Mouse resources : expression and phenotypic public data

[yvandenb]

Resource 1: Mouse expression data (from MGI, the international database resource for the laboratory mouse) - Gene Expression Database (GXD) Project : GXD integrates different types of gene expression information from the mouse and provides a searchable index of published experiments on endogenous gene expression during development. http://www.informatics.jax.org/expression.shtml

Resource 2: IMPC (International Mouse Phenotyping Consortium) - sharing of data, genotype-phenotype annotation. https://www.mousephenotype.org/ Interrogeable via REST API see: http://www.mousephenotype.org/data/documentation/data-access

BUT: Pour ces 2 ressources "souris" , lister leur contenu et features, faire une sélection des annotaitons d'interet, voir comment récupérer les data et annotations (e.g. via REST API, download, etc) - sur cette base, créer un prototypage d'IHM de type 'multi-species' sur la base de "Add human expression data" (pour la ressource 1 MGI/GXD) - pour le phénotype ce serait à mon avis, un outil à part ? to be discussed

[yvandenb]

Suite à nos discussions de ce jour: Comme pour Homo sapiens, il s’agit d’identifier et de mettre à disposition les données d’expression par tissus et les données de phénotype dispo chez la souris. La ressource identifiée est MGI (http://www.informatics.jax.org/). Il est possible de récupérer ces données soit par des query en utilisant « Intermine » (http://www.mousemine.org/mousemine/mymine.do) (Rem il faut un compte !) ou via leur API (http://www.mousemine.org/mousemine/api.do). Vi l’API Il existe des templates (par ex. pour les données phénotypiques : http://www.mousemine.org/mousemine/template.do?name=MPhenotype_MGenotype&scope=all) Les outils seraient alors les suivants : “Get expression profiles by tissue/cell type [Mouse Genome Informatics MGI] Add expression data [MGI] Add phenotypic information [Mouse Genome Informatics via Intermine] Add protein features [resource à définir ? ] A voir si c’est possible avec MGI "Build tissue-specific expression dataset (no input required)" A spécificier (Flo/Yves)

[yvandenb]

Contact établi avec Mohammed Selloum (IGBMC Strasbourg) selloum@igbmc.fr; travaille dans l'INBS Phenomin en lien avec le consortium de phénotypage souris IPMC (lui même en lien avec la ressource MGI) - propose un confcall avec les gens de l'EBI qui gère la database IMPC: http://www.mousephenotype.org/

[combesf]

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