ProteoRE 1.2 : tool panel content: section and tools' name

[yvandenb]

• ProteoRE Release n°1.2: Tool panel : section, titles and tools content (Warning: Some title and description have been modified)

DATA MANIPULATION Filter by keywords or numerical value (combine different filters using ‘AND, OR’ operators) JVenn diagram process lists and draw Venn diagram ID Converter convert various database identifiers (supported species: Homo sapiens, Mus musculus) PROTEIN LIST ANNOTATION Expression data by tissue find tissue in which your proteins are expressed - Human Protein Atlas Add expression data RNAseq and Immuno-assays data from Human Protein Atlas Protein features add biochemical and cellular annotation from neXtProt ANNOTATION RETRIEVAL FROM DB Retrieve tissue-specific expression data from Human Protein Atlas - no input required Retrieve number of MS/MS observations in a tissue from Peptide Atlas – homo sapiens only FUNCTIONAL ANALYSIS clusterProfiler GO terms classification and enrichment analysis goProfiles Statistical analysis of functional profiles topGO Enrichment analysis for Gene Ontology PATHWAY ANALYSIS Reactome query and display your protein list on the Reactome pathway browser
Compute KEGG pathways coverage using KEGG REST api PathView maps and visualize your protein list on KEGG pathway

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[combesf]

ok pour moi

[vloux]

Ok

[combesf]

@davidchristiany @yvandenb je ne retrouve pas sur dev-migale le composant : "PathView maps and visualize your protein list on KEGG pathway" est-ce normal car il est en cours d'ajout, ou est-ce un oubli ?

Par ailleurs, l'arborescence de nos outils dans le "tools panel" à gauche n'est pas celle définie dans cette issue pour le v1.2 pourrais-tu stp mettre l'arborescence comme décrit dans cette issue ? merci beaucoup.

[davidchristiany]

pas de soucis je m'en occupe

[combesf]

merci @davidchristiany idem c'est pour mes diapos pour albi ...

[davidchristiany]

J'ai remis de l'ordre dans la lsite des outils et réinstallé Kegg pathway identification et kegg mapping. (cluster profiler en cours)

[davidchristiany]

Yves peux-tu me donner une version à jour du panel quand tu auras le temps stp ? Certains noms ont déjà changés et je voudrais être sur des noms avant de faire la release sur le toolshed.

[yvandenb]

tools panel: update (to be validated together) DATA MANIPULATION Filter by keywords and/or numerical value JVenn: process (up to 6) gene/protein lists and draw Venn diagram ID Converter (species: Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus) PROTEIN LIST ANNOTATION Get human expression data by tissue (normal or tumor tissue Human Protein Atlas) Add human expression data (RNAseq and Immuno-assays data from Human Protein Atlas) Add human protein features (neXtProt) ANNOTATION RETRIEVAL FROM DB Retrieve tissue-specific expression data from Human Protein Atlas (no input required) Retrieve number of MS/MS observations in human tissue/fluids from Peptide Atlas FUNCTIONAL ANALYSIS clusterProfiler: GO terms classification and enrichment analysis (Human, Mouse, Rat) goProfiles: Statistical analysis of functional profiles (Human, Mouse, Rat) topGO: Enrichment analysis for Gene Ontology (Human, Mouse, Rat) HeatMap: Clustering and visualisation for differential analysis PATHWAY ANALYSIS Reactome: display your protein list on the Reactome pathway browser KEGG pathways: identification and coverage KEGG pathways: map visualisation (PathView)

[davidchristiany]

Je mets tout ce qui est après les ":" en description ? Ce sera écrit en plus clair. Ou alors je laisse les descriptions actuelles ?

