• Filter the data to remove the biological contaminants -> en output il y a maintenant 20 lignes supprimées et il reste 151 lignes
• Build a lung reference proteome as a background for GO terms enrichment analysis -> la dernière version ne fonctionne pas
• Convert Ensembl ID to Uniprot and Entrez Gene ID -> préciser d'utiliser la version « reviewed entries only » pour le numéro d’accès Uniprot
• GO terms analysis -> préciser d'utiliser l'outild de cluster profiler (pas de résultats pour EGO)
• Protein list mapping on Reactome database -> préciser qu'il s'agit de l'outil " pathway enrichment analysis "
Feedbacks from MAP proteomics platform about the GTN hands-on:
https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/proteomics/tutorials/proteome_annotation/tutorial.html
• Filter the data to remove the biological contaminants -> en output il y a maintenant 20 lignes supprimées et il reste 151 lignes • Build a lung reference proteome as a background for GO terms enrichment analysis -> la dernière version ne fonctionne pas • Convert Ensembl ID to Uniprot and Entrez Gene ID -> préciser d'utiliser la version « reviewed entries only » pour le numéro d’accès Uniprot • GO terms analysis -> préciser d'utiliser l'outild de cluster profiler (pas de résultats pour EGO) • Protein list mapping on Reactome database -> préciser qu'il s'agit de l'outil " pathway enrichment analysis "