[FEATURE] Seperate concerns in backend for modularity

[tomsmoker]

What

Expand backend file structure to be more modular, and seperate based on FastAPI principles.

Why

Make the application more testable and extensible to third party integrations.

Implementation guidance

Update file structure and all imports as follows:

backend/
├── Dockerfile
├── pyproject.toml
├── src/
│   └── knowledge_table_api/
│       ├── __init__.py
│       ├── main.py
│       ├── core/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── config.py
│       │   └── dependencies.py
│       ├── api/
│       │   ├── __init__.py
│       │   └── v1/
│       │       ├── __init__.py
│       │       └── endpoints/
│       │           ├── __init__.py
│       │           ├── document.py
│       │           ├── graph.py
│       │           └── query.py
│       ├── models/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── document.py
│       │   ├── graph.py
│       │   ├── llm_response.py
│       │   └── query.py
│       ├── schemas/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── document.py
│       │   ├── graph.py
│       │   └── query.py
│       ├── services/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── document_service.py
│       │   ├── graph_service.py
│       │   ├── llm/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── base.py
│       │   │   ├── openai_service.py
│       │   │   ├── factory.py
│       │   │   ├── prompts.py
│       │   │   └── {other_providers}.py
│       │   ├── vector_db/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── base.py
│       │   │   ├── milvus_service.py
│       │   │   └── factory.py
│       │   ├── query_service.py
│       └── utils/
│           ├── __init__.py
│           └── json_encoder.py
└── tests/
    ├── __init__.py
    ├── test_main.py
    ├── test_services.py
    └── ...