[yvandenb]

DATA MANIPULATION Filter by keywords and/or numerical value Venn diagram (JVenn) ID Converter (Human, Mouse, Rat) PROTEIN LIST ANNOTATION Get human expression data by tissue (normal or tumor tissue Human Protein Atlas) Add human expression data (RNAseq and Immuno-assays data from Human Protein Atlas) Add human protein features (neXtProt) ANNOTATION FROM PUBLIC RESOURCES tissue-specific expression data from Human Protein Atlas (no input required) number of MS/MS observations in human tissue/fluids from Peptide Atlas FUNCTIONAL ANALYSIS GO terms classification and enrichment analysis (Human, Mouse, Rat) (clusterProfiler) Statistical analysis of functional profiles (Human, Mouse, Rat) (goProfiles) Enrichment analysis for Gene Ontology (Human, Mouse, Rat) (topGO) HeatMap: Clustering and visualisation for differential analysis PATHWAY ANALYSIS Reactome: display your protein list on the Reactome pathway browser KEGG pathways: identification and coverage KEGG pathways: map visualisation (PathView)

[combesf]

Voici mes propositions pour le nommage des 2 composants kegg : KEGG identification of pathways and coverage KEGG maps visualisation of quantified genes/proteins

et je maintiens également ce que j'ai dit dans mon dernier post sur #141

[yvandenb]

En alternative: KEGG identification of pathways (including coverage calculation) KEGG maps visualisation of genes/proteins (including their fold change if any) Je propose qu'in fine, ce soient les beta-testeurs qui tranchent...

[combesf]

ok pour moi pour que les bêta testeurs tranchent

[davidchristiany]

je suis en train de changer les noms des dataset collection pour kegg maps visualization.

• fichier texte : KEGG maps visualization text output
• collection : KEGG maps visualization from

Cela vous convient-il ?

[yvandenb]

Pour l'instant je vois cela:

donc OK pour ta suggestion pour "KEGG Map visualization" pour "KEGG identification of pathways" je renommerais l'item output en "KEGG identification" pour ne pas confondre...other idea?

[yvandenb]

Suite aux retours beta-test: nvelle propal de nommage pour le tool panel ID Converter (Human, Mouse, Rat)

DATA MANIPULATION Filter by keywords and/or numerical value Venn diagram (JVenn) HeatMap: clustering and visualizing quantitative data

HUMAN ANNOTATION Add human expression data by tissue (normal or tumor tissue Human Protein Atlas) Add human expression data (RNAseq or immuno-assays data from Human Protein Atlas) Add human protein features (neXtProt) Get MS/MS observations in human tissue/fluids (Peptide Atlas) Build tissue-specific expression dataset (from Human Protein Atlas) (no input required)

MOUSE ANNOTATION (coming soon)

GOterms ANALYSIS Statistical analysis of functional profiles (Human, Mouse) (goProfiles) GO terms classification and enrichment analysis (Human, Mouse, Rat) (clusterProfiler) Enrichment analysis for Gene Ontology (Human, Mouse, Rat) (topGO)

PATHWAY ANALYSIS Query Reactome pathway database KEGG pathways identification and coverage KEGG map visualisation of (differentially expressed) genes/proteins

@all: merci de faire un retour avant validation

[combesf]

Voici une proposition avec qqes modif :

DATA MANIPULATION Filter by keywords and/or numerical value Venn diagram [JVenn] HeatMap

HUMAN ANNOTATION Add expression data from (normal or tumor) tissue [Human Protein Atlas (HPA)] (voir ci-dessous) Add expression data (RNAseq or immuno-assays) [Human Protein Atlas (HPA)] (voir ci-dessous) Add protein features [neXtProt] Get MS/MS observations in tissue/fluid [Peptide Atlas] Build tissue-specific expression dataset [Human Protein Atlas] (no input required)

MOUSE ANNOTATION (coming soon)

GO terms ANALYSIS Statistical analysis of functional profiles (Human, Mouse) [goProfiles] GO terms classification and enrichment analysis (Human, Mouse, Rat) [clusterProfiler] Enrichment analysis for Gene Ontology (Human, Mouse, Rat) [topGO]

PATHWAY ANALYSIS Query Reactome pathway database KEGG pathways identification and coverage KEGG map(s) visualisation of (differentially expressed) genes/proteins

-- Remarque : Add expression data from (normal or tumor) tissue [Human Protein Atlas (HPA)] Add expression data (RNAseq or immuno-assays) [Human Protein Atlas (HPA)]

Pour ces outils la formulation n'est pas encore satisfaisante je trouve. Dans les 2 cas on ajoute "expression data", mais dans le 1er cas : de tissu , et dans le 2d cas : de données d'une certaine technique (RNAseq ou immuno-assay). C'est pas encore très clair du coup je trouve. Ex : si un utilisateur veut récupérer des données de cancer obtenues par RNAseq : il choisit quel outil ? ;-)

[davidchristiany]

Je pense que c'est une bonne idée de faire des rubriques "human" et "mouse" annotation, c'est plus clair. De même avec l'outil "Add human expression data", ça sera s'en doute plus simple pour les utilisateur en divisant l'outil, on pourra voir directement avec le nom des dataset duquel il s'agit après utilisation. Je suis d'accord avec Florence, les noms ne sont pas très clair encore.

