xieyichun50
commented
1 year ago 老师好，感谢您分享的脚本，我很幸运在做比较基因组时遇见了您的教程，这给我了很大的帮助。
我在运行[gene_family_summary.R]https://github.com/xieyichun50/coral_genome_Catalaphyllia_jardinei/blob/main/scripts/gene_family_summary.R 我没找到Orthogroup.stat.txt这个文件。
我已严格按照您示例的步骤运行在我的数据上，您能告诉我Orthogroup.stat.txt这个文件是怎么生成的吗？
感谢您的帮助，祝老师一切都好！
Hi Wenda,
Please refer to the complete script set here Genome-macrosynteny-gene-family-evolution.
To generate Orthogroup.stat.txt, please run this script orthofinder_parser_genenum.tab.pl in the same directory of Orthogroups.GeneCount.tsv (generated by orthofinder OrthoFinder/$date/Orthogroups/Orthogroups.GeneCount.tsv).
Good luck!
zhangwenda0518
老师好，感谢您分享的脚本，我很幸运在做比较基因组时遇见了您的教程，这给我了很大的帮助。
我在运行[gene_family_summary.R]https://github.com/xieyichun50/coral_genome_Catalaphyllia_jardinei/blob/main/scripts/gene_family_summary.R 我没找到Orthogroup.stat.txt这个文件。
我已严格按照您示例的步骤运行在我的数据上，您能告诉我Orthogroup.stat.txt这个文件是怎么生成的吗？
感谢您的帮助，祝老师一切都好！