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xlucpu / MOVICS

Multi-Omics integration and VIsualization in Cancer Subtyping
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ld: library not found for -lgfortran #2

Closed JianGuoZhou3 closed 3 years ago

JianGuoZhou3 commented 3 years ago

Hi Xiao-fan, Thanks for your package, however, I still have some errors in installation.

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin18/8.2.0'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [CIMLR.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘CIMLR’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/CIMLR’
Error: Failed to install 'MOVICS' from GitHub:
  Failed to install 'CIMLR' from GitHub:
  (converted from warning) installation of package ‘/var/folders/h1/wph5l7kn6sq020007z1bq2d00000gn/T//RtmpQHMklX/filef791774317eb/CIMLR_1.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status
>
JianGuoZhou3 commented 3 years ago

There is a link, https://stackoverflow.com/questions/58610155/problem-installing-r-package-ld-warning-directory-not-found-for-option. However, didn't work...

 brew reinstall gcc
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/libmpc-1.2.1.high_sie
######################################################################## 100.0%
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/gcc-10.2.0.high_sierr
==> Downloading from https://d29vzk4ow07wi7.cloudfront.net/5ed870a39571614
                                                                                                                                                    #                                                                         #                                                                         ##                                                                        ###                                                                       ###                                                                       #####                                                                     #####                                                                     #######                                                                   #########                                                                 #########                                                                 ###########                                                               ############                                                              ##############                                                            ###############                                                           ###############                                                           #################                                                         #################                                                         ##################                                                        ###################                                                       ####################                                                      #####################                                                     ######################                                                    #######################                                                   #########################                                                 ###########################                                               #############################                                             ##############################                                            ###############################                                           #################################                                         #################################                                         ##################################                                        ##################################                                        ###################################                                       ####################################                                      ####################################                                      #####################################                                     ######################################                                    ######################################                                    #######################################                                   ########################################                                  ########################################                                  #########################################                                 ##########################################                                ##########################################                                ###########################################                               ###########################################                               ############################################                              #############################################                             #############################################                             ##############################################                            ###############################################                           ################################################                          ################################################                          #################################################                         ##################################################                        ###################################################                       ###################################################                       ####################################################                      ####################################################                      #####################################################                     #####################################################                     #####################################################                     ######################################################                    #######################################################                   #######################################################                   #######################################################                   ########################################################                  ########################################################                  ########################################################                  ########################################################                  #########################################################                 #########################################################                 ##########################################################                ###########################################################               ############################################################              #############################################################             ###############################################################           ################################################################          #################################################################         ##################################################################        ###################################################################       ####################################################################      ######################################################################    #######################################################################   ######################################################################## 100.0%
==> Reinstalling gcc 
==> Installing dependencies for gcc: libmpc
==> Installing gcc dependency: libmpc
==> Pouring libmpc-1.2.1.high_sierra.bottle.tar.gz
🍺  /usr/local/Cellar/libmpc/1.2.1: 13 files, 381.9KB
==> Installing gcc
==> Pouring gcc-10.2.0.high_sierra.bottle.tar.gz
🍺  /usr/local/Cellar/gcc/10.2.0: 1,465 files, 340.8MB
(base) JianguodeMacBook-Pro:~ jianguozhou$ 
(base) JianguodeMacBook-Pro:~ jianguozhou$ 
(base) JianguodeMacBook-Pro:~ jianguozhou$ which gcc
/usr/bin/gcc
xlucpu commented 3 years ago

Please refer to Troubleshooting in the main page. I think I have summarized this problem when installing CIMLR in macOS.