En revanche, je ne comprends pas pourquoi il faudrait retirer ID converter de DATA MANIPULATION. Et je pense qu'il est plus judicieux de faire une catégorie "visualisation" pour les outils "Venn diagram" et "heatmap "

Edit : c'est pas si choquant en fait de les trouver dans DATA MANIPULATION et le fichier texte de venn diagram peut être utilisé par la suite donc bon

[yvandenb]

Je suis d'accord que ce n'est pas encore clair pour les 2 outils HPA dans la mesure où le source file et donc l'info renvoyée n'est pas la même

De fait "Add expression data from (normal or tumor) tissue [Human Protein Atlas (HPA)]" pourrait devenir "Get expression profiles by (normal or tumor) tissue/cell type [Human Protein Atlas (HPA)]

"Add expression data (RNAseq or immuno-assays) [Human Protein Atlas (HPA)]" ne changerait pas...opinion ?

Edit : c'est pas si choquant en fait de les trouver dans DATA MANIPULATION et le fichier texte de venn diagram peut être utilisé par la suite donc bon

Ok pour laisser ID-converter dans 'DATA MANIPULATION' (NB: Marianne trouvait cela plus pratique de laisser isolé car c'est un outil incontournable) Je ne suis pas pour une catégorie "DATA VISUALIZATION", car cela laisserait entendre que les GO ne font pas de visu..."HeatMap" est un peu à part pour moi car il fait et du calcul (clustering) et de la visu (dendrogram) mais pour l'instant cela serait assez logique de le laisser dans "MANIPULATION"...la question se pose si on imagine à terme, developper par ex. une section "CLASSIFICATION"

[combesf]

De fait "Add expression data from (normal or tumor) tissue [Human Protein Atlas (HPA)]" pourrait devenir "Get expression profiles by (normal or tumor) tissue/cell type [Human Protein Atlas (HPA)]

"Add expression data (RNAseq or immuno-assays) [Human Protein Atlas (HPA)]" ne changerait pas...opinion ?

Oui c'est déjà mieux comme ça en effet.

[yvandenb]

OK, faisons comme ça ! Green light David

[davidchristiany]

Je pars sur la version de Florence avec les crochets ?

[yvandenb]

Yes please mais merci d'enlver les "HPA" après chaque "Human Protein Atlas", c'est redondant...

[davidchristiany]

je retire aussi le "clustering and visualizing quantitative data" pour Heatmap ?

[davidchristiany]

je résume :

DATA MANIPULATION Filter by keywords and/or numerical value Venn diagram [JVenn] HeatMap

HUMAN ANNOTATION Get expression profiles by (normal or tumor) tissue/cell type [Human Protein Atlas] Add expression data (RNAseq or immuno-assays) [Human Protein Atlas] Add protein features [neXtProt] Get MS/MS observations in tissue/fluid [Peptide Atlas] Build tissue-specific expression dataset [Human Protein Atlas] (no input required)

MOUSE ANNOTATION (coming soon)

GO terms ANALYSIS Statistical analysis of functional profiles (Human, Mouse) [goProfiles] GO terms classification and enrichment analysis (Human, Mouse, Rat) [clusterProfiler] Enrichment analysis for Gene Ontology (Human, Mouse, Rat) [topGO]

PATHWAY ANALYSIS Query Reactome pathway database KEGG pathways identification and coverage KEGG map(s) visualisation of (differentially expressed) genes/proteins

On garde "Get expression profiles" et non pas "Add expression profiles" ?

[yvandenb]

On garde "Get expression profiles" => oui OK pour le reste - Warning: Il manque ID converter NB. nous travaillons cet aprem sur les IHM, peux-tu nous dire qd l'update du tool panel sera fait (il faudra également que tu renommes chacune des en-tete des IHM