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vloux / ProteoRE

GNU General Public License v3.0
2 stars 5 forks source link

New tool to be installed: "QuanTP Correlation between protein and transcript abundances" #153

Closed yvandenb closed 5 years ago

yvandenb commented 5 years ago

A des fins de test, pourrait-on déployer sous dev-migale -> ProteoRE -> Other tools section cet outil développé par Galaxy-P : http://galaxyp-proteogenomics.duckdns.org/?tool_id=toolshed.g2.bx.psu.edu%2Frepos%2Fgalaxyp%2Fquantp%2Fquantp%2F1.0.0&version=1.0.0&__identifer=bvf2flg86aa

Pas urgent ...

davidchristiany commented 5 years ago

L'outil a été installé sur dev-migale, dans la section proteore.

yvandenb commented 5 years ago

Merci David; il existe des datasets indiqués dans la publi QuanTP (https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.8b00727) et téléchargeables sur leur instance ici: http://galaxyp-proteogenomics.duckdns.org/library/list#folders/F2d9035b3fc152403 Prendre le dataset "QuanTP_mouse_input" c'est un zip avec 2 text files (mRNA et prot abundance measurements) : peux-tu les downloader et les placer en "Shared data -> Data libraries -> test_datasets" je ne suis pas autorisé à la faire :-/

davidchristiany commented 5 years ago

Les fichiers sont accessibles dans data librairies :

http://migale.jouy.inra.fr/dev-galaxy/library/list#folders/F290670ee50ab85f0

vloux commented 5 years ago

A deployer sous la subsection "Galaxy-P Tools"