An error occurred while running the sample file (运行示例数据时报错了

[kuangzhuoran]

After downloading the software, you will use the data contained in the folder, which will also report an error 通过git clone下载完，用文件夹里面自带的KO.rela.xls和group.list运行，也会报错

my command: perl -MList::Util=sum -lane'$.==1 && print ; $.==1 && next; sum(@F[1..$#F]) == 0 && next; print ' KO.rela.xls > non-zero-KO.rela.xls Rscript caculate_reporter_score.R --group group.list --abund non-zero-KO.rela.xls --type pathway --outdir try

here is the error : 报错长这样： $ Rscript caculate_reporter_score.R --group group.list --abund non-zero-KO.rela.xls --type pathway --outdir try Error in combn(unique_group, 2) : n < m Calls: as.data.frame -> combn Execution halted

[wangpeng407]

给下数据看看

[kuangzhuoran]

您好！谢谢回复 就是软件自带的两个文件，当然用我自己的数据也一样会报错，我觉得可能不是输入文件的格式问题 另外在引用的时候是引用这篇文章吗“"Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life"”

KO.rela.xls

group.txt

[wangpeng407]

@kuangzhuoran

• 更新了下代码，再试下
• 注意下R的版本，我使用的是 3.6.0

  Rscript  --version
  R scripting front-end version 3.6.0 (2019-04-26)

[Yelin112]

可能是因为unique_group生成时level()内部的变量不是因子类型 更改为 unique_group <- levels(as.factor(kodt$Group))