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xjtu-omics / msisensor-pro

Microsatellite Instability (MSI) detection using high-throughput sequencing data.
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大批量肿瘤样品分析策略 #6

Closed wangshun1121 closed 3 years ago

wangshun1121 commented 4 years ago

大批量无Normal肿瘤样品，如何创建baseline？目前手上有从SRA上搜罗的接近600例肿瘤RNA seq数据，目前尝试同时跑着批数据构建baseline，但尝试两次均失败了，detail中留下大约60样品的运行记录，然后得到一个空白的baseline。

那么，msisensor-pro可否分批次构建baseline，然后再合并呢？希望给点意见。

PengJia6 commented 4 years ago

请提供一下报错提示，另外MSIsensor-Pro在RNA-Seq数据中的性能没有测试，请谨慎使用！

PengJia6 commented 3 years ago

@wangshun1121 您好！ 我们最近开发了基于RNA测序的微卫星不稳定性检测算法MSIsensor-RNA ， 欢迎使用测试，并提出宝贵意见！