Pathways identification and coverage (Proteore.org): execution halted

yvandenb commented 5 years ago

history name: "Mouse_Lat_Liver_201910" shared with David item n°8 using geneID as input (col 8) Fatal error: Exit code 1 () Error in .getUrl(url, .listParser, nameColumn = 1, valueColumn = 2) : Service Unavailable (HTTP 503). Calls: get_pathways_list -> keggLink -> .getUrl -> stop_for_status Execution halted

Changement d'URL pour KeggREST?

davidchristiany commented 5 years ago

l'erreur http 503 signifie "temporairement indisponible", donc cela devrait se résoudre du coté de kegg j'imagine. Je vais quand meême regarder ça pour être sur.

davidchristiany commented 5 years ago

C'est un problème de configuration de l'instance je pense, ce problème survient sur proteore.org et proteore-migale mais pas lorsque je fais tourner l'outil en local. Le fait de mettre l'outil dans la whitelist ne change rien. Il y a surement eu un changement de configuration qui a fermé un port ou quelque chose du genre.

yvandenb commented 5 years ago

Oui, c'est mon feeling aussi...connait-on le port number - par ex un moyen de tester via un 'tcpdump' - ? Une piste serait de voir si la config du proxy du serveur pour flux sortants (ou sinon celle du firewall) a changé ? je mets Valentin dans la boucle...

vloux commented 5 years ago

[proteore@proteore tmp]$ source /home/proteore/galaxy/database/dependencies/_conda/bin/activate (root) [proteore@proteore tmp]$ conda activate /home/proteore/galaxy/database/dependencies/_conda/envs/bioconductor-keggrest@1.18.0 (bioconductor-keggrest@1.18.0) [proteore@proteore tmp]$ R

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library(KEGGREST)

listDatabases()

[1] "pathway" "brite" "module" "ko" "genome" "vg" [7] "ag" "compound" "glycan" "reaction" "rclass" "enzyme" [13] "disease" "drug" "dgroup" "environ" "genes" "ligand" [19] "kegg"

org <- keggList("organism") Error in file(con, "r") : cannot open the connection to 'http://rest.kegg.jp/list/organism' De plus : Warning message: In file(con, "r") : cannot open URL 'https://blackhole.dsi.inra.fr/': HTTP status was '503 Service Unavailable'

Bloquage du site par le cache INRA. J'ai déclaré l'incident ( INC0131631 )et demandé une explication sur le changement de politique.

vloux commented 5 years ago

Résolu

vloux / ProteoRE

Pathways identification and coverage (Proteore.org): execution halted #249