wentaozhu / DeepLung

WACV18 paper "DeepLung: Deep 3D Dual Path Nets for Automated Pulmonary Nodule Detection and Classification"
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问几个很基本的问题 #83

Closed Alphia closed 5 years ago

Alphia commented 5 years ago

我是深度学习的新人,有几个问题一直没搞清楚,请教一下

  1. 训练模型的输入应该是图片,但是数据集里没看到图片。
  2. 已经训练好的模型,怎么使用呢?readme里面提到模型在/detector/dpnmodel/ or ./detector/resmodel目录下,我看到10个ckpt文件,使用pytorch load之后,不知怎么用。
  3. 我理解是用pytorch加载一个模型,然后以一个图片为输入,得倒一个标记了nodule的图片;但在DeepLungDetectionDemo里面我并没有看到加载现有模型并推演出有标记的图片。是我理解的有问题吗?
Alphia commented 5 years ago

另外,validate data是用来validate什么的?testdata是用来test什么的?

Alphia commented 5 years ago

另外,准确率怎么看?那个FROC是什么?Performance指的是处理一个图片的时间吗?

Alphia commented 5 years ago

@wentaozhu 请不吝赐教~

wentaozhu commented 5 years ago

我是深度学习的新人,有几个问题一直没搞清楚,请教一下

  1. 训练模型的输入应该是图片,但是数据集里没看到图片。
  2. 已经训练好的模型,怎么使用呢?readme里面提到模型在/detector/dpnmodel/ or ./detector/resmodel目录下,我看到10个ckpt文件,使用pytorch load之后,不知怎么用。
  3. 我理解是用pytorch加载一个模型,然后以一个图片为输入,得倒一个标记了nodule的图片;但在DeepLungDetectionDemo里面我并没有看到加载现有模型并推演出有标记的图片。是我理解的有问题吗?

https://github.com/wentaozhu/DeepLung/blob/master/DeepLungDetectionDemo/detector.ipynb Maybe this can help you.

wentaozhu commented 5 years ago

另外,准确率怎么看?那个FROC是什么?Performance指的是处理一个图片的时间吗?

https://github.com/wentaozhu/DeepLung/blob/master/evaluationScript/frocwrtdetpepchluna16.py

This is the FROC.

Alphia commented 5 years ago

非常感谢,解决了我的问题。不过又有了新的问题。 我使用pretrained model,10个ckpt对应10个subset,分别做了test。得到的结果只有lbb和nbb,在下一步运行frocwrtdetpepchluna16.py时,提示我找不到bbox1/predanno-1.5d3.csv。 1.是不是我遗漏了什么?或者是我哪儿理解错了?

  1. 我理解frocwrtdetpepchluna16.py对每一个fold运行之后,会得到一个csv文件,10个csv文件合在一起,就是noduleCADEvaluationLUNA16.py运行是需要的3DRes18FasterR-CNN.csv,对吗?
wentaozhu commented 5 years ago

https://github.com/wentaozhu/DeepLung/blob/master/evaluationScript/frocwrtdetpepchluna16.py Probably you should uncomment line 144.

wentaozhu commented 5 years ago

非常感谢,解决了我的问题。不过又有了新的问题。 我使用pretrained model,10个ckpt对应10个subset,分别做了test。得到的结果只有lbb和nbb,在下一步运行frocwrtdetpepchluna16.py时,提示我找不到bbox1/predanno-1.5d3.csv。 1.是不是我遗漏了什么?或者是我哪儿理解错了?

  1. 我理解frocwrtdetpepchluna16.py对每一个fold运行之后,会得到一个csv文件,10个csv文件合在一起,就是noduleCADEvaluationLUNA16.py运行是需要的3DRes18FasterR-CNN.csv,对吗?

2 is right

Alphia commented 5 years ago

就是get_csv 报的错,124行试图读这个不存在的文件出的错: f = open(bboxpath + 'predanno'+ str(detpthresh) + 'd3.csv', 'w')

wentaozhu commented 5 years ago

The bboxpath is not available. 'w' is writing, not reading. Please use English for communication.