAAACTATACGAAAAGTACTATAGTTGCAATTTTTTTACATATCAATATGATGAAAAAATATATCTTAAATGTTAGTTAAAGTTTGTATAATTTGACTCTAAAAATGAAAAATATGACAATTAATAGTGGACACATAGAGTAATTTTTTAGACGTAATACGAGAGTCAAACTGTATAGACTTTAACCAATATTTTAAGATATTCATTTTCATCATATTAATAAGACGAAGATTGAAACTTATAGAATTTTTTTTTTCCATTTAAATTTTTTGATTTGTTAGCACAAATGAGAAAATTTTAGGGTTACAAAATGTAATTAAGGTGAGATTAAGAATAATAATCAAATATTTATGAGGTGCAGGTGATACATGATAATAAGGAAAGCAAATTGCCACAATTAGTTTATATGTCACGTGAGAGGAGACCATCGAGCCCTCATCGTTTCAAGGCTGGAGCCTTAAATGCTCTCGTAAGTAATATTATTCTGCACGAAGTATCTCACGTTCACATAATATTCGATTATTAAAATTGAAATTTGGAAGAAAACTTTTAATAGCATAATTGGTTGAGTTTACATTTCATCAACTTTAACACTAGTTTTCTAGTATCAAGATTAATCACAAATAGTTATATAAAAAAAAAAGTCTAGGAAATTAAAATGAAATATATTTTTTATATTATCAGATCATCTAAGAAAGTCAATCAGATATATAAAGTTTGATAAGCTGCAAAACATACTAACAATGTAATGACAGAGATCTTTTAATCAAAGGTTTTGATTTTGAATCAGCCTTGGTCGGGGCACCTTTCCTGTTAAAACGAGACATACATAACATGAATTTAAATTATTTTAGTCAGTATATACGTTCGGGATAACACATAAAGTAGTTACTAACCTAGCTACTTTCCTATATTTAAAAATCACGAACAATCACTACTAGAAATCGATCAATTTTTTGAACAATCACTTATGGTTATTATTATTTTGTGGTCATGACATGCAGCTTAGGGTTTCAGGGGTAATGAGCAATGCACCATATATGCTTGTTTTGGATTGTGACATGTATTGCAATGACCCTTCTTCAGCCAAGCAAGCAATGTGTTTTCATCTTGATCATAATATTTCTACTACTCTTTCCTATGTACAATTCCCTCAAACATTTTATAATGTTAGTAAAAATGACATCTATGATGCTCAATCAAGATCAGCATATCAGGTACCTACACGTCCTCTCACTACAACAAACAAAAATGATCATTAGCGGCATTTAATATGTATTTTTAGCGCCAATTGTCATTCTTTGTATATGTCCCTAGCCTTTAGCAACATTGGTTCTAATGACACTTAACTAATGCCGATAAAGACTTTAGCACTCTTTATTAGTGTCAATATTTAATGCCGTTAAAAATTGCTTTTGTTGCGGTGTCTTAATATATGTTGCAATAATTGTATTCTATATATTTCTATTTTTTCCACTTCATTACATATGTACAATTTTCGGGCGTCTACACGGTCGGGTCGGGCCAAACCTGATATACATATGTATTTGTATATCTGGAGAGCGAGATTGGAGATGGGGGTGAGCGAGATTGGGAGAGGAAGGAGAGAGGGAGAGAGTGGAGAGAGTTGAATTGTATATGTATATCTATCATATAATTGTATATATGTAAATGGTATACATACGTATTTGTAAATCTGGCAAGTGATATTGAAGAGGGAGGAGAGAGGCGAGCGAGAGAGACTAACTGTTTATGTATATGTATATAAAAGAGGAGAGAGACGAGAGAGGAAGAGAGAAGAGAGGCGACGTAATTACAACTAAATTTAAGTTGTGAGACGTAATTAAGTCAAACTATAGCTATGTTAACTCATTAAGTAGTATATGTTTGCTTATCCGTGTAATAGATGATCTGATTGTATAAATATTTTTGAAATCATCAGTACATACTCCTTAAAATCTCATTTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTCTTTTAATTATAGAATAAGTATCAAGGGATGGATGGAGTAGGAGGGACTGTTTGTGCAGGCACAGGCTATTATTTGAAGAAAGAAGCATTATATAGTACTCCAATTAACCAAGATAATATGACTACACTTTTTCAAAAAGCTCAATTAGAATACAAGTGGGAATCTCAATTGTATCAATCAGGTTTATCTTATTAATTTACACATAATTGTGTAGTTTATTTTGTTTAAGCATATAATTCTATGAACATTTTATATATTTATTAATTAAAAATATGTATATTTGGTTTATAGAGGAGTCACTTCAAGAGGCAGAAGAAAAGTTTGGTGCTTCTAGAAAGTTCATTAACTCTTTGAATCATCAAAGAAATGGAAGGGAAAATGTTCTATGTGATGAGATGATTGATGAAGCTAAAGCTCTTGCTTCTTGCACTTTTGAAGAAAATACAAGATGGGGTAAAGAAGTAAGTATCATCCTATTACTATACTAGTCCATATATATTTTTAGGCACGTTAAATAAGCGGGTTGAACTGAATTAAAACGGCTAAAATGAGTTAAGTCATTAACTCATTCAAGATTAAAATAAGCCGAATTAACTCATTCAAGATTAAAATGAGCTGAGTCAAGATGGAATACATAATAAATCATAATCGAACCTGATGACTCTTTTTATGTTTAATTATATCAAATAAAACTAACAAAATTCCTTTTTTATGATCGTTTATAACAGGTATCAAATAATAATAATAATTGCTTAGCCCAATTTTTGGTATGACTAAATTGAGTGGGTCAAAAGAGATAAATTAGATGTGTGATATATTTATGACCTTATTTTGACACTTGTGTTAAATTATGTGATTATTTCGTCTAAAAGCTTAAACTGTTGTTTTCAGATAGGGTACTCATACAATAGTTTACTAGAGAGCTCATACACAGGCTATCTCTTGCATTCTAAGGGGTGGAAATCAGTATATCTTTACCCAAAGAGGCCATGTTTTCTTGGTTGTAGCACCATTGATATGAAAGATGCTTTGGTCCAACTCATGAAGTGGGCTTCTGGGCTAGTACAAGTTGGACTTTCAAAATACAGCCCATTTACTTATGGGCTCATGTCAAAAATGCCTTTAGTCCAAAACATGTGTTATGGATACTTCATGTTCTCACATTTCCTCTCCATTCCTTGCTTCCTCTATGGCATTGTTCCACCTTTGTGCTTCTTGAGTGGCACTCCACTGTTTCCCAAGGTAAAAACTTAATTTTATCACTCACACATAAGTATCTTTCAAAGTATAATATTATTAAAAATTCCGATTTTGCAAGTCGAAATGGACATATGAGTGATTGATTACTAAAGAAAGAAAGGTCAATCTTCAAAAGGCTTGATGGGACGAATTTCCTCAAACTATAGTGGTGATTAATGAAATTACTAGTTTATTTTTTTGTTTAACCATCTGGTATCCGAAACTTAACGGTGCGGCTTAAGTTAGTTTATGTTACATACGGCCCACTAAAGAGGAAGCATCCCCTACTATAAATTTCTTAAGACTCGAATTCAAGACCTTTAATTAAAATGAATTTTATCTATACCACTACATCCTTGTTGGTATACTAATTGTAAATTAAATAAGAGTTAGTGTCAGTCGTGTGTGAGACACAAAATAATGATTTTTTTTTTGAAAAATTCATGTACATAACTTATTCAATTGTCTTTATTTATTATTTACAGGTGACAAGCCCATGGTTTGCTTTATTCACAACCATATTCTTATCATCTCTATCTCAACATTTATATGAAGTCATGTCTAGTGGTGGCAACTTAAGAACATGGTGGAATGAACAAAGAATTTGGATAATAAAAACAGTCACAGCTTGCTTATTTGGATGCTTAGATGTTTTAATGAAGTGGTTAGGTGTTGCAAAGGCAAATTTCAGGTTAACAAACAAAGCTATAGATGAAGAGAAATTAAGGAAACATGAAAAGGGTAAATTTGATTTCCAAGGTGCTAAGTTATTTATGGTTCCTTTGACATTTTTAGTGGTGTTTAATGTGATATGTTTCATATTTGGAATGAAAAGATTGGTCTTAGAGAGGAACTTTGAGGAGATGTTTGGACAAGGTTTCCTTTCTTTTTATGTTTTAGTTCTTAGTTATCCTATATTAGAGGGTTTAGTAGTATCAAAGAAACAAAAGTAAAAAAATGTTTTCTTGAAATTTGTGTATATCATGTATAAATAATGTTGTGACATCAATATAAATGTTTTTGCTTTCAGTTTGTTGCATTATTAATTCACCTTTCATCTTGATTCATAATCAAGAAAAACGGGAACTAAAGCACATATTTTTATTTTTTTTTAAAGAATTTTGAAAGATATCAATCTTTCGTTATGTAAAAAGATATCTCTTTTTTTTTAATCTCCAAAAATTAAGAGAGAAAATAGTCTACTTGGATGGATGGTTTAATTTTTAAAAATTACAAAATCTACTATTGAAAAGATTACCTGTGGTGATCTGGTTGTGTAATTTTATTTTATTTTACACTACTTATATATGTAAGTTAAAGTTAATGGGATCTATTGATCGATATGTCTTGTCTTAGCCCACTAGTATCTTTCTCTTTGGGAGATAATAGATAAATCATATTGCAATAATCATGTGACACGTTTATTATGGAGATGTGATAATTATGTAAATTTATTCAAATATTGTATTCATCAAAATAATACAGTACGAGATAATTCAATACAACGAAACCATACATAAGCTTCAACTTATCAACACAAAAGCTTCAACCCTTTTTTAACTCCTTCATCAATAGCTTTCTCCCCTTTGAATTTTATCTTTTCACTCAATTCCATTGCCTTCAAATTAACTTGTTTCCTAGTGTTATCCTCTACCACTTTCTTTATTCCTTTTGCCACCTCTTCTTTCATTATTTCTCCATTTTCACCTCTCAAAATCTCCACCCCTATGCCAAGTTCCTCCACTAATCTTGAATTCAATGGTTGATCATGATTCATAGGCATGGCTATTAATGGTATGCCAAAACTCATGCTTTCTAACATCGAATTCCATCCACAATGAGTTACAAAACCTCCAATACTTGAATGGTTCAAAATTAGACTTTGTACTTTCAAGAAAACCTTGTGGAACCATTTCTTCAATTGTTTTGTTCACCCCTTTAGGAAATTTGATTGTCCAAATAAAATTAACTTTGCTTAGCTCAAGCCCTTTTGCTATCTCTTCAATTTCTTGCTTTGACAAGAAGCTTTCACTTCCAAATGATACATAAACACATGATAATTGATCCTTCTTGTCTAGCCAAGATTGAATTGTCCCCCAATCCTCCTCCTCATCTATCATCGCCTCGCGAATTAATGGTCCAATTGGTATCAACTCTTTCTTTCCTATTGTAGAAACATAATCTATATACTTCCCCTCAGTCTCCCTACAAGTGTTCAACAAAACAATGTTGTGAGATTGTTCAAAAGACTCAAGGATTATGTATGCAAAAGCTTTCTCATCGCGTGGTTTTATTGGTTGTATGCCTAATTTCTTGATCTCATGGTCATGAAGGTATATGGAAGAAAATGGAAAAGATGTAAGGCTTGAACTCCCATGAAGAAATTGGTGGTAAATGTAGGCAAGACCAGAAGTTGAAGAAACATAAAACATAATAGCATGAATACTGTATGATGAAGCCATAGTTGCTACCCATGGTTGGAACCCATCATATATAATCAAGTTAGGTTTTAGGGTTTCAATTATGCTTGGAAATTTGGAAGAAGCCATTTGAAAGGCTTGAATAAG | 60 | . | AC=1,1,0,2,1,1;AF=0.166667,0.166667,0,0.333333,0.166667,0.166667;AN=6;LV=1;NS=3;PS=>611>221 | GT:PI | 6/4:Sample1:68,111,000-68,147,500=4,Sample1:68,111,000-68,147,500=6 | 5/4:Sample2:64,997,300-65,026,000=4,Sample2:64,997,300-65,026,000=5 | 2/1:Sample3:67,533,970-67,563,000=1,Sample3:67,533,970-67,563,000=2

I want to interpret this output. I am trying to understand why different SV calls have same ID >94>211? I also want to understand why these variations are called as structural variations instead of calling multiple SNPs as they have multiple point differences? Thank you!

glennhickey commented 2 years ago

If the reference path has a cycle where it loops through the site multiple times, you will get a call for each loop. The site ID will remain the same, but the POS along the reference will be different.

Deconstruct only outputs what's in your graph. If the SNPs aren't represented as multiple bubbles in the graph, they will not be multiple bubbles in the VCF. If they are bubbles in the graph, you may have to go looking for them in a nested site using the LV and PS tags.

GSgen commented 2 years ago

Thank you @glennhickey!

I am trying the latest vg/1.38.0 using:

vg autoindex \
    -w giraffe \
    -g smooth.gfa \
    -p out\
    -t 12 \
    -R XG -V 1
vg gbwt \
    -o out.gbwt \
    -g out.gg \
    -Z out.giraffe.gbz
vg snarls out.xg \
    -a > out.snarls
vg deconstruct out.xg -d 2 -a -g out.gbwt -r out.snarls -p REFERENCE  > deconstruct.vcf

But I am not sure if I can use something like -A Sample1 -A Sample2 -A Sample3 to get the calls based on REFERENCE as in previous vg versions. I am instead getting:

#CHROM | POS | ID | REF | ALT | QUAL | FILTER | INFO | FORMAT | 0 | 1 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 2 | 3 | 4 | 5
-- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | --
REFERENCE | 215 | >17>21 | TC | TT,TCTT | 60 | . | AC=8,4;AF=0.5,0.25;AN=16;AT=>17>18>21,>17>20>21,>17>18>19>20>21;NS=16;LV=0 | GT | 2 | 11 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |  
REFERENCE | 225 | >21>24 | T | C | 60 | . | AC=8;AF=0.5;AN=16;AT=>21>22>24,>21>23>24;NS=16;LV=0 | GT | 0 | 0 | 0 | 1 | 10 |   |   |   |   |   |   |  
REFERENCE | 731 | >39>42 | C | G | 60 | . | AC=8;AF=0.5;AN=16;AT=>39>40>42,>39>41>42;NS=16;LV=0 | GT | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 |   |   |   |   |   |   |  

Could you please help me direct the output? Thank